シングルセルRNAseq解析|受託解析
データ解析目的
細胞集団を1細胞レベルでプロファイル・存在割合が低い細胞のプロファイルの観察
解析メニュー
解析専門スタッフが研究目的に沿った充実のメニューからご提案いたします。
【基本解析】
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◦ シーケンスデータのクオリティコントロール、参照配列へのマッピングおよび遺伝子発現定量 |
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◦ 発現量正規化 |
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◦ 次元削減およびクラスタリング |
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◦ マーカー遺伝子の発現量可視化(Feature plot、Cell type同定に必須の遺伝子のみ)量 |
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◦ サンプル統合、サンプル間比較 |
【高次解析】
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◦ Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討・試行錯誤 |
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◦ 群間比較・発現変動遺伝子の抽出 |
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◦ GO解析、パスウェイ解析 |
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◦ 疑似系譜解析・RNA velocity解析 |
【ディスカッション】
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◦ 対象サンプルの確認 |
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◦ 発現変動遺伝子の確認 |
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◦ 図表の調整 |
供与物・納品物
【供与物】
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✔ FASTQデータ |
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✔ サンプル情報 |
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✔ 生物種 |
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✔ 着目する細胞のマーカー遺伝子名および割合 |
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✔ 発現に着目している遺伝子 |
【納品物】
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✔ 報告書 |
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✔ Cell Ranger解析結果一式 |
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✔ Loupe Browser用閲覧ファイル |
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✔ クラスタリング結果のPCA/t-SNEプロット(PDF) |
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✔ 各クラスタの発現マトリクスファイル(CSV) |
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✔ Feature plot(PDF) |
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✔ 発現変動遺伝子リストファイル(XLSX) |
納品物例(一部)
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安心してご利用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。