アメリエフ株式会社

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解析システム開発がグラフィカルユーザインタフェースに対応しました


 アメリエフ株式会社(本社:東京都墨田区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ) は、解析システム開発のグラフィカルユーザインタフェース(Graphical User Interface、略称:GUI)への対応をお知らせします。

【背景】
 アメリエフは、生命科学研究や企業の基礎研究分野において、解析パイプラインの提案や手作業で行っている解析の自動化など、様々なシステム開発を行ってきました。
 近年、DNAシーケンサ技術の発展により大量のデータが安価かつ短時間に入手できる時代が到来し、検体間での比較や、検体内でのデータ検索、対話的に色付けして可視化するなど、画面操作に適したシステムの需要が高まっています。
 アメリエフは、フレキシブルでメンテナンスが容易なコマンドラインシステムに加え、データベース構築および検索・可視化などのGUIシステムに対応することで、双方のメリットを生かした最適な解析環境の提案と構築を行ってまいります。


▲ データ登録・管理画面の一例

【サービス名】
解析システム開発 GUI対応

■ サービスの特徴
・研究目的や利用シーンのヒアリングを行い、実情に沿った解析システムを提案します。
・オンプレサーバだけでなくクラウドサーバにも対応します。所有するサーバに対する解析環境構築もご相談ください。
・データベース機能を組み込むことで、解析結果の蓄積と取得、アカウント管理も可能になります。

■ メリット
・直感的な操作
・煩雑なコマンド操作不要
・解析結果を自動的に取得

■ お問い合わせ
ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

【アメリエフ株式会社】
<会社情報>
本社住所:〒130-0003 東京都墨田区横川1-16-3 センターオブガレージ Ground04
資本金:3,000万円
設立 :2010年
主要株主:経営陣、リアルテックファンド、株式会社ユーグレナ、株式会社リバネス
HP:https://amelieff.jp/
<実績>
研究機関、医療機関、製薬会社を中心とした民間企業向けに、バイオインフォマティクスを駆使したIT解析技術によるコンサルティング、生命情報解析システム、生命情報のデータサイエンティスト育成のための研修サービスなどを提供しています。
これまで、多数の基礎研究の推進に貢献し、京都大学iPS細胞研究所など研究機関との共同研究を実施してきました。


解析受託サービスメニューをリニューアルしました


 アメリエフ株式会社(本社:東京都墨田区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、バイオインフォマティクス技術を用いた解析受託サービスのメニューをリニューアル致しましたのでお知らせします。リニューアルによって、トレンドの手法を加え体系化した13項目のメニューから、解析手法とその概要をご覧いただけるようになりました。

【背景】
 DNAシーケンサ技術の発展により大量のデータが安価かつ短時間に入手できる時代が到来しました。その一方で、生命情報科学(バイオインフォマティクス)の人材は不足しており、迅速なデータ解析が困難な状況に陥ることで、研究の進捗に大きな影響を及ぼし、プロジェクト進行の妨げになってしまいます。

 アメリエフは、生命科学研究で経験を積んだIT専門家(バイオインフォマティシャン)による解析受託サービスを提供しており、ご希望に沿った最良の解析をご提案できるよう、新しい解析手法の確立や解析精度の向上に日々取り組んでいます。

 この度、解析受託サービスメニューをリニューアルし、解析受託サービスメニューを一覧からお選びいただけるようになりました。

【サービス名】
解析受託サービス(バイオインフォマティクスデータ解析)

■ サービスの特徴
・生命科学研究で経験を積んだバイオインフォマティシャンによるデータ解析
・報告書だけでなく、ウェブ会議による報告会もご希望により実施
・基本的な解析だけでなく、研究目的に沿ったカスタマイズにも対応

■ メリット
・解析の実行だけでなく、結果の図表の見方などのご質問にも丁寧に対応
・データ解析受託以外に、基本的なデータ解析スキルを身に着けたい方には「トレーニング」、データ解析の困りごとや相談をしたい方には「コンサルテーション」等、様々な提案が可能

■ お問い合わせ
ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

■ 解析受託サービスメニュー一覧

GWAS解析 SNP頻度と質的形質(疾患など)あるいは量的形質との関連を統計的に調査します。
Reseq解析 変異検出(Resequencing)、遺伝子情報のアノテーションを行います。ヒトサンプルの場合は、各種SNPデータベースの情報も追加します。 変異の種類はSNVとshort indel のほか、構造変異(SV)やコピー数多系(CNV)もお任せください。遺伝形式による集計など、複数サンプルの変異の統計情報のサマライズなどもご相談ください。
RNA-seq解析 サンプルで発現している遺伝子の発現量を定量します。新規の転写産物の推定、融合遺伝子の検出も対応可能です。 オプションでクラスタリング解析、GO(Gene Ontology)解析、パスウェイ解析を行います。
ChIPseq解析/ATAC-seq解析 次世代シーケンサ(NGS; Next-Generation Sequencing)によるChIP-seqの結果から、ピークの検出(ヒストン修飾部位などのタンパク質結合部位検出)を行います。 近傍遺伝子やリピート領域などのアノテーションも行います。
シングルセルRNA-seq解析 個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、細胞間の差異を網羅的に把握できる手法です。 発現プロファイルによるクラスタリングやマーカー遺伝子の発現によりcell typeを見分け、異なるサンプルにおける特定のcell type同士を発現比較することなどが可能です。
マイクロアレイデータ解析 mRNAなどの発現量を測定するマイクロアレイ データ解析を行います。 アレイデータの正規化、発現変動解析、サンプルのクラスタリングを実施します。 オプションでGO解析、パスウェイ解析も実行できます。 プローブデータベースがあるアレイであれば、様々な生物種に対応が可能です。
circRNAseq解析 Back splicingにより生じる環状RNA(circRNA)の検出、発現量定量、既知circRNAデータベースとの比較を行います。 オプションでサンプル間の発現変動比較、クラスタリングなども実施可能です。
miRNAseq解析 miRNA-seqの結果から、既知miRNAの発現量推定、新規のmiRNA候補予測、ターゲット遺伝子の予測を行います。 既知miRNAの発現量推定、新規のmiRNA候補予測、近傍遺伝子やリピート領域などのアノテーションを行います。
RIP-seq解析 特定のタンパク質とRNA間の相互作用を検出します。
レパトア解析 オープンソースソフトウェアTraCeRを用いてT細胞受容体(TCR)やB細胞受容体(BCR)を構成しているV遺伝子やJ遺伝子の使用頻度やCDR3領域の塩基配列を調べることで、TCRやBCRの特異性や多様性を調査します。
WGBS解析 メチル化領域の検出を行います。複数群間のDMR(メチル化変動率)算出も可能です。
Tandem repeat解析 ロングリード(PacBio、Oxford Nanopore)データから、Tandem repeat数を算出します。 Reference repeat countsからのズレを報告します。
V(D)J解析 Chromiumで作成したV(D)Jデータを解析し、Loupe VDJ Browser(10X Genomics社)で閲覧可能なファイルを作成します。
※各種二次解析も可能です。詳細はお問い合わせください。

【アメリエフ株式会社】
<会社情報>
本社住所:〒130-0003 東京都墨田区横川1-16-3 センターオブガレージ Ground04
資本金:3,000万円
設立 :2010年
主要株主:経営陣、リアルテックファンド、株式会社ユーグレナ、株式会社リバネス
HP:https://amelieff.jp/
<実績>
研究機関、医療機関、製薬会社を中心とした民間企業向けに、バイオインフォマティクスを駆使したIT解析技術によるコンサルティング、生命情報解析システム、生命情報のデータサイエンティスト育成のための研修サービスなどを提供しています。
これまで、多数の基礎研究の推進に貢献し、京都大学iPS細胞研究所など研究機関との共同研究を実施してきました。


バイオインフォマティクス オンライン・トレーニングサービスを開始しました

アメリエフでは、創業から蓄積してきたバイオインフォマティクスデータ解析のノウハウを土台に、バイオインフォマティクストレーニングサービスを提供して参りました。昨今の世界情勢を受け、オンラインでのトレーニング受講について多数ご要望を頂いており、この度、オンライン・トレーニングサービスをスタートしました。

ビデオ会議システムを使って講義しますので、ご質問にその場でお答えしながら進めることが可能です。従来の訪問型トレーニングと違い、会場を準備いただく必要がなくなります。また、1科目6時間の科目を3時間×2日で開催することも可能となります。そのため、受講前後や合間に予習・復習ができ、理解度が深まり、学習効率が高められるメリットがございます。

ネットワークの設定に詳しくない方やご不安がある場合でも、事前の設定から弊社担当者がサポートいたしますのでお気軽にお問い合わせください。

科目一覧

受講までの流れ

  • お問い合わせ

    トレーニングお問い合わせフォームから
    必要事項やご相談内容をお送りください

  • ヒアリング
    担当者からメール等で詳細を伺い、仕様を確定させます

  • 仕様・お見積りの連絡

  • 発注

  • 実施前準備
    スケジュール調整や、実習用クラウドサーバへの接続テスト
    などについてご案内致します

  • 実施
    オンライン、または、受講者の来社、講師の訪問により、実施いたします。
    当日の人数変更はお受けできませんのでご注意ください

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。
受託解析サービスに新ラインナップを追加しました

アメリエフでは、下記の解析サービスを開始いたしました。

■ tandem repeat解析
ロングリード(PacBio、Oxford Nanopore)データから、Tandem repeat数を算出します。Reference repeat countsからのズレにて報告します。

■ Chromiumを用いたV(D)J解析
Chromiumで作成したV(D)Jデータを解析し、Loupe VDJ Browser(10X Genomics社)で閲覧可能なファイルを作成します。

ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。


UniDB(ユニバーサル データベース)のデータベースを更新しました

世界的に公開されている様々な集団のゲノムバリエーションや、変異と表現型(疾患や薬剤応答)など、10 種以上のデータベースをアメリエフ独自に統合したUniDB(ユニバーサル データベース)を更新しました。

■最新リリース情報
Release v1.14
・リリース日
 2019年10月25日
・対応データベース
 2種類のデータベースのバージョンアップ・データ追加を行いました。
 ・ClinVar (2019/7 → 2019/10)
 ・dbSNP (152→153)

■製品ページ
UniDB(ユニバーサル データベース)

UniDB は、年4回定期的に更新を行っています。 ご購入いただいた方はバージョンアップ(有償)することで、新しい公開データベース情報を利用することができます。

本製品についてのご相談は、お問い合わせフォームよりお気軽にお問い合わせください。


がん関連体細胞変異データベース「COSMIC」のライセンスを取得しました

アメリエフでは、がん関連体細胞変異データベース「COSMIC」のライセンスを取得しました。

■ COSMICとは
COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer) は、がんの専門家が、がんと関連する体細胞変異の情報を手動で精選した世界最大のデータベースです。

公式サイト COSMIC

COSMIC のライセンスを取得したことで、弊社サービス・製品の内部でCOSMICを利用することが可能になりました。
弊社で提供している「データ解析受託」サービスでは、例えば、がんに関係すると報告されている変異だけに絞り込みをして、その症例報告数を表示することを可能にします。 また、弊社製品の「AmeliCureクリニカルレポート」「AmeliCureデータベース」では、参照するデータベースの1つにCOSMICが追加されることで、がん細胞についてより深い検討が可能となり、がん治療に貢献します。

本件に関してのお問い合わせは、「その他サービスのお問い合わせ」から、お気軽にご連絡ください。


UniDB(ユニバーサル データベース)のデータベースを更新しました

世界的に公開されている様々な集団のゲノムバリエーションや、変異と表現型(疾患や薬剤応答)など、10 種以上のデータベースをアメリエフ独自に統合したUniDB(ユニバーサル データベース)を更新しました。

■最新リリース情報
Release v1.13
・リリース日
 2019年7月25日
・対応データベース
 1種類のデータベースのバージョンアップ・データ追加を行いました。
 ClinVar (2019/04→2019/07)

■製品ページ
UniDB(ユニバーサル データベース)

UniDB は、年4回定期的に更新を行っています。 ご購入いただいた方はバージョンアップ(有償)することで、新しい公開データベース情報を利用することができます。

本製品についてのご相談は、お問い合わせフォームよりお気軽にお問い合わせください。


論文調査・解析手法調査サービスを開始いたしました

アメリエフは、論文調査・解析手法調査サービスを開始いたしました。

本サービスは、大学や研究機関の研究支援を行うデータ解析の専門家が、最新のバイオインフォマティクスデータ解析について、調査と報告を行います。
多忙により常に移り変わっていく情報を追っていくのが難しい方、これから新しい研究テーマを始めるにあたって、その分野の網羅的な情報がほしい方の研究を推進するため、最新の分野のサマリーやワークフローを提供いたします。

サービスの詳細は下記のページでご覧いただけます。
論文調査・解析手法調査

ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。


バイオインフォマティクス・トレーニングサービスに新ラインナップを追加しました -Single cell RNA-seq解析-

アメリエフでは、Single cell RNA-seq解析トレーニングサービスを開始いたしました。

Single cell RNA-seq解析トレーニングでは、RパッケージSeuratおよびMonocle2でシングルセルRNA-seq解析の解析手順を理解し、自身の研究目的に合わせた解析を実行できるようになることを目標にしています。

サービスの詳細は下記のページでご覧いただけます。
Single cell RNA-seq解析

ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。