シングルセル遺伝子発現Flex｜受託解析
「シングルセル遺伝子発現Flex解析」は、安定かつ安価に一細胞単位の遺伝子発現を調べる技術です。従来のシングルセルRNA-seq解析とは異なり、固定した組織・細胞を基に実施するため、生細胞の品質維持が実験デザイン上のネックになりません。また、マルチプレックス解析とプローブを用いたmRNA検出法により、サンプルあたりの費用を抑えつつ高感度な遺伝子発現解析が可能です。
サービス内容
【WET】シングルセルRNAシーケンス| ○ 10x Genomics社 Chromium Single Cell Gene Expression Flexによるライブラリ調製 |
| ○ Illumina社 NovaSeq6000による1.5億リード / サンプル のシーケンシング |
| ○ Cell Rangerによる発現定量 |
| ○ 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、GO（Gene Ontology）解析、Reactomeパスウェイ解析） | ||
| ○ 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化） |
データ解析内容
シングルセルRNAシーケンス サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ：固定分散済み細胞
（Chromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kit 指定）
- 細胞数は106細胞以上であること。
- 固定分散済みの細胞をご提出ください。
- -80℃で保管していること。
- 固定分散は10x Genomics指定の手順に準じ実施していること。
- ※ 生物種はヒトおよびマウスになります。
- ※ FFPEの場合はサンプル要件等異なりますので別途ご相談ください。
- ※ 凍結組織または凍結細胞のご提出でFlexを実施の場合は、固定・細胞分散費用として、追加料金が発生します。またプローブを使用してRNAを検出するため、従来法より高感度ですが、配列情報の取得はできません。
納品物
下記に加え、目的に応じて実施した高次解析の結果を納品いたします。
| ◦ 解析結果の中間報告資料（PDF） | |
| ◦ 解析結果の最終レポート（PDF） | |
| ◦ データ解析結果（PDF、Excel） |
安心してご利用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。
NGS
アレイ
NGSロングリード