アメリエフ株式会社

解析トレーニング

生命科学研究者が実験(wet)だけでなくデータ解析(dry)も行えるようになれば、生物学的なデータの解釈を今より短期間で行うことが可能になります。アメリエフは、多くの研究者が「メールソフトを使う感覚」でデータ解析を行う未来を目指しています。

特徴

・Wetが土台:バイオ系出身の講師が、Dryの解析に必要なエッセンスを効率的に教えます。
・初歩から:Linuxに初めて触れる方にもわかりやすく丁寧に教えます。
・訪問型:ご希望の場所・日程で受講可能です。
・豊富な実習:実際に手を動かして「体で覚えて」いただきます。

実績

2013年から累計300名以上
・大学、企業、研究機関でのご訪問によるトレーニングを実施
・学会やセミナーなどで講演
・徳島大学医学部にて学生向け「バイオインフォマティシャン養成プログラム」を実施
・「バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会」で講演
  http://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h27

講師紹介

山口 昌雄

1976年東京都生まれ。
2009年アメリエフ株式会社を設立。趣味はPC自作とプログラミング。

【コメント】
バイオインフォマティクスの便利さやデータ解析のおもしろさが伝わるように心がけています。一緒に新しい分野にチャレンジしましょう!

山口 昌雄                  

実施例

国内がんセンター

ご要望 SNP 解析と遺伝統計解析について、理解を深めたい。特に、PLINK 操作を習得したい。
内容 基礎科目「Linux 入門」、および、実践科目「SNP アレイ解析」、
さらに、カスタマイズで「遺伝統計解析」を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者: 研究室メンバーと共同研究先研究者の15名
講師: 1名(ほか、アシスタント1名)
期間: 2日間連続して実施

大手企業研究所

ご要望 Linux を用いたNGS解析の概要を把握し、自身のデータについて解析を行いたい。
内容 応用科目「Reseq 解析」「RNA-seq 解析」「ChIP-seq 解析」、
さらに、カスタマイズで「miRNA 解析」を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者: 解析担当者を含む4名
講師: 1名(ほか、アシスタント1名)
期間: 週に1度訪問。4回実施

科目

科目詳細

基礎科目

Linux入門OPEN
科目コード L001
対象 生命科学の研究に携わっていて、Linuxを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標 Linuxの基本的な操作が行えるようになります。
前提スキル 特になし。
内容 ディレクトリ移動、アクセス権限、ユーザ切り替え、テキスト処理、ソフトウェアインストール
時間 6時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上
※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
Perl入門OPEN
科目コード P001
対象 生命科学の研究に携わっていて、プログラミングの経験がない方・または初級者。
到達目標 簡単なPerlプログラムを書いて実行できるようになります。
前提スキル 特になし。
内容 変数、配列、ハッシュ、ファイル操作
時間 6時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
R入門OPEN
科目コード R001
対象 生命科学の研究に携わっていて、Rを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標 R上でのデータ処理・描画やパッケージのインストールが行えるようになります。
前提スキル 特になし。
内容 変数、vector、array、matrix、dataframe、グラフ、パッケージインストール
時間 6時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前にRバージョン3をインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
シェルスクリプトOPEN
科目コード L002
対象 Linuxでシェルスクリプトを書けるようになりたい方。
到達目標 シェルスクリプトを書いて実行できるようになります。
前提スキル 「Linux入門(L01)」または同等のスキル。
内容 基本構文、変数、条件文、繰り返し処理
時間 3時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前に仮想環境(VirtualBox)およびCentOSをインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます

応用科目

QCOPEN
科目コード N001
対象 LinuxでNGS解析を行いたい方。
到達目標 次世代シーケンスデータのクオリティコントロールが行えるようになります。
前提スキル 「Linux入門(L01)」または同等のスキル。
内容 prinseq、FastX-toolkit、cmpfastqを用いた解析
時間 1時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。
※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 無料
※本科目は「Reseq(N02)」「RNA-seq(N03)」「ChIP-seq(N04)」
のいずれかとセットでの受講となります。
Reseq解析OPEN
科目コード N002
対象 LinuxでReseq解析を行いたい方。
到達目標 一般的なReseq解析手順を理解し、実行できるようになります。
前提スキル 「Linux入門(L01)」および「QC(N01)」または同等のスキル。
内容 ・bwa、picard、GATK、snpEffを用いた解析
・ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。

※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
RNA-seq解析OPEN
科目コード N003
対象 LinuxでRNA-seq解析を行いたい方。
到達目標 一般的なRNA-seq解析手順を理解し、実行できるようになります。
前提スキル 「Linux入門(L01)」および「QC(N01)」または同等のスキル。
内容 ・tophat、cufflinksを用いた解析
・ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。

※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
ChIP-seq解析OPEN
科目コード N004
対象 LinuxでChIP-seq解析を行いたい方。
到達目標 一般的なChIP-seq解析手順を理解し、実行できるようになります。
前提スキル 「Linux入門(L01)」および「QC(N01)」または同等のスキル。
内容 ・bowtie、MACSを用いた解析
・ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。

※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
がん体細胞変異解析OPEN
科目コード N005
対象 Linuxでがん体細胞変異解析を行いたい方。
到達目標 がん体細胞に特異的な変異の解析手順を理解し、実行できるようになります。
前提スキル 「Linux入門(L01)」「Reseq解析(N02)」または同等のスキル。
内容 ・Somatic Sniper、SnpSiftを使用した解析
・ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。

※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
SNPアレイ解析OPEN
科目コード G001
対象 LinuxでSNPアレイ解析を行いたい方。
到達目標 一般的なSNPアレイ解析手順を理解し、実行できるようになります。
前提スキル 「Linux入門(L01)」または同等のスキル。
内容 ・PLINK、HaploViewを使用した解析
・ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のLinuxサーバ
CentOS6がインストールされていること。

※ノートPC仮想環境(VirtualBox)上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、
一部の処理を実行できない場合があります。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます
Rによるマイクロアレイ解析OPEN
科目コード R002
対象 Rによるマイクロアレイデータの解析経験がない方。
到達目標 アジレントマイクロアレイの解析手順を理解し、R上で実行できるようになります。
前提スキル 「R入門(R01)」または同等のスキル。
内容 ・アジレントマイクロアレイの公開データを用いた読み込み、
補正・正規化、クラスタリング、ヒートマップ図、アノテーション
・ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、
追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間 3時間
実行環境 お客様のノートPC上
Windows(7以降)64ビットまたはMacOSX(10.6以降のIntel Mac)
メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上

※事前にRバージョン3をインストールしていただきます。
価格(税別) 22.5万円~ アカデミア価格もございます

>>サービスカタログは、こちら

サービスの流れ

  • お問い合わせ

    トレーニングお問い合わせフォームよりお気軽にお問い合わせください。

  • 秘密保持契約の締結(ご希望の場合)
    守秘義務契約・機密保持契約が必要な場合ご相談ください。

  • 営業担当者によるヒアリング
    ご受講の目標、人数、期間、予算などご希望をお伺いします。
    ※開催場所によって、出張費および交通費を頂戴いたします。

  • 概要・お見積りのご連絡

  • 発注

  • 事前アンケート
    受講者スキルに合ったトレーニングを実施するために、
    事前にトレーニング事前アンケートのご記入をお願いしています。

  • 詳細のご確認
    トレーニング担当者が実施するカリキュラム内容をご報告し、
    最終確認をいただきます。 あわせて、開催場所やプロジェクターなどの物品についての打ち合わせも行います。

  • 実施
    ※当日の人数変更はお受けできませんので、ご注意ください。

  • 作業完了報告