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オープンソース解析ツールの導入
論文の解析に使用されている一般的なツール、既存のものより優れた性能を示した最新のツール、これまで解析不可能だった解析ができる最新のアルゴリズムを搭載したツールなど、多くのバイオインフォマティクスの解析ツールが日々公開更新されています。
アメリエフは、多くの研究者がこれらのオープンソース解析ツールを活用し、より良い解析を行うためのサービスを提供しています。
特徴
- ・解析ツールの選定：興味のある解析ツールをご指定いただけましたら対応いたします。また、ご相談も承ります。
- ・インストール方法を説明：ツールのダウンロード方法から動作確認まで、手順をまとめた資料を提供します。
- ・デモ解析を実行：テストデータの準備や、ツールの実行方法をレクチャーします。
- 下記のご要望にも対応いたします。
- ・初歩から：トレーニングと組みあわせることで、Linuxに初めて触れる方にもわかりやすく丁寧に教えます。
- ・ソフト間比較：解析ツールやオプションなど、複数の解析結果を比較してレポートします。
解析ツール
| ツール | 概要 |
|---|---|
| EIGENSOFT | 主成分分析を用いて、集団の構造化を補正するツールです。 |
| SomaticSniper | 次世代シーケンサから得られたマッピングデータをサンプル間で比較し、サンプル特異的なSNVを検出するツールです。がん細胞と正常細胞を比較して、somatic SNVを検出する際に用いられます。 |
| CNV-seq | CNV検出ツールです。次世代シーケンサから得られたリファレンスリードとサンプルリードにおけるリード数の違いをCNVとして検出します。 |
| PLINK | GWAS（ゲノムワイド関連解析）に用いられるツールセットです。統計値の算出、SNP解析などに用いられます。 |
| Haploview | ハプロタイプ解析に用いられるツールセットです。LD（Linkage disequilibrium）ブロック解析や、SNP関連解析に用いられる他、PLINKの出力をプロットする際にも用いられます。 |
|
Bismark |
次世代シーケンサによるバイサルファイトシーケンス解析に使用されるマッピングツールです。マッピングにはBowtieまたはBowtie2を選択可能なため、ギャップアラインメントにも対応しています。 |
| SOAPdenovo | 次世代シーケンサから得られるショートリードより、de novoアセンブリを行うためのツールです。 |
| SOAPdenovo-Trans | SOAPdenovoがベースのアセンブリツールです。トランスクリプトームのde novoアセンブリに用いられます。 |
| BreakDancer | 次世代シーケンサから得られたマッピングデータから、構造多型を検出するツールです。挿入、欠失、逆位、および染色体内（間）転座を検出します。 |
| Pindel | 次世代シーケンサから得られたマッピングデータから、構造多型を検出するツールです。欠失のブレイクポイント（染色体切断点）、挿入、逆位、および直列重複を検出します。 |
| circos | データの可視化をする際に用いられるツールです。ゲノムのアラインメント結果や、構造多型を円形のグラフで表示することができます。 |
| TagDust | 次世代シーケンサで得られるデータからシーケンスアダプタ等のアーティファクトを取り除く際に用いられるツールです。 |
| VCFtools | VCF（Variant call format）ファイルの操作に用いられるツールセットです。フィルタリング、ファイル間の比較、マージなどを行う際に用いられます。 |
| PHASE | ジェノタイプのインピュテーションおよびハプロタイプ推定を行う際に用いられるツールです。組み換え価を算出する際にも用いられます。 |
| fastPHASE | ジェノタイプのインピュテーションおよびハプロタイプ推定を行う際に用いられるツールです。PHASEより大規模なデータに対応し、インピュテーション精度も向上しています。 |
| Beagle | ジェノタイプのインピュテーションおよびハプロタイプ推定を行う際に用いられるツールです。Refind IBDというアルゴリズムを用いています。 |
| IMPUTE2 | ジェノタイプのインピュテーションおよびハプロタイプ推定を行う際に用いられるツールです。MCMCアルゴリズムを用いています。 |
| MaCH | ジェノタイプのインピュテーションおよびハプロタイプ推定を行う際に用いられるツールです。マルコフ連鎖がアルゴリズムの基本になっています。 |
| Minimac | ジェノタイプのインピュテーションおよびハプロタイプ推定を行う際に用いられるツールです。MaCHのアルゴリズムを基本に、メモリ消費量を抑え、処理も高速化されています。 |