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GBS(Genotyping by sequencing)解析

GBSとは、次世代シーケンサ(NGS)を用いて高度なマルチプレックスでジェノタイピングする手法です。この手法はNGSで解析が困難だった、2倍体以外の生物種、遺伝的多様性の高い生物種、リファレンスゲノムのない生物種に適しています。 弊社では、TASSELを用いて、遺伝子型の判定、表現型遺伝子座に連鎖したDNA マーカーの探索などを行います。

特徴

  • ・さまざまな生物種に対応します。
  • ・同定したSNVに対して、call rate、minor allele frequency(MAF)、分離比などのフィルタリングを行います。
  • ・連鎖地図作製ソフトウェアJoinMapなどの入力形式に対応します。

解析例

(1)GBSデータを用いたブドウうどんこ病感受性関連SNP解析手法の検討

2015年7月のNGS現場の会第四回研究会で、ブドウにうどんこ病菌を接種し得られた46株の抵抗性集団と高い重症度を示した42株の感受性集団のGBSシーケンシングデータを用いた解析手法の発表を行いました。

解析手順