ロングリードによるtandem repeat解析｜受託解析
データ解析目的
ロングタンデムリピートを探索、疾患原因やマーカー探索
解析の流れ
| FASTQ | |
シーケンスデータ |
| | |
| FastQC | |
1. クオリティチェック |
| | |
| LAST | |
2. マッピング |
| | |
| MAF | |
アライメントデータ |
| | |
| tandem-genotypes | |
3. LTR検出 |
| | |
| TSV | |
LTRデータ |
| | |
| 可視化 | |
遺伝子アノテーション／サンプル間比較解析 |
供与物・納品物
【供与物】
|
✔ FASTQデータ（ターゲット） |
|
✔ サンプル情報 |
|
✔ 生物種 |
【納品物】
|
✔ データ解析結果報告書(PDF) |
|
✔ マッピング結果(MAF、BAM) |
|
✔ 検出されたLTR図表(TSV、PDF) |
納品物例（一部）
（横：リピート数、縦：リード数）
TRIO遺伝子のイントロン chr5:14347117にGATGAT…というリピートが検出された。
参照ゲノムに比べ0回、14または15回多いリードがそれぞれ2x、4x および1xのdepthで検出された。
「バイオインフォマティクスに関するお悩み・ご要望」をお聞かせください。
安心してご利用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。
