アメリエフ株式会社

NGS miRNA-seq

次世代シーケンサ(NGS; Next-Generation Sequencing)によるmiRNA-seqの結果から、既知miRNA/ncRNAの発現量推定、新規のmiRNA候補予測、ターゲット遺伝子の予測を行います。

特徴

  • ・さまざまな生物種に対応します。
  • ・既知miRNA/ncRNAの発現量推定を行います。
  • ・新規のmiRNA候補予測を行います。
  • ・近傍遺伝子やリピート領域などアノテーションを行います。

解析例

(1)第23回バイオインフォマティクス勉強会

2013年6月15日に開催した「miRNAデータ解析入門@東京」では、次世代シーケンサー(NGS)から得られたmiRNAデータから、発現数の比較や新規miRNA探索を目的としたデータ解析を中心に、解析のポイントや、実際のコマンドをご紹介しました。

解析手順

         

解析対象となるmiRNAの種類や、使用するデータベースに合わせた解析手順を実施します。マッピングツールとして、BLASTやBowtieを使った手法がございます。

1.アダプタ配列、PolyA/T tailを除去、2.クオリティコントロール、3.既知 miRNA/ncRNAにマッピング、4.アノテーション/RPMを算出、5.アノテーションされなかった配列をゲノムにマッピング、6.新規 miRNA 予測対象を抽出、7.新規 miRNA 候補予測、8.ターゲット遺伝子予測