アメリエフ株式会社

バイオインフォマティクス・トレーニング

大学や研究機関、企業の研究支援を行うデータ解析の専門家が、最新のバイオインフォマティクスデータ解析についてトレーニングいたします。

  • ・バイオインフォマティクスの解析を始めたいが、何を学べば良いかわからない
  • ・ゴールドスタンダードな解析手法を効率良く習得したい
  • ・打つべきコマンドだけでなく、処理の意味や結果の解釈方法も理解したい

上記のようなお困りごとを、アメリエフが解決いたします。

特徴

確かな解析ノウハウ 2009年の創業以来蓄積した、客観的な評価に基づいたオープンソースソフトウェアを用いた解析ノウハウをお伝えします
整理されたエッセンス 経験豊富な講師陣が、エッセンスを体系的にお教えします
豊富な実習 実際に手を動かし、短時間で効率よく技術を習得していただきます
また、コマンド操作初心者にも分かり易い資料で丁寧に解説します
高いカスタマイズ性 お客様の目標などに合わせた柔軟なカスタマイズをご依頼いただけます

実績

累計実績750名以上

風景 風景

科目体系

目的やスキルに合わせ、基礎科目と応用科目を自由に組み合わせていただけます。内容のカスタマイズも承ります(科目詳細参照)

実施例

国内がんセンター

ご要望 SNP解析と遺伝統計解析について、理解を深めたい。特に、PLINK操作を習得したい。
内容 基礎科目「Linux 入門」、および、応用科目「SNPアレイ 解析」、
さらに、カスタマイズで遺伝統計解析を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者 研究室メンバーと共同研究先研究者の15名
講師 1名(ほか、アシスタント1名) 期間 2日間連続して実施  

大手企業研究所

ご要望 Linuxを用いたNGS解析の概要を把握し、自身のデータについて解析を行いたい。
内容 応用科目「Reseq 解析」「RNA-seq 解析」「ChiP-seq 解析」、
さらにカスタマイズで、「miRNA 解析」を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者 解析担当者4名
講師 1名(ほか、アシスタント1名) 期間 週に1度訪問、4回実施

国立大学 医学部 研究者

ご要望 次世代シーケンサのRNA-seqデータ解析を研究室内でできるようになりたい。
内容 基礎科目「Linux 入門」、および、応用科目「RNA-seq 解析」、
さらに、カスタマイズでLinuxサーバ環境構築のトレーニングをご提供しました。
参加者 研究者1名
講師 1名              期間 2日間連続して実施  

科目詳細

基礎科目

Linux入門OPEN
対象 Linuxを扱った経験がない方・または初級者
到達目標 Linuxの基本的な操作が行えるようになる
前提スキル 特になし
内容 Linuxの概要、および以下に関連するコマンド操作について
  • ・ディレクトリ構造
  • ・ファイルやディレクトリの作成・コピー・移動・削除
  • ・絶対パスと相対パス
  • ・ファイルのアクセス権限
  • ・ファイル内容の加工
  • ・ソフトウェアのダウンロード・インストール

※ご要望に合わせた内容の追加・変更のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
時間 6時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
Python入門OPEN
対象 Pythonプログラミングの経験がない方・または初級者
到達目標 簡単なPythonプログラムを書いて実行できるようになる
前提スキル 特になし
内容 Python 3系における以下事項に関連する構文について
  • ・スクリプト構築例の紹介を含む
  • ・変数
  • ・関数
  • ・演算子
  • ・データ型
  • ・条件分岐
  • ・ループ
  • ・モジュールのインストール・インポート・使用
  • ・ファイル入出力
  • ・ファイル処理
  • ・関数作成
  • ・例外処理
  • ・ログ出力
※ご要望に合わせた内容の追加・変更のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格) 
時間 6時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
R入門OPEN
対象 Rを使った経験がない方・または初級者
到達目標 R上でのデータ処理・描画やパッケージのインストールが行えるようになる
前提スキル 特になし
内容 Rを使用した以下の操作について
  • ・起動・終了
  • ・基本的演算(四則計算など)
  • ・変数の取り扱い
  • ・オブジェクトの取り扱い
  • ・ベクトル、リスト、マトリクス、データフレームの取り扱い
  • ・基本統計量の計算
  • ・作図(箱ひげ図、ヒストグラム、散布図)
  • ・パッケージのインストール・読み込み

※ご要望に合わせた内容の追加・変更のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
時間 6時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
シェルスクリプト入門OPEN
対象 シェルスクリプトを書いた経験のない方・または初級者
到達目標 簡単なシェルスクリプトを書いて実行できるようになる
前提スキル Linux入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 シェルスクリプトにおける以下事項に関連する構文について
スクリプト構築例の紹介も含む
  • ・変数
  • ・引数
  • ・条件分岐
  • ・繰り返し処理
  • ・標準入力・標準出力・標準エラー出力
  • ・シェバン行と実行権限
  • ・代表的なコマンドと結果の格納

※ご要望に合わせた内容の追加・変更のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます

応用科目

Reseq解析OPEN
対象 LinuxでReseq解析を行いたい方
到達目標 基本的なReseq解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提スキル Linux入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 Reseq解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
  • ・NGSデータ解析で主に使用するファイルフォーマット
     FASTA, FASTQ, BAM, SAM, VCF, BED
  • ・公開データの取得方法
  • ・Reseq解析フロー
処理 使用ツール
クオリティコントロール前のクオリティチェック FastQC
クオリティコントロール Trimmomatic
クオリティコントロール後のクオリティチェック FastQC
リファレンスゲノムへのマッピング BWA
ミスマッピングが疑われるリードの除去 Samtools
重複リードの除去 GATK
変異検出 GATK
変異のフィルタリング GATK
アノテーション snpEff
マッピング結果・変異情報の可視化 IGV

※ご要望に合わせた内容の追加・変更のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
使用テストデータ 公開データを使用します
Accession ID SRR077861
内容 whole exome sequencing データ
形式 FASTQ
生物種 Homo sapiens
サンプル数 1
実験プラットフォーム Illumina Genome Analyzer II

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
RNA-seq解析OPEN
対象 Linuxでbulk RNA-seq解析を行いたい方
到達目標 基本的なbulk RNA-seq解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提スキル Linux入門、R入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 bulk RNA-seq解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
  • ・NGSデータ解析で主に使用するファイルフォーマット
     FASTA, FASTQ, BAM, SAM, GFF, GTF
  • ・公開データの取得方法
  • ・bulk RNA-seq 解析
処理 仕様ツール
クオリティコントロール前のクオリティチェック FastQC
クオリティコントロール PRINSEQ
クオリティコントロール後のクオリティチェック FastQC
リファレンスゲノムへのマッピング STAR
発現定量 featureCounts
遺伝子長やライブラリサイズによる発現量の違いの正規化 edgeR(Rパッケージ)
発現変動遺伝子の検出 edgeR(Rパッケージ)
二群間の発現比較結果の可視化(heatmap[1], volcano plot[2] limma(Rパッケージ)

※ご要望に合わせた内容の追加・変更のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
使用テストデータ 公開データを使用します
Accession ID ERR458493, ERR458494, ERR458500, ERR45850
内容 bulk RNAseqデータ
形式 FASTQ
生物種 Saccharomyces cerevisiae
サンプル数 wild type 2サンプル
mutant 2サンプル
実験プラットフォーム Illumina Hiseq 2000

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
出力データ(一部)
1.heatmap
1.heatmap
1.heatmap
2.volcano plot
ChIP-seq解析OPEN
対象 LinuxでChIP-seq解析を行いたい方
到達目標 基本的なChIP-seq解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提スキル Linux入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 ChIP-seq解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
  • ・NGSデータ解析で主に使用するファイルフォーマット
     FASTA, FASTQ, BAM, SAM, BED
  • ・公開データの取得方法
  • ・ChIP-seq 解析
処理 仕様ツール
クオリティコントロール前のクオリティチェック FastQC
クオリティコントロール Trimmomatic
クオリティコントロール後のクオリティチェック FastQC
リファレンスゲノムへのマッピング Bowtie2
ピークの検出 MACS2
ピークの可視化[1] IGV
ピークのアノテーション snpEff
de novo モチーフ検索[2] rGADEM(Rパッケージ)

※ご要望に合わせた内容追加等のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
使用テストデータ 公開データを使用します
Accession ID ERR1231585, ERR1231597
内容 ChIP-seqデータ
形式 FASTQ
生物種 Saccharomyces cerevisiae
サンプル数 input 1サンプル
sample 1サンプル
実験プラットフォーム Illumina Hiseq 2500

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
出力データ(一部)
1.ピークの可視化結果
1.ピークの可視化結果
2.モチーフ検索結果
2.モチーフ検索結果
がん体細胞変異解析OPEN
対象 Linuxでがん体細胞変異解析を行いたい方
到達目標 基本的ながん体細胞変異解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提スキル Linux入門、Reseq解析
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 がん体細胞変異解析解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
処理 仕様ツール
体細胞変異検出(normal, tumorサンプルが揃っている場合) GATK
変異のフィルタリング GATK
awkコマンド
アノテーション snpEff
VCF→MAFへのフォーマット変換 vcf2maf
変異の種類別の集計1
遺伝子およびサンプルごとの変異頻度の可視化(oncoplot)2
変異ホットスポットの可視化(lolipop plot)3
maftools(Rパッケージ)
mutation signatureの推定4 SomaticSignatures(Rパッケージ)

※ご要望に合わせた内容追加等のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
使用テストデータ 公開データを使用します
Accession ID DRR001288, DRR001289, DRR001313, DRR001314, DRR001309, DRR001292, DRR001315, DRR001310, DRR001298, DRR001299
(講義では上記シーケンスデータをhg38にアライメントしたものを使用します)
内容 myelodysplastic syndromesサンプルのwhole exomeシーケンスデータを、hg38へアライメントしたもの
形式 BAM
生物種 Homo sapiens
サンプル数 normal 5サンプル
tumor 5サンプル
実験プラットフォーム Illumina Genome Analyzer IIx

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
出力データ(一部)
1.変異の種類別の集計結果
1.変異の種類別の集計結果
2.oncoplot
2.oncoplot
3.lolipop plot
3.lolipop plot
4.mutation signature
4.mutation signature
メタゲノム解析OPEN
対象 Linuxでメタゲノム解析を行いたい方
到達目標 基本的なメタゲノム解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提スキル Linux入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 メタゲノム解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
処理 仕様ツール
クオリティコントロール前のクオリティチェック QIIME2
クオリティコントロール
クオリティコントロール後のクオリティチェック
メタゲノムデータベースへのアライメント
リード配列のクラスタリング
クラスタリング結果の可視化
(Operational taxonomic unit;OTUの系統樹)
サンプルにおける種多様性の評価
taxon分類1

※ご要望に合わせた内容追加等のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
使用テストデータ 公開データを使用します
Accession ID ERR562367, ERR562394, ERR562413
内容 16S rRNAシーケンスデータ
ペアエンド
形式 FASTQ
サンプル数 3
実験プラットフォーム Illumina Genome Analyzer IIx

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
出力データ(一部)
1.taxon分類結果
1.taxon分類結果
SNPアレイデータのGWAS解析OPEN
対象 LinuxでSNPアレイデータのGWAS解析を行いたい方
到達目標 基本的なSNPアレイデータのGWAS解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提スキル Linux入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 SNPアレイデータのGWAS解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
  • ・PLINKによる解析で使用するファイルフォーマット
     PED, MAP
  • ・SNPアレイデータのGWAS解析
処理 仕様ツール
PED, MAPファイルデータの読み込み PLINK
クオリティコントロール
遺伝的集団構造の検出(PCA)
遺伝的集団構造の検出結果の可視化(PCA score plot) R
ケース・コントロールの比較による、SNPと形質の関連性の計算(case-control association analysis) PLINK
ase-control association analysis結果の可視化(マンハッタンプロット、Q-Qプロット) qqman(Rパッケージ)
SNPへのアノテーション PLINK
SNPの近傍遺伝子や連鎖状態の可視化1 LocusZoom
SNPと量的形質の関連性の計算(QTL analysis) PLINK
共変量を考慮したQTLanalysis
サンプルの集団構造を考慮したcase-control association analysis

※ご要望に合わせた内容追加等のカスタマイズもご依頼いただけます
 別途お見積いたしますのでご相談ください
使用テストデータ 公開データを使用します
内容 HapMapプロジェクト由来のアジア人89人分(約80000SNP)のSNPアレイデータ
(PLINKの配布するテストデータ)
形式 PED, MAP
生物種 Homo sapiens
サンプル数 1

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
出力データ(一部)
1.SNPの近傍遺伝子や連鎖状態の可視化結果
1.SNPの近傍遺伝子や連鎖状態の可視化結果
マイクロアレイ解析OPEN
対象 Rでマイクロアレイ解析を行いたい方
到達目標 基本的なマイクロアレイ解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提スキル R入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 マイクロアレイ解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
処理 仕様ツール
シグナル値のバックグラウンド補正 limma(Rパッケージ)
アレイ間のシグナル値の違いの正規化
補正・正規化結果の可視化(MA plot)
case, control間の発現量の差に基づくプローブの絞り込み stats(Rパッケージ)
プローブ / サンプルのクラスタリング
クラスタリング結果・発現量のheatmap作図[1]
プローブへの遺伝子・Gene Ontology termのアノテーション biomaRt(Rパッケージ)

※ご要望に合わせた内容追加等のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
使用テストデータ 公開データを使用します
Accession ID GSE65801
内容 Agilent製マイクロアレイデータ
形式 TXT
生物種 Homo sapiens
サンプル数 contorol 3
case 3
実験プラットフォーム Agilent-028004 SurePrint G3 Human GE 8x60K Microarray

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
出力データ(一部)
1.heatmap
1.heatmap
Single cell RNA-seq解析OPEN
対象 Rでsingle cell RNA-seq解析を行いたい方
到達目標 基本的なsingle cell RNA-seq解析の手順を理解し、実行し、結果を評価することができるようになる
前提科目 R入門
※上記科目の内容に習熟していらっしゃる方は不要です
 要不要の判断にお困りの場合はご相談ください
内容 single cell RNA-seq解析の手順および解析結果について
テストデータを用いた解析実習を含む
処理 仕様ツール
クオリティコントロール Seurat 3系(Rパッケージ)
細胞間のライブラリサイズによる発現量の違いの正規化
遺伝子のフィルタリング
データのスケーリングとノイズの除外
次元削減
次元削減結果の可視化(PCA score plot, loading plot)
下流解析で使用する主成分軸数の決定(heatmap, JackStraw plot, PCElbow plotによる判断)
クラスタリング
クラスタリング結果の可視化(PCA score plot, tSNE plot)
マーカー遺伝子探索とセルタイプ同定[1]
細胞間のライブラリサイズによる発現量の違いの正規化 Monocle2(Rパッケージ)
次元削減
pseudo-time(細胞の状態変動を表す擬似的な時間軸)の構築と細胞のstateの分類
分類結果の可視化
pseudo-time内での発現変動の遺伝子ごとの可視化[2]

※ご要望に合わせた内容追加等のカスタマイズもご依頼いただけます(オプション価格)
使用テストデータ 公開データを使用します
内容 健常なドナー1名の末梢単核細胞約1000個のシーケンスデータから、Cell Ranger 3系を用いて取得した発現データ
(10X Genomics配布のテストデータ)
生物種 Homo sapiens
サンプル数 1バッチ分
実験プラットフォーム 10X Chromium System(v3 Chemistry使用)
Illumina NovaSeq

※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータの使用をご依頼いただけます(オプション価格)
時間 3時間(休憩時間を除く)
実施形態 講師がご訪問し、お客様のノートPC等から弊社webサーバへ接続しながら講義を行います
※PC(OS不問)、プロジェクタ、外部サーバへssh接続可能な環境が必要です
接続不可の場合は別途ご相談ください(弊社オフィスでの実施などをご案内します)
納期 2週間~
価格(税別) 27万円(受講者1名の場合)~
アカデミア価格もございます
出力データ(一部)
1.クラスタリングおよびセルタイプ同定結果
1.クラスタリングおよびセルタイプ同定結果
2.pseudo-time内での発現変動の遺伝子ごとの可視化結果
2.pseudo-time内での発現変動の遺伝子ごとの可視化結果

サービスの流れ

  • お問い合わせ

    トレーニングお問い合わせフォームから
    必要事項やご相談内容をお送りください

  • ヒアリング
    担当者からメール等で詳細を伺い、仕様を確定させます

  • 仕様・お見積りの連絡

  • 発注

  • 実施前準備
    スケジュール調整や、実習用クラウドサーバへの接続テスト
    などについてご案内致します

  • 実施
    講師が訪問致します(弊社での実施も可能です)
    当日の人数変更はお受けできませんのでご注意ください

トレーニング復習期間サポート

トレーニング受講後に生じた質問に、弊社エンジニアがお答えします。

  • ・トレーニング資料記載内容に関する質問
  • ・トレーニングで扱った解析をご自身のデータで実行した際に生じた質問

別途お見積りいたしますのでご相談ください。