アメリエフ株式会社

NGS RNA-seq

次世代シーケンサ(NGS; Next-Generation Sequencing)によるRNA-seqの結果から、発現量推定、新規の転写産物の推定、遺伝子構造の予測を行います。

特徴

  • ・さまざまな生物種に対応します。
  • ・サンプルやグループなど複数の組み合わせで、発現変動遺伝子の検出を行います。
  • ・作図、GO(Gene Ontology)解析、GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)を行います。

解析例

(1)次世代シーケンサを用いた血中循環がん細胞の
解析
~血中循環がん細胞とヒト胚性幹細胞の single-cell RNA-seq データ解析の実例~

メラノーマ患者から得られた血中循環がん細胞(CTC; Circulating Tumor Cells)と、胚性幹細胞(ESC; Embryonic Stem Cells)の公開RNA-Seqデータを発現比較しました。ESCと比較してCTCで既知のメラノーマバイオマーカー遺伝子の発現が有意に増加していることを確認しました。

2014/06 次世代シーケンサを用いた血中循環がん細胞の解析 -血中循環がん細胞とヒト胚性幹細胞のsingle-cell RNA-seqデータ解析の実例-【pdf】

解析手順

1.PolyA/T tailを除去、2.クオリティコントロール、3.マッピングおよびスプライスジャンクションを検出、4.遺伝子構造を予測/新規の転写産物を推定/FPKMを算出、5.グループ間比較、6.融合遺伝子探索