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基礎科目

Linux入門OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、Linuxを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標	Linuxの基本的な操作が行えるようになる。 　1. 基本的な Linux コマンドについて説明できる。 　2. ユーザ管理とファイルのアクセス権限について説明できる。 　3. コマンド操作によるテキスト処理を行うことができる。 　4. ソフトウェアのインストールを行うことができる。 　5. 目的の条件でソフトウェアを実行し結果を理解することができる。
前提スキル	特になし。
内容	ディレクトリ移動、アクセス権限、ユーザ切り替え、テキスト処理、ソフトウェアインストール
時間	6時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

Perl入門OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、プログラミングの経験がない方・または初級者。
到達目標	簡単なPerlプログラムを書いて実行できるようになる。
前提スキル	特になし。
内容	変数、配列、ハッシュ、ファイル操作
時間	6時間
実行環境	お客様のノートPC上 Windows（7以降）64ビットまたはMacOSX（10.6以降のIntel Mac） メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上 ※事前に仮想環境（VirtualBox）およびCentOSをインストールしていただきます。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

R入門OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、Rを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標	R上でのデータ処理・描画やパッケージのインストールが行えるようになる。 　1. 基本的な R コマンドについて説明できる。 　2. データ型とデータ構造を理解し、操作できる。 　3. パッケージのインストールを行うことができる。 　4. 関数を用いて基礎統計量を算出することができる。 　5. 作図関数と作図デバイスを理解し、簡単な図を作成できる。
前提スキル	特になし。
内容	変数、vector、array、matrix、dataframe、グラフ、パッケージインストール
時間	6時間
実行環境	お客様のノートPC上 Windows（7以降）64ビットまたはMacOSX（10.6以降のIntel Mac） メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上 ※事前にRバージョン3をインストールしていただきます。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

シェルスクリプトOPEN

対象	Linuxでシェルスクリプトを書けるようになりたい方。
到達目標	シェルスクリプトを書いて実行できるようになる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
内容	基本構文、変数、条件文、繰り返し処理
時間	3時間
実行環境	お客様のノートPC上 Windows（7以降）64ビットまたはMacOSX（10.6以降のIntel Mac） メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上 ※事前に仮想環境（VirtualBox）およびCentOSをインストールしていただきます。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

応用科目

QCOPEN

対象	LinuxでNGS解析を行いたい方。
到達目標	次世代シーケンスデータのクオリティコントロールが行えるようになる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	prinseq、FastX-toolkit、cmpfastq
時間	1時間
実行環境	お客様のLinuxサーバ CentOS6がインストールされていること。 ※ノートPC仮想環境（VirtualBox）上での実施も可能ですが、メモリやHDDが限られるため、 一部の処理を実行できない場合があります。
価格（税別）	無料 ※本科目は「Reseq」「RNA-seq」「ChIP-seq」 のいずれかとセットでの受講となります。

Reseq解析OPEN

対象	LinuxでReseq解析を行いたい方。
到達目標	一般的なReseq解析手順を理解し、実行できるようになる。 　1. Reseq 解析の手順について説明できる。 　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。 　3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。 　4. 変異検出とアノテーションを実行し、結果を評価できる。 　5. サンプル間の遺伝子型の比較解析を行うことができる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	FastQC、BWA、Trimmomatic、Samtools、GATK、snpEff、IGV、Bcftools ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

RNA-seq解析OPEN

対象	LinuxでRNA-seq解析を行いたい方。
到達目標	一般的なRNA-seq解析手順を理解し、実行できるようになる。 　1. RNA-seq 解析の手順について説明できる。 　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。 　3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。 　4. 発現定量とサンプル間比較を行い、結果を評価できる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。 Rスキルがあるとさらにスムーズです。
使用するソフトウェア	SRA-Tools、FastQC、PRINSEQ、HISAT2、Samtools、IGV、DEseq ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

ChIP-seq解析・ATAC-seq解析OPEN

対象	LinuxでChIP-seq解析またはATAC-seq解析を行いたい方。
到達目標	メタゲノム解析ツールの操作が行えるようになる。 　1. ChIP-seq 解析の手順について説明できる。 　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。 　3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。 　4. ピーク検出を行い、アノテーションを付与することができる。 　5. de novoモチーフ検索を行うことができる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	SRA-Tools、seqtk、Trimmomatic、Bowtie2、Samtools、MAC2、IGV、snpEff、rGADEM(R Bioconductor package) ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

がん体細胞変異解析OPEN

対象	Linuxでがん体細胞変異解析を行いたい方。
到達目標	がん体細胞に特異的な変異の解析手順を理解し、実行できるようになる。
前提スキル	「Linux入門」「Reseq解析」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	GATK(Mutect2)、snpEff、VEP、vcf2maf、Oncoplot(Rパッケージ) ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

メタゲノム解析OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、メタゲノム解析経験がない方・または初級者。
到達目標	一般的なメタゲノム解析の流れについて説明できる。 　1. 基本的なメタゲノム解析の流れについて説明できる。 　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。 　3. 系統解析を実行し、結果を評価できる。 　4. 多様性解析と階層的クラスタリングを実行し、結果を評価できる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	SRA-Tools、QIIME2 ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

SNPアレイ解析OPEN

対象	LinuxでSNPアレイ解析を行いたい方。
到達目標	一般的なSNPアレイ解析手順を理解し、実行できるようになる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	PLINK、LocusZoom ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

Rによるマイクロアレイ解析OPEN

対象	Rによるマイクロアレイデータの解析経験がない方。
到達目標	アジレントマイクロアレイの解析手順を理解し、R上で実行できるようになる。
前提スキル	「R入門」または同等のスキル。
内容	アジレントマイクロアレイの公開データを用いた読み込み、 補正・正規化、クラスタリング、ヒートマップ図、アノテーション ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	お客様のノートPC上 Windows（7以降）64ビットまたはMacOSX（10.6以降のIntel Mac） メモリ4GB以上、HDD空き4GB以上 ※事前にRバージョン3をインストールしていただきます。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

Single cell RNA-seq解析OPEN

対象	RでシングルセルRNA-seq解析を行いたい方。
到達目標	RパッケージSeuratおよびMonocle2でシングルセルRNA-seq解析の解析手順を理解し、自身の研究目的に合わせた解析を実行できるようになる。
前提スキル	「R入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	R（Seurat、Monocle2） ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、 追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバ お客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

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  トレーニング担当者が実施するカリキュラム内容をご報告し、
  最終確認をいただきます。 あわせて、開催場所やプロジェクターなどの物品についての打ち合わせも行います。

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