アメリエフ株式会社

融合遺伝子検出

次世代シーケンサ(NGS; Next-Generation Sequencing)によるRNA-seqデータを用いて、発がんと大きな関係がある融合遺伝子を同定します。他のソフトウェアと比較して検出感度の良い、TopHat-Fusion, Chimerascanを用いて検出を行います。<

特徴

  • TopHat-Fusion[1]Chimerascan[2]という2つのソフトウェアによって融合遺伝子を検出する
    ことで感度を向上させています。
  • ・検出された融合遺伝子のリストに対して、既知融合遺伝子データベースChimerDBの情報を
    アノテーションいたします。

解析例

次世代シーケンサを用いた融合遺伝子の探索

甲状腺乳頭癌のRNA-seqデータ7サンプルと、正常組織4サンプルを、融合遺伝子検出ソフトウェアTopHat-FusionおよびChimerascanを用いて解析し、融合遺伝子の同定を行いました。
これらのソフトウェアを用いて同定を行った結果、論文中で報告されている既知の融合遺伝子CCDC6-RETとWNK1-B4GALNT3を同定することができました。また、各ソフトウェアの検出精度と傾向について、比較検討しました。

近日レポート公開予定

解析手順

         融合遺伝子解析フロー