シングルセルRNA-seq解析ソフトウエア

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「Amelieff Quick Start Package」には、R、Linux、シングルセルRNA解析に必要なソフトウェア環境がセットアップされています。
発現マトリクスデータから、Seurat を用いた細胞クラスタリング・細胞分類、monocleを用いた疑似系譜解析まで実行できます。
複数の論文に基づき作成し複数のデータで検証した解析手順をご使用いただけます。

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機能一覧

	機能	詳細
１	QC	・集計・可視化 ・低クオリティ遺伝子および細胞の除外
２	次元削減とクラスタリング	・次元削減（PCA、UMAP） ・クラスタリングおよびUMAP上の可視化
３	各クラスターにおける高発現遺伝子の同定	・クラスター毎に発現が異なる遺伝子を探索 ・細胞腫に特異的に発現するマーカーからクラスターを識別
４	Feature plot 作図	・着目遺伝子の発現量を次元圧縮図上にプロットし可視化
５	機能解析	・Gene Ontology解析 ・パスウェイ解析 ・擬似系譜解析 ・データ統合 ・全クラスターにおける２群間発現比較 ・オブジェクト保存

その他

必要PCスペック	CPU : 4 core メモリ : 64 GB HDD : 2TB
導入ツール	Seurat, EnhancedVolcano, ReactomePA, monocle3, jupyter lab, R, Docker
入力データ	10x Cell Ranger 発現マトリクス ※シングルセルレパトア解析データには対応していません。
対応生物種	ヒト、マウス、ラット

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