空間的遺伝子発現解析｜受託解析
「空間的遺伝子発現解析」は、組織における遺伝子発現を、細胞の位置情報を保ったまま捉えることができる技術です。組織切片画像と組み合わせて解析することで、従来のシングルセルRNA-seq解析では不明瞭であった組織中の細胞動態を、一細胞レベルで検出できます。特に、がんをはじめとする疾患の深い理解に繋がることから、病理学の分野で注目を集めています。
サービス内容
【WET】空間的遺伝子発現解析| ○ Stereo-seq™ 技術（STOmics®）を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定 |
| ○ MGI社 DNBSEQ-G400、またはT7によるシーケンシング（10-15M paired-end reads/検体） |
| ○ 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析） | ||
| ○ 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化） |
データ解析内容
空間的遺伝子発現解析 サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ：OCT凍結包埋新鮮組織
- 生物種：ヒト、マウス（それ以外は要相談）
- 組織溶解条件の確認
- 凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Pへのマウント
- 別途切片3~5枚程度を凍結保管（RNA抽出して品質を確認）
- 転写物解析用の実験
- 凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Tへのマウント
納品物
下記に加え、目的に応じて実施した高次解析の結果を納品いたします。
| ◦ 解析結果の中間報告資料（PDF） | |
| ◦ 解析結果の最終レポート（PDF） | |
| ◦ データ解析結果（PDF、Excel） |
安心してご利用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。
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