アメリエフ株式会社

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微生物・感染症研究向け解析システム開発サービスの提供開始
基礎研究からビジネスまで「データ解析×システム開発の複合的課題」を解決
アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、これまで先進的なバイオインフォマティクスを活用するためのシステム開発を通して、大学や研究機関、企業の研究開発を支援してきました。このたび、システム開発事業を強化・拡大し、微生物・感染症研究向け解析システム開発の提供を開始したことをお知らせします。

【背景】
 インターネット技術、リアルタイムに生体情報を取得するセンシング技術、ゲノムやオミクスデータの測定技術が発展したことで、人の体内環境や外部環境のあらゆるデータを収集できるようになりました。この流れの中で、デジタルインフラを迅速かつ計画的に整備していくことの重要性が高まっています。
 アメリエフは、データ解析とシステム開発の専門家による解析に特化したシステムの設計から、研究開発における新技術導入の検証フェーズ、システム化と運用まで、サポートします。さらに、研究開発成果をもとに次の発展的研究へすすめるパートナーとして、長期に渡って支援することが可能な、トータルソリューションとしてのシステム開発サービスをご提供します。

【サービス名】
微生物・感染症研究向け解析システム開発サービス
https://amelieff.jp/system_development/

【特徴】
・データ解析と情報共有のトータルソリューション
・ビジネス活用までのトータルサポート
・250件以上の豊富な開発実績

【メリット】
  • 解析手法の立案からパイプライン開発、データベース、可視化環境の構築、運用まで、データ解析とシステム開発の専門家がトータルサポート
  • 多様な運用環境(クラウド、オンプレミス)での、あらゆる生体情報(オミクスデータからメタデータまで)の解析に対応
  • 解析処理の高速化、解析環境・ツールの共通化、解析結果のビジュアライズなど、ビジネス上の課題に寄り添った開発が可能
  • スケールアップや解析の有効性検証など段階に応じて、解析とシステムの両面から専門的助言を行うことでビジネス上の課題解決に貢献
  • アカデミアの先端的な研究に対しすばやくキャッチアップ・実装が可能

【微生物・感染症研究向け解析システム開発サービスの事例】
ビジュアライズ
NexStrainによるビジュアライズ

【サービス内容】
システム開発の特徴 システム開発の特徴

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

参照:Nextstrain(https://nextstrain.org/)は、CC-BY-4.0の下でライセンスされています。
統合解析のデータ解析コンサルティングを開始しました
アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、これまで製薬・化学・食品企業のR&D事業向けにコンサルティングサービスを提供してまいりました。この度、統合解析への対応を開始しましたのでお知らせいたします。

【背景】
 ポストコロナ社会において企業には、新しい産業構造を見据えた新規事業創出や、製品価値を向上させるビジネスモデル構築と同時に、急務となったデジタル化を推進し、市場での競争力を高める事が求められています。
 特に、医療やヘルスケア分野では、バイオデータを活用した新しいビジネスや、従来の手法では困難な研究開発テーマで新技術の可能性を検討する概念実証(Proof of Concept)において、「技術的な実現性の検証」をいかに進めるかが重要なファクターになっています。これは、オミクスデータの測定技術の発展、インターネットやコンピュータ技術の発展、これらに対応し日々アップデートされるバイオインフォマティクスや機械学習などデータ解析技術の発展を背景として、「技術的な実現性の検証」に複合的な技術要素が必然的に求められるようになったことで、難易度が高まっていることが影響しています。
 アメリエフ株式会社では、バイオインフォマティクスと解析環境構築を軸としたコンサルティングを提供することで、概念実証におけるデータ解析の課題解決を支援してきました。このたび、広域な専門性が必要とされる統合解析をコンサルティングのラインナップに加えることで、より充実したサポートをご提供できるようになりました。
概念実証を「技術的な実現性の検証」としてコンサルティングします

【サービス名】
データ解析コンサルティング

 これまで対象としていた「ゲノム」「遺伝子発現」「メタゲノム」に加え、この度統合解析として、「メタボロームとトランスクリプトーム」「プロテオームとトランスクリプト―ム」が加わりました。複数のオミクスデータを活用することで、バリデーションとしての仮説の補強や、統合解析の実施が可能となり、これまでのシングルオミクスでは得ることができなかった医学的・生物学的知見を得ることが出来ます。
https://amelieff.jp/bioinformatics_supportservice/

解析対象 解析テーマ主な解析手法
メタボローム
×トランスクリプトーム
・条件による遺伝子発現/代謝プロファイルの変化
・標的物質やバイオマーカー候補の探索
・RNA-seq解析
・メタボローム解析
・統合解析
プロテオーム
×トランスクリプトーム
・条件による遺伝子/タンパク質発現プロファイルの変化
・標的遺伝子やバイオマーカーの探索
・RNA-seq解析
・プロテオーム解析
・統合解析

【メリット】
・データ解析の実現性検証をサポートできます。

研究目的が達成できるか、バイオデータを活用した事業開発が技術的に実現可能か、少ないサンプルから検証をはじめられます。

・最小限の投資で解析環境を整備できます。

解析手法の調査から、最適な解析環境の選定と、ソフトウェアのセットアップなど、専門家のアドバイスのもと解析をはじめるための最適な解析環境を整えることができます。

・ナレッジの蓄積・共有・活用ができます

属人化しやすいデータ解析のノウハウを適切に整理・記録し、定期的な打ち合わせで、報告書とともに、ディスカッションでお伝えします。


ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

CUT&RUN-seqの受託解析サービスを開始しました
アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、CUT&RUN-seqの受託解析サービスを開始いたします。

【背景】
CUT&RUN (Cleavage Under Target & Release Using Nuclease) は、DNAとタンパク質の相互作用を解析する技術です。2021年1月に開催したCUT&RUN-seqに関するセミナーも非常に多くの反響をいただき、バイオインフォマティクストレーニングもご好評をいただいております。
このたび上記の反響を受けて、「CUT&RUN-seqの受託解析サービス」を開始する運びとなりました​ので、お知らせいたします。

【サービス名】
CUT&RUN-seqの受託解析サービス
https://amelieff.jp/cutandrunseq/

【サービスの特徴】
・お客様の研究目的に沿って「モチーフ検出(別途有料オプション)」などの高次解析にも対応致します。
・CUT&RUN-seq解析の実績豊富な専門家が中間・最終報告を実施し、解析結果を解釈も含め丁寧にご説明いたします。

【メリット】
・CUT&RUN-seqの高次解析をすることで、論文用の図表作成にご活用いただけます。
・中間報告では、解析結果をもとに最終的な解析方針を確認するため、想定通りの報告書を得ることができ、再依頼による時間・金銭的コストがかかりません。
・最終報告で解釈を含めて丁寧にご説明いたしますので、「結果の見方がわからない」といった困りごとを避けることが可能です。


ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

Oxford Nanopore社シーケンサー向け解析パッケージをリリースしました
 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ は、これまで次世代シーケンサー向け解析パッケージとして、各社シーケンサーに最適化した解析システムのご提案と導入支援、アフターサポートを提供し、ご好評をいただいています。この度、新たにGPU搭載サーバが「Oxford Nanopore社のシーケンサー向け解析パッケージ」のラインナップに加わりましたのでお知らせいたします。

【背景】
近年、DNAシーケンサー技術の発展により大量のデータが安価かつ短時間に入手できる時代が到来し、特にOxford Nanopore社のMinIONに代表されるような安価なシーケンサーは、世界的に急速に普及しています。同時に「シーケンサー導入を検討しているがどのような解析サーバーがよいかわからない」「導入したが解析ツールが使いこなせない」「解析はできているが、高速化や多種類の解析に対応したい」などの要望が高まっています。
そこで、アメリエフではOxford Nanopore社のシーケンサー向けに、環境導入から日々の解析運用まで一貫したサポートを行う、解析パッケージを提供することとなりました。

【サービス名】
Oxford Nanopore社シーケンサー向け解析パッケージ
https://amelieff.jp/nanopore_server/

【サービスの特徴】
・用途に合わせた解析サーバーをご提供し、ソフトウェアのインストールを支援
・GPUを用いた高速化や、用途に合わせたカスタムサーバにも対応
・解析の基本を学びをスタートできるまでチュートリアルを実施
・データ解析の専門家が解析テーマに応じたご支援をコンサルテーション(ゴールドプランの場合)

【メリット】
・環境導入から解析まで一貫してサポートするので、Oxford Nanopore社のシーケンサーを初めて導入される場合も安心です。
・多種類の解析用途に対応、短時間に大量の解析処理が必要、など用途に応じて最適なサーバー構成をご提案します。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

日本人類遺伝学会第66回大会に参加いたします

アメリエフ株式会社は、2021年10月13日(水)~16日(土)に開催される日本人類遺伝学会第66回大会にて、口頭発表いたします。

日本人類遺伝学会第66回大会

HP 日本人類遺伝学会第66回大会
https://www.jshg-jsgdt2021.org
日時 2021 年10 月16 日(土)13:50~14:40
場所 パシフィコ横浜 会議センター
〒220-0012 神奈川県横浜市西区みなとみらい1-1-1
第4会場(303)
一般口演16 テーマ:遺伝医療・ゲノム医療
口頭発表 『全ゲノム検査による難病の診断確定率向上を目的としたプラットフォーム構築の実証検証』
【背景】
難病領域におけるゲノム検査は、その希少性のため、研究として実施されることも多いが、 難病の診断における全ゲノム検査の活用に向けた計画が、内閣府や厚生労働省において策定されており、 今後は全ゲノム検査が、より一般的な臨床検査になっていくことが想定される。 この実現のためには、全ゲノム検査による疾患原因の検出力や精度を最大化しつつも、 データ解析や診断の効率化を図ることも重要となってくる。
【課題】
全ゲノム検査の場合、適切なフィルタリングを行ったとしても多数の疾患原因候補のゲノム変異が検出され、診断確定が容易ではない。また疾患原因に関する知見は増大し続け、ゲノム変異の臨床的意義が変更される場合もあるため、現時点で4割程度に留まる診断確定率をさらに向上させるためには、これらにも対応する必要がある。さらに未診断の場合は、海外の類似患者との相互参照も必要となるなど、日本と海外の疾患概念の対応関係の整備も重要となる。
【目的】
難病領域における全ゲノム検査の効率化と診断確定率の向上を実現するプラットフォーム構築に向け、公共DBや公開ツールを最大限活用する形で、上記の課題解決に向けたシステム的な対応が可能かの実装検証を行った。
【方法】
患者のVCFファイルを管理しつつ定期的に臨床レポートを作成・再解析し、診断に影響し得る更新情報を自動検知するシステムを構築した上で、さらに以下の公共DBや公開ツール、仕組みを統合する実装検証を行った。 ①HPOオントロジーデータを活用した患者症状から原因遺伝子の予測ツール ②日本語と海外の疾患名概念を対応付けるDB ③検査目的ごとの解析対象遺伝子群やフィルタリング条件の動的設定の仕組み
【結果】
サンプルVCFデータを用い、上記①~③を含めた一連のシステムとして実現可能なことを検証し、難病領域における全ゲノム検査の効率化と診断確定率の向上に寄与し得るプラットフォーム構築に向けた実現性を確認した。

会期終了後、ライブ録画の配信予定です。
(2021年10月28日(木) 正午~11月30日(火) 17:00)
学会に参加される方は、是非お立ち寄りください。


AmeliCure(アメリキュア)難病遺伝子変異レポートを発売
 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役社長兼CEO:山口 昌雄、以下「アメリエフ」)は、このたび、AmeliCure(アメリキュア)難病遺伝子変異レポートの販売を開始しましたので、お知らせいたします。

 近年、遺伝性疾患、がんや糖尿病、心血管疾患などの診断・治療を目的としたゲノム医療の実現と普及に向けて、国をあげた取組みが推進されています。特に、遺伝子データ解析結果に基づき、患者さん一人ひとりの体質や病状に合わせた治療を行うゲノム医療においては、次世代シーケンサーなど、最先端のゲノム解析技術が必要とされるだけでなく、大量に取得された遺伝子情報の高精度なデータ解析を、より効率的且つ経済的に実現するソリューションが求められています。

 「AmeliCure(アメリキュア)難病遺伝子変異レポート」は、次世代シーケンサーから出力される全ゲノムもしくは全エクソーム(*1)データの変異情報を分析し、6000程度の疾患に関する疾患原因となる変異候補を網羅的に分かり易くレポートするサービスです。
本サービスは個別の疾患を想定した固定パネル検査ではないため、次世代シーケンサーの1測定あたりの同時解析数を増やすことが容易であり、将来的なコスト低減が可能となります。また初回検査に加え、最新の科学的知見に基づく継続的な疾患原因探索を行うための定期再解析を実施することで、診断確定に至るケースを増やすことが期待されます。

<検査対象疾患>
遺伝子検査が保険収載されている疾患
厚労省指定の難病
OMIMに登録されている疾患

<製品ページ>
AmeliCure難病遺伝子変異レポート

 最先端のバイオインフォマティクス技術を難病研究に適用し、難病医療におけるデータ解析ニーズに応えることで、確定診断に寄与し、病態解明に基づく新たな診断・治療に向けた研究の推進に貢献します。
 アメリエフは、今後も生命科学研究の発展とゲノム医療の実現・普及に向けて、事業を推進してまいります。

※本製品は研究用製品です。

(*1)DNAの塩基配列のうちタンパク質の情報に相当する部分。

<アメリエフ株式会社について>
2009年に創業したアメリエフ株式会社は、糖尿病マネジメント、ヘルスケアソリューション、診断・ライフサイエンスの事業領域で開発、製造、販売、サービスをグローバルに行うPHCホールディングス株式会社の日本における事業会社で、基礎研究・医療分野および創薬・バイオテクノロジー分野の研究開発において、生命情報統合解析プラットフォームを提供する生命情報解析のリーディングカンパニーです。一人ひとりの遺伝的特性に合わせたゲノム医療の普及を目指し、網羅的遺伝子検査に情報解析技術を提供する企業として、ビジネスを展開しています。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

CUT&RUN-seqデータ解析のトレーニングサービスを開始しました

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、CUT&RUN-seqデータ解析のトレーニングサービスを開始いたします。

【背景】
 CUT&RUN (Cleavage Under Target & Release Using Nuclease) は、DNAとタンパク質の相互作用を解析する技術です。2021年1月に、セルシグナリングテクノロジージャパン株式会社、タカラバイオ株式会社 、アメリエフ株式会社による合同オンラインセミナー「CUT&RUNによるタンパク質-DNA相互作用マッピング(サンプル調製からシーケンシング、データ解析まで)」を開催し、非常に多くの反響をいただきました。
このたび、バイオインフォマティクス・オンライントレーニングの新科目「CUT&RUN-seq解析」の提供を開始する運びとなりました​ので、お知らせいたします。

【サービス名】
バイオインフォマティクス・オンライントレーニング 応用科目
「CUT&RUN-seq解析」
https://amelieff.jp/training/

【サービスの特徴】
 従来のChIP-seqと比べ少ない細胞数から解析できることから、これまで使用できなかった抗体での解析が可能になります。細胞数や抗体の問題でChIP-seq を見合わせていたお客様、CUT&RUN-seqのデータ解析を学びたいお客様に、おすすめのサービスです。アメリエフのバイオインフォマティクス・トレーニングサービスは、これまで1000名を超える研究者のみなさまにご受講いただいています。本年度は、「厚生労働省 令和3年度がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」に採択されるなど、バイオインフォマティクスの人材育成において高い評価をいただいております。

【メリット】
・オンラインデータ解析サーバにログインし、実際にコマンドを打ちながら、実践環境で学習します
・ビデオ会議システムを使ったオンライン形式で場所を問わず受講できます
・操作の練習をしながら分からない点を聞いて、すぐに不明点が解決するので、学び残しがありません
また、Linux操作に不慣れなお客様のため基礎科目「Linux 入門」をご用意しておりますので、この機会に是非ご検討ください。

CUT&RUN-seqのデータ解析は、受託解析サービスでもご利用いただけます。
アメリエフは、今後も生命科学及び医療研究の発展に貢献するべく努めて参ります。


次世代シーケンサー「DNBSEQ™シリーズ」向け解析パッケージを発売

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役社長兼CEO:山口 昌雄、以下「アメリエフ」)は、このたび、PHC株式会社(本社:東京都港区、代表取締役社長:森本 恭史、以下「PHC」)が販売するMGI Tech社製次世代シーケンサー「DNBSEQ™シリーズ(製品モデル:DNBSEQ‐T7、DNBSEQ‐G400、DNBSEQ‐G50)(*1)」に対応した解析パッケージの販売を開始しましたので、お知らせいたします。

 近年、がんや糖尿病、心血管疾患などの診断・治療を目的としたゲノム医療の普及に向けて、国をあげた取組みが推進されています。特に、遺伝子データ解析結果に基づき、患者さん一人ひとりの体質や病状に合わせた治療を行うがんゲノム医療においては、がん遺伝子パネル検査(*2)など、次世代シーケンサーを活用した最先端のゲノム解析技術の応用ツールが必要とされるだけでなく、抽出された遺伝子情報の高精度なデータ解析を、より効率的且つ経済的に実現するソリューションが求められています。

「DNBSEQ™シリーズ」は、DNAやRNAの塩基配列を大量に読み取り、遺伝子の変異や発現量などを正確に解析する次世代シーケンサーです。MGI独自のDNBSEQ™テクノロジー(*3)を採用し、DNB(DNAナノボール)技術(*4)を活用することで、DNAが安定的に増幅され、より高精度なシーケンシングと優れたコストパフォーマンスによる遺伝子解析を実現します。また、1日あたり60人分のヒトゲノム(*5)に相当する6TBのデータ処理能力を持つハイエンドモデル「DNBSEQ‐T7」から、コンパクトなベンチトップ型「DNBSEQ‐G50」まで取り揃え、幅広い研究および臨床応用ニーズへの対応が可能です。

 最先端のバイオインフォマティクス技術を有するアメリエフは、「DNBSEQ™シリーズ」に最適化した解析システムとゴールドスタンダードの解析パイプラインを提案する解析パッケージに加え、解析担当者向けの実践型トレーニングや、利用目的に応じた高次解析の導入など、微生物からヒトゲノムまであらゆる研究におけるデータ解析ニーズに応え、ゲノム研究のさらなる効率化を図る包括的なソリューションを提供します。

 アメリエフは、今後も生命科学研究の発展とゲノム医療の実現・普及に向けて、事業を推進してまいります。

(*1)DNBSEQ™は、MGIの商標。 製品に関する詳細:www.phchd.com/jp/biomedical/gene-analysis
(*2)がんに関連する遺伝子の変化を網羅的に調べる検査。
(*3)ナノスケール(1-10nm程度)のDNA構造体であるDNBに関連するすべてのシーケンス技術。
(*4)DNBを複製する技術。
(*5)生物が持つ全ての遺伝情報。


<アメリエフ株式会社について>

2009年に創業したアメリエフ株式会社は、糖尿病マネジメント、ヘルスケアソリューション、診断・ライフサイエンスの事業領域で開発、製造、販売、サービスをグローバルに行うPHCホールディングス株式会社の日本における事業会社で、基礎研究・医療分野および創薬・バイオテクノロジー分野の研究開発において、生命情報統合解析プラットフォームを提供する生命情報解析のリーディングカンパニーです。一人ひとりの遺伝的特性に合わせたゲノム医療の普及を目指し、網羅的遺伝子検査に情報解析技術を提供する企業として、ビジネスを展開しています。
製品情報:www.amelieff.jp/selling/ngs-server/

<PHCホールディングス株式会社について>

PHCホールディングス株式会社は、傘下にPHC株式会社やアセンシア ダイアベティスケアホールディングス株式会社、エプレディア、株式会社LSIメディエンスなどを持つグローバルヘルスケア企業です。健康を願うすべての人々に新たな価値を創造し、豊かな社会づくりに貢献することを経営理念とし、糖尿病マネジメント、ヘルスケアソリューション、診断・ライフサイエンスの事業領域において、開発、製造、販売、サービスを行っています。2020年度のグループ連結売上高は3,060億円、世界125カ国以上のお客様に製品・サービスをお使いいただいています。www.phchd.com/jp

<PHC株式会社・バイオメディカ事業部について>

1969年に設立されたPHC株式会社は、糖尿病マネジメント、ヘルスケアソリューション、診断・ライフサイエンスの事業領域で開発、製造、販売、サービスをグローバルに行うPHCホールディングス株式会社の日本における事業会社です。ライフサイエンス事業を行うバイオメディカ事業部では、CO2インキュベーターや超低温フリーザーをはじめとした研究・医療支援機器・サービスの提供を通じて、110カ国以上の科学者と研究者への研究支援に取り組んでいます。www.phchd.com/jp/biomedical/about-phcbi

【お問い合わせ先】
アメリエフ株式会社 コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp