アメリエフ株式会社

バイオインフォマティクス・トレーニング

生命科学研究者が、実験に加えデータ解析も行えるようになれば、あらゆる生命情報を解釈し
問題解決することを、今より短時間で行うことが可能になります。
アメリエフは、多くの研究者が「メールソフトを使う感覚」でデータ解析を行う未来を目指しています。

トレーニングの特徴

生命科学系出身の講師陣 生命科学分野の実験経験者が解析に必要なエッセンスを効率的にレクチャー
わかりやすい      Linuxに初めて触れる方にもわかりやすく、初歩から丁寧に解説
豊富な実習       実際に手を動かして「体で覚える」

実績

2013年から累積400名以上(2016年度実績約120名)

・大学、企業、研究機関でのご訪問によるトレーニングを実施
・学会やセミナーなどで講演
・徳島大学医学部にて学生向け「バイオインフォマティシャン養成プログラム」を実施
・「バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム (次世代シークエンサ) 速習コース」で講演
  http://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h27

3つのタイプのトレーニング・研修プログラム

TYPE
01
オープンセミナー 1名様からでもお気軽にご参加いただける一般公開のセミナーです。
新人研修、新しい解析技術の情報収集、業界のネットワーク作りにご活用ください。
TYPE
02
オーダーメード
セミナー
オンサイトトレーニングを、テーマ、人数、時間などカスタマイズできます。
部門発足時、新規分野の研究開発時の導入教育などにご活用ください。
TYPE
03
オンサイトセミナー ご要望の場所に講師を派遣して開催いたします。
新人研修、人事異動に伴う導入教育、専門プロジェクト向けの研修などにご活用ください。
              

実施例

国内がんセンター

ご要望 SNP解析と遺伝統計解析について、理解を深めたい。特に、PLINK操作を習得したい。
内容 基礎科目「Linux 入門」、および、応用科目「SNPアレイ 解析」、
さらに、カスタマイズで遺伝統計解析を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者 研究室メンバーと共同研究先研究者の15名
講師 1名(ほか、アシスタント1名) 期間 2日間連続して実施  

大手企業研究所

ご要望 Linuxを用いたNGS解析の概要を把握し、自身のデータについて解析を行いたい。
内容 応用科目「Reseq 解析」「RNA-seq 解析」「ChiP-seq 解析」、
さらにカスタマイズで、「miRNA 解析」を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者 解析担当者4名
講師 1名(ほか、アシスタント1名) 期間 週に1度訪問、4回実施

国立大学 医学部 研究者

ご要望 次世代シーケンサのRNA-seqデータ解析を研究室内でできるようになりたい。
内容 基礎科目「Linux 入門」、および、応用科目「RNA-seq 解析」、
さらに、カスタマイズでLinuxサーバ環境構築のトレーニングをご提供しました。
参加者 研究者1名
講師 1名              期間 2日間連続して実施  

テーマ一覧

科目詳細

基礎科目

Linux入門OPEN
対象 生命科学の研究に携わっていて、Linuxを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標 Linuxの基本的な操作が行えるようになる。
 1. 基本的な Linux コマンドについて説明できる。
 2. ユーザ管理とファイルのアクセス権限について説明できる。
 3. コマンド操作によるテキスト処理を行うことができる。
 4. ソフトウェアのインストールを行うことができる。
 5. 目的の条件でソフトウェアを実行し結果を理解することができる。
前提スキル 特になし。
内容 ディレクトリ移動、アクセス権限、ユーザ切り替え、テキスト処理、ソフトウェアインストール
時間 6時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
Perl入門OPEN
対象 生命科学の研究に携わっていて、プログラミングの経験がない方・または初級者。
到達目標 簡単なPerlプログラムを書いて実行できるようになる。
前提スキル 特になし。
内容 変数、配列、ハッシュ、ファイル操作
時間 6時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
R入門OPEN
対象 生命科学の研究に携わっていて、Rを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標 R上でのデータ処理・描画やパッケージのインストールが行えるようになる。
 1. 基本的な R コマンドについて説明できる。
 2. データ型とデータ構造を理解し、操作できる。
 3. パッケージのインストールを行うことができる。
 4. 関数を用いて基礎統計量を算出することができる。
 5. 作図関数と作図デバイスを理解し、簡単な図を作成できる。
前提スキル 特になし。
内容 変数、vector、array、matrix、dataframe、グラフ、パッケージインストール
時間 6時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前にRバージョン3をインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
シェルスクリプトOPEN
対象 Linuxでシェルスクリプトを書けるようになりたい方。
到達目標 シェルスクリプトを書いて実行できるようになる。
前提スキル 「Linux入門」または同等のスキル。
内容 基本構文、変数、条件文、繰り返し処理
時間 3時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます

応用科目

QCOPEN
対象 LinuxでNGS解析を行いたい方。
到達目標 次世代シーケンスデータのクオリティコントロールが行えるようになる。
前提スキル 「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア prinseq、FastX-toolkit、cmpfastq
時間 1時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。
※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 無料
※本科目は「Reseq」「RNA-seq」「ChIP-seq」
のいずれかとセットでの受講となります。
Reseq解析OPEN
対象 LinuxでReseq解析を行いたい方。
到達目標 一般的なReseq解析手順を理解し、実行できるようになる。
 1. Reseq 解析の手順について説明できる。
 2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。
 3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。
 4. 変異検出とアノテーションを実行し、結果を評価できる。
 5. サンプル間の遺伝子型の比較解析を行うことができる。
前提スキル 「Linux入門」および「QC」または同等のスキル。
使用するソフトウェア FastQC、BWA、Trimmomatic、Samtools、GATK、snpEff、IGV、Bcftools、pepddy

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 4時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
RNA-seq解析OPEN
対象 LinuxでRNA-seq解析を行いたい方。
到達目標 一般的なRNA-seq解析手順を理解し、実行できるようになる。
 1. RNA-seq 解析の手順について説明できる。
 2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。
 3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。
 4. 発現定量とサンプル間比較を行い、結果を評価できる。
前提スキル 「Linux入門」および「QC」または同等のスキル。
使用するソフトウェア SRA-Tools、FastQC、PRINSEQ、HISAT2、Samtools、IGV、
Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、cummeRbund

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 4時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
ChIP-seq解析OPEN
対象 LinuxでChIP-seq解析を行いたい方。
到達目標 メタゲノム解析ツールの操作が行えるようになる。
 1. ChIP-seq 解析の手順について説明できる。
 2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。
 3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。
 4. ピーク検出を行い、アノテーションを付与することができる。
 5. de novoモチーフ検索を行うことができる。
前提スキル 「Linux入門」および「QC」または同等のスキル。
使用するソフトウェア SRA-Tools、seqtk、Trimmomatic、Bowtie2、Samtools、MAC2、IGV、
snpEff、rGADEM(R Bioconductor package)

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 4時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
がん体細胞変異解析OPEN
対象 Linuxでがん体細胞変異解析を行いたい方。
到達目標 がん体細胞に特異的な変異の解析手順を理解し、実行できるようになる。
前提スキル 「Linux入門」「Reseq解析」または同等のスキル。
使用するソフトウェア Somatic Sniper、SnpSift

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。

※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
メタゲノム解析OPEN
対象 生命科学の研究に携わっていて、メタゲノム解析経験がない方・または初級者。
到達目標 一般的なメタゲノム解析の流れについて説明できる。
 1. 基本的なメタゲノム解析の流れについて説明できる。
 2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。
 3. 系統解析を実行し、結果を評価できる。
 4. 多様性解析と階層的クラスタリングを実行し、結果を評価できる。
前提スキル 特になし。
使用するソフトウェア SRA-Tools、QIIME

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 4時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
SNPアレイ解析OPEN
対象 LinuxでSNPアレイ解析を行いたい方。
到達目標 一般的なSNPアレイ解析手順を理解し、実行できるようになる。
前提スキル 「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア PLINK、HaploView

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。

※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
Rによるマイクロアレイ解析OPEN
対象 Rによるマイクロアレイデータの解析経験がない方。
到達目標 アジレントマイクロアレイの解析手順を理解し、R上で実行できるようになる。
前提スキル 「R入門」または同等のスキル。
内容 アジレントマイクロアレイの公開データを用いた読み込み、
補正・正規化、クラスタリング、ヒートマップ図、アノテーション

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前にRバージョン3をインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます

>>サービスカタログは、こちら

サービスの流れ

  • お問い合わせ

    トレーニングお問い合わせフォームよりお気軽にお問い合わせください。

  • 秘密保持契約の締結(ご希望の場合)
    守秘義務契約・機密保持契約が必要な場合ご相談ください。

  • 営業担当者によるヒアリング
    ご受講の目標、人数、期間、予算などご希望をお伺いします。
    ※開催場所によって、出張費および交通費を頂戴いたします。

  • 概要・お見積りのご連絡

  • 発注

  • 事前アンケート
    受講者スキルに合ったトレーニングを実施するために、
    事前にトレーニング事前アンケートのご記入をお願いしています。

  • 詳細のご確認
    トレーニング担当者が実施するカリキュラム内容をご報告し、
    最終確認をいただきます。 あわせて、開催場所やプロジェクターなどの物品についての打ち合わせも行います。

  • 実施
    ※当日の人数変更はお受けできませんので、ご注意ください。

  • 作業完了報告