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データ受託解析
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SNPアレイ、マイクロアレイ、次世代シーケンサ―のデータ解析を行います。
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【分子生物学研究】tandem repeat解析（ロングリード） マイクロアレイ解析 NGS RNA-seq解析 CUT&RUN-seq解析 微生物ゲノム解析（ロングリード）
アメリエフが選ばれる理由
- ・WEB会議による丁寧な解析手法と解析結果のご説明を通して、結果の解釈を支援
- ・研究目的にあわせて、柔軟にサンプル間比較や群間解析を実施
- ・同様の解析を実施するためのトレーニングや、解析のシステム化・自動化、より深堀となる解析などをご提案
- ・受託解析で実施した、解析手法のトレーニングやシステム化を通して、解析の効率化を支援
データ受託解析の事例
臨床研究者
導入前の状況・課題
- マイクロアレイで発現解析を行いたい。
- 測定会社からデータを受け取ったが、論文化のために追加の解析が必要になり困っている。
特徴
- 目的をヒアリングの上で、最適なサービスを提案いたします。
- 中間報告では、解析担当者から、解析手法の丁寧なご説明と、解析結果の解釈をご説明します。
- 一般的な解析に加え、データと研究目的に合った高次解析を行うプラン、中間報告でのディスカッションに応じて追加解析を行うプランもございます。
各データ解析の概要一覧
| GWAS解析 | SNP頻度と質的形質（疾患など）あるいは量的形質との関連を統計的に調査します。 |
|---|---|
| Reseq解析 | 変異検出（Resequencing）、遺伝子情報のアノテーションを行います。ヒトサンプルの場合は、各種SNPデータベースの情報も追加します。 変異の種類はSNVとshort indel のほか、構造変異（SV）やコピー数多系（CNV）もお任せください。遺伝形式による集計など、複数サンプルの変異の統計情報のサマライズなどもご相談ください。 |
| RNA-seq解析 | サンプルで発現している遺伝子の発現量を定量します。新規の転写産物の推定、融合遺伝子の検出も対応可能です。 オプションでクラスタリング解析、GO（Gene Ontology）解析、パスウェイ解析を行います。 |
| ChIPseq解析/ATAC-seq解析 | 次世代シーケンサ（NGS; Next-Generation Sequencing）によるChIP-seqの結果から、ピークの検出（ヒストン修飾部位などのタンパク質結合部位検出)を行います。 近傍遺伝子やリピート領域などのアノテーションも行います。 |
| シングルセルRNA-seq解析 | 個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、細胞間の差異を網羅的に把握できる手法です。 発現プロファイルによるクラスタリングやマーカー遺伝子の発現によりcell typeを見分け、異なるサンプルにおける特定のcell type同士を発現比較することなどが可能です。 |
| マイクロアレイデータ解析 | mRNAなどの発現量を測定するマイクロアレイ データ解析を行います。 アレイデータの正規化、発現変動解析、サンプルのクラスタリングを実施します。 オプションでGO解析、パスウェイ解析も実行できます。 プローブデータベースがあるアレイであれば、様々な生物種に対応が可能です。 |
| circRNAseq解析 | Back splicingにより生じる環状RNA（circRNA）の検出、発現量定量、既知circRNAデータベースとの比較を行います。 オプションでサンプル間の発現変動比較、クラスタリングなども実施可能です。 |
| miRNAseq解析 | miRNA-seqの結果から、既知miRNAの発現量推定、新規のmiRNA候補予測、ターゲット遺伝子の予測を行います。 既知miRNAの発現量推定、新規のmiRNA候補予測、近傍遺伝子やリピート領域などのアノテーションを行います。 |
| RIP-seq解析 | 特定のタンパク質とRNA間の相互作用を検出します。 |
| レパトア解析 | オープンソースソフトウェアTraCeRを用いてT細胞受容体(TCR)やB細胞受容体（BCR）を構成しているV遺伝子やJ遺伝子の使用頻度やCDR3領域の塩基配列を調べることで、TCRやBCRの特異性や多様性を調査します。 |
| WGBS解析 | メチル化領域の検出を行います。複数群間のDMR（メチル化変動率）算出も可能です。 |
| Tandem repeat解析 | ロングリード（PacBio、Oxford Nanopore）データから、Tandem repeat数を算出します。 Reference repeat countsからのズレを報告します。 |
| V(D)J解析 | Chromiumで作成したV(D)Jデータを解析し、Loupe VDJ Browser(10X Genomics社)で閲覧可能なファイルを作成します。 |
