アメリエフ株式会社

シングルセルRNA-seq解析

シングルセルRNAシーケンスは、個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、高解像度で細胞間の差異を把握できる手法です。

解析方法

シングルセル解析,singlecell

解析例

ご要望 薬剤耐性にかかわる遺伝子を探索したい。
化学療法後に再発した患者様の、再発前後のがん組織について、scRNA-seq解析を行い、再発後に再増殖した細胞集団に特異的な発現プロファイルを明らかにしたい。
解析内容 1. 算出したUMIカウントデータに対し、検出限界を下回った遺伝子および細胞のクオリティコントロールを行う。
2. フィルタ後のUMIカウントを用いて正規化・クラスタリングを行い、全細胞をいくつかのクラスタに分類する。
3. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的なクラスタを探索する。
4. 各クラスタにおいて、他のクラスタよりも高発現しており、そのクラスタを特徴づける遺伝子(マーカ遺伝子)の探索を行う。
5. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的に発現している遺伝子を探索する。
納品物 1. 解析報告書
2. クラスタリング結果
3. マーカー遺伝子の発現状況を可視化した図
4. 解析中間データ

解析ツール

                             
データ処理、クラスタリング、条件間比較Seurat
クラスタリング、疑似系譜解析Monocle