アメリエフ株式会社

NGS Methyl-seq

次世代シーケンサ(NGS; Next-Generation Sequencing)によるMethyl-seqの結果から、メチル化率検出、サンプル間比較を行います。

特徴

  • ・さまざまな生物種に対応します。
  • ・TSS(Transcription start site)との距離、近傍の遺伝子名などアノテーションを行います。
  • ・ゲノム領域(promoter / exon / intron / intergenic)や既知のCpG 情報(CpGi / shores)などについて集計します。
  • ・CpG サイトおよび500 base ごとに、サンプル間で25% 以上かつQ 値0.01 未満の条件で、メチル化に差のある部位を抽出します。

解析例

(1)NimbleGen SeqCap Epi ターゲットエンリッチメントデータのメチル化解析

ヒトゲノムの550 万箇所以上のCpGサイトのメチル化を評価することができるRoche SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kitと、Illumina社のシークエンシングシステムを用いて得られたデータについて、オープンソースのツールを用いたメチル化比率および変異検出の解析を行いました。

2014/09 NimbleGen SeqCap Epi ターゲットエンリッチメントデータのオープンソースツールを用いたメチル化解析【pdf】

              

(2)第40回バイオインフォマティクス勉強会

2014年12月18日(木)に開催した「フリーソフトではじめるChIP-seq&メチル化データ解析入門@福岡」では、これからNGS解析を始めたい方を対象に、精度の高い解析結果を出すためのポイントをご紹介しました。フリーソフトの使い方やコマンド操作などについて、実例を交えてお伝えしました。
 メチル化データ解析は、SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit(Roche社) を用いてエンリッチメントされたサンプルのシーケンスデータ(illumina社のNGSを使用)に対する解析手法をご紹介しました。

解析手順

1.PolyA/T tailを除去、2.クオリティコントロール、3.マッピングおよびスプライスジャンクションを検出、4.遺伝子構造を予測/新規の転写産物を推定/FPKMを算出、5.グループ間比較、6.融合遺伝子探索