アメリエフ株式会社

amelieff home > 論文実績 > ウイルス組み込み部位解析コマンドフロー開発

ウイルス組み込み部位解析コマンドフロー開発

熊本大学
佐藤 賢文 先生

ご相談

次世代シーケンスデータから、特定のウイルスのヒトゲノムへの組み込み部位を解析するための、解析手法と環境のご相談をいただきました。

ソリューション

実際のシーケンスデータを用いて、クオリティコントロールや特定の条件に当てはまるリードの抽出などのテストを行いました。続いて、ヒトゲノムおよびウイルスゲノムへのマッピング、マッピング条件や位置情報によるマッピング情報の最適化、集計スクリプトの開発を行いました。構築した解析パイプラインから得られた解析結果を先生にご報告いたしました。 解析結果に対して、実験と解析の手法から考えられるノイズや誤検出を取り除くための見直しを重ねることで、解析の精度向上に取り組みました。

開発期間

2ヶ月

担当者の声

これまでに経験のない解析だったため、まず仕様を正しく理解するところから始めました。解析の利便性を上げるために色々なソフトウェアを活用しノウハウがたまる一方で、バグの壁にぶつかることもあり、たくさんの試行錯誤と学びがありました。先生と密にやりとりさせていただきながらバージョンアップを重ね、最終的に先生のご要望にフィットした解析フローを完成できたと考えています。