トレーニング｜アメリエフ株式会社

バイオインフォマティクス・トレーニング

アメリエフは2009年の創業以来、客観的な評価に基づいたオープンソースソフトウェアを用いた解析に特化し、解析ノウハウをしっかりと蓄積しています。バイオ研究者が、実験に加えデータ解析も行えるようになれば、あらゆる生命情報を解釈し問題解決することを今より短期間で行うことが可能になります。アメリエフは、多くのバイオ研究者が「アプリを使う感覚」でデータ解析を行う未来を提案します。

トレーニングの特徴

経験豊富な講師陣　　　　弊社エンジニアが解析に必要なエッセンスを直接レクチャーします
分かり易い　　　　　　　Linux初心者にも分かり易い視覚的な資料を多用し、初歩から丁寧に解説します
豊富な実習　　　　　　　実践形式の講義で、実際に手を動かし「体で覚える」を体感していただきます

実績

累計実績750名以上

・大学、企業、研究機関でのご訪問によるトレーニングを実施
・学会やセミナーなどで講演
・「バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）　速習コース」で講演
http://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h27

2つのタイプのトレーニング・研修プログラム

TYPE 01	初期研修コース	基礎科目、応用科目を自由に組み合わせることができます。・バイオインフォマティクススキルを身に付けたい方・新しくバイオインフォマティクスチームを立ち上げたい方・特定のメンバーに依存しがちなデータ解析をチームのスキルとして共有、向上させたい方
TYPE 02	カスタマイズコース	必要な科目やより掘り下げたオープンソースをカスタマイズします。・研究に必要な技術スキルを効率よく身に付けたい方・共同研究先に頼んでいた解析を自分で出来るようになりたい方・データを持っているが、これまでの解析手法では行き詰ってしまった方

実施例

国内がんセンター

ご要望	SNP解析と遺伝統計解析について、理解を深めたい。特に、PLINK操作を習得したい。
内容	基礎科目「Linux 入門」、および、応用科目「SNPアレイ解析」、さらに、カスタマイズで遺伝統計解析を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者	研究室メンバーと共同研究先研究者の15名
講師	1名（ほか、アシスタント1名）	期間	2日間連続して実施

大手企業研究所

ご要望	Linuxを用いたNGS解析の概要を把握し、自身のデータについて解析を行いたい。
内容	応用科目「Reseq 解析」「RNA-seq 解析」「ChiP-seq 解析」、さらにカスタマイズで、「miRNA 解析」を加えたトレーニングをご提供しました。
参加者	解析担当者4名
講師	1名（ほか、アシスタント1名）	期間	週に1度訪問、4回実施

国立大学医学部研究者

ご要望	次世代シーケンサのRNA-seqデータ解析を研究室内でできるようになりたい。
内容	基礎科目「Linux 入門」、および、応用科目「RNA-seq 解析」、さらに、カスタマイズでLinuxサーバ環境構築のトレーニングをご提供しました。
参加者	研究者1名
講師	1名	期間	2日間連続して実施

テーマ一覧

科目詳細

基礎科目

Linux入門OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、Linuxを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標	Linuxの基本的な操作が行えるようになる。　1. 基本的な Linux コマンドについて説明できる。　2. ユーザ管理とファイルのアクセス権限について説明できる。　3. コマンド操作によるテキスト処理を行うことができる。　4. ソフトウェアのインストールを行うことができる。　5. 目的の条件でソフトウェアを実行し結果を理解することができる。
前提スキル	特になし。
内容	ディレクトリ移動、アクセス権限、ユーザ切り替え、テキスト処理、ソフトウェアインストール
時間	6時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

Python入門OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、プログラミングの経験がない方・または初級者。
到達目標	簡単なPythonプログラムを書いて実行できるようになる。
前提スキル	特になし。
内容	変数、配列、ハッシュ、ファイル操作
時間	6時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

R入門OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、Rを扱った経験がない方・または初級者。
到達目標	R上でのデータ処理・描画やパッケージのインストールが行えるようになる。　1. 基本的な R コマンドについて説明できる。　2. データ型とデータ構造を理解し、操作できる。　3. パッケージのインストールを行うことができる。　4. 関数を用いて基礎統計量を算出することができる。　5. 作図関数と作図デバイスを理解し、簡単な図を作成できる。
前提スキル	特になし。
内容	変数、vector、array、matrix、dataframe、グラフ、パッケージインストール
時間	6時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

シェルスクリプトOPEN

対象	Linuxでシェルスクリプトを書けるようになりたい方。
到達目標	シェルスクリプトを書いて実行できるようになる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
内容	基本構文、変数、条件文、繰り返し処理
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

応用科目

Reseq解析OPEN

対象	LinuxでReseq解析を行いたい方。
到達目標	一般的なReseq解析手順を理解し、実行できるようになる。　1. Reseq 解析の手順について説明できる。　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。　3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。　4. 変異検出とアノテーションを実行し、結果を評価できる。　5. サンプル間の遺伝子型の比較解析を行うことができる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	FastQC、BWA、Trimmomatic、Samtools、GATK、snpEff、IGV、Bcftools ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

RNA-seq解析OPEN

対象	LinuxでRNA-seq解析を行いたい方。
到達目標	一般的なRNA-seq解析手順を理解し、実行できるようになる。　1. RNA-seq 解析の手順について説明できる。　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。　3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。　4. 発現定量とサンプル間比較を行い、結果を評価できる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。 Rスキルがあるとさらにスムーズです。
使用するソフトウェア	SRA-Tools、FastQC、PRINSEQ、HISAT2、Samtools、IGV、DEseq ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

ChIP-seq解析・ATAC-seq解析OPEN

対象	LinuxでChIP-seq解析またはATAC-seq解析を行いたい方。
到達目標	メタゲノム解析ツールの操作が行えるようになる。　1. ChIP-seq 解析の手順について説明できる。　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。　3. リファレンスゲノムへのマッピングを実行し、結果を評価できる。　4. ピーク検出を行い、アノテーションを付与することができる。　5. de novoモチーフ検索を行うことができる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	SRA-Tools、seqtk、Trimmomatic、Bowtie2、Samtools、MAC2、IGV、snpEff、rGADEM(R Bioconductor package) ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

がん体細胞変異解析OPEN

対象	Linuxでがん体細胞変異解析を行いたい方。
到達目標	がん体細胞に特異的な変異の解析手順を理解し、実行できるようになる。
前提スキル	「Linux入門」「Reseq解析」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	GATK(Mutect2)、snpEff、VEP、vcf2maf、Oncoplot(Rパッケージ) ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

メタゲノム解析OPEN

対象	生命科学の研究に携わっていて、メタゲノム解析経験がない方・または初級者。
到達目標	一般的なメタゲノム解析の流れについて説明できる。　1. 基本的なメタゲノム解析の流れについて説明できる。　2. クオリティチェックを行い、クオリティコントロールを実行できる。　3. 系統解析を実行し、結果を評価できる。　4. 多様性解析と階層的クラスタリングを実行し、結果を評価できる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	SRA-Tools、QIIME2 ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	4時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

SNPアレイデータのGWAS解析OPEN

対象	LinuxでSNPアレイデータのGWAS解析を行いたい方。
到達目標	一般的なSNPアレイデータのGWAS解析手順を理解し、実行できるようになる。
前提スキル	「Linux入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	PLINK、LocusZoom ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

Rによるマイクロアレイ解析OPEN

対象	Rによるマイクロアレイデータの解析経験がない方。
到達目標	アジレントマイクロアレイの解析手順を理解し、R上で実行できるようになる。
前提スキル	「R入門」または同等のスキル。
内容	アジレントマイクロアレイの公開データを用いた読み込み、補正・正規化、クラスタリング、ヒートマップ図、アノテーション ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

Single cell RNA-seq解析OPEN

対象	RでシングルセルRNA-seq解析を行いたい方。
到達目標	RパッケージSeuratおよびMonocle2でシングルセルRNA-seq解析の解析手順を理解し、自身の研究目的に合わせた解析を実行できるようになる。
前提スキル	「R入門」または同等のスキル。
使用するソフトウェア	R（Seurat、Monocle2） ※ご要望があれば、お客様でお持ちのデータを用いたトレーニングを、追加でご依頼いただけます。別途お見積させていただきますのでご相談ください。
時間	3時間
実行環境	弊社webサーバお客様のノートPC等から接続して使用します（OS不問）。外部サーバへssh接続可能な環境が必須となります。接続不可の場合は別途ご相談ください。
価格（税別）	22.5万円～　アカデミア価格もございます

サービスの流れ

お問い合わせ

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秘密保持契約の締結（ご希望の場合）
守秘義務契約・機密保持契約が必要な場合ご相談ください。
営業担当者によるヒアリング
ご受講の目標、人数、期間、予算などご希望をお伺いします。
※開催場所によって、出張費および交通費を頂戴いたします。
概要・お見積りのご連絡
発注
詳細のご確認
トレーニング担当者が実施するカリキュラム内容をご報告し、
最終確認をいただきます。あわせて、開催場所やプロジェクターなどの物品についての打ち合わせも行います。
実施
※当日の人数変更はお受けできませんので、ご注意ください。
作業完了報告