アメリエフ株式会社

NGS ChIP-seq

次世代シーケンサ(NGS; Next-Generation Sequencing)によるChIP-seqの結果から、ピークの検出、タンパク質結合部位、ヒストン修飾部位などの検出を行います。

特徴

  • ・さまざまな生物種に対応します。
  • ・マッピング結果から統計モデルに基づいて、タンパク質結合部位やヒストン修飾部位のピークを検出します。
  • ・近傍遺伝子やリピート領域などのアノテーションを行います。

解析例

(1)第31、38~40回バイオインフォマティクス勉強会

公開されているヒトBF細胞 H3K27me3(※1) ChIP-seqデータを用いて、ヒストン修飾部位を予測しました。クオリティコントロールとゲノムマッピングを行った後、修飾部位のピークを検出し、FDRで絞り込みました。RNA-seqデータと比較した結果、ChIP-seqで上流にヒストン修飾が検出されたSIM1遺伝子は、BF細胞で発現が有意に減少していることを確認しました。

※1:ヒストンH3の27番目のリジンのトリメチル化。転写抑制に関与している。

解析手順

1.クオリティを確認、2.クオリティコントロール、3.クオリティコントロール後のクオリティを確認、4.マッピング、5.ピークを検出、6.アノテーション、7.他のツールによるピーク検出および共通ピークの絞り込み