アメリエフ株式会社

ジャンル|解析環境構築講座

  • Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー

    Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー

    Nextflowとは、解析ツールを連続して実行するワークフロー管理システムです。これまでは個別の解析ソフトウェアをインストールして利用することが一般的でしたが、Nextflowを利用したパイプランやクラウド環境が公開され、活用できるようになりつつあります。本勉強会は、Nextflowに興味はあるが触ったことがない方向けに、概念から、インストール、基本操作、実践まで順を追ってかみ砕いて解説します。

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  • Jupyterで始めるシングルセルRNA-seq解析の自動化

    Jupyterで始めるシングルセルRNA-seq解析の自動化

    シングルセルRNAデータ解析の手法や実際の手順を紹介し、公開データとSeuratを用いた基本的なデータ解析について、クラスタリングや細胞種の同定を中心に解説します。次に、データ解析をするための、サーバ選定やソフトウェアのインストール、Jupyterで作成したノートブック上での実行からプロトコルの記録までご説明いたします。

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  • Jupyterで始めるRNA-seq解析の自動化

    Jupyterで始めるRNA-seq解析の自動化

    本セミナーでは、まず、転写産物の発現定量や品質管理、群間比較の統計的な意味についてご説明します。また、主成分分析による層別化解析を行い、特定のクラスターにおける群間解析を実施することで、サブグループ毎の遺伝子発現プロファイルを見る際の注意点を解説します。  次に、データ解析をするための、サーバ選定やソフトウェアのインストール、実行からプロトコルの記録まで、ご説明いたします。

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  • 研究室用解析環境立ち上げのエッセンス

    研究室用解析環境立ち上げのエッセンス

    「これまで自身のノートパソコンを解析用PCとして使ってきたが、そろそろ研究室用にサーバを購入したい」というご相談をいただく機会が増えています。勉強会では、サーバの選定から購入、ソフトウェアのセットアップなどの環境構築、運用の過程でよく起きるトラブルや困りごとについて、解説いたします。

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  • 研究のためのDocker超入門

    研究のためのDocker超入門

    勉強会では、Dockerの概念とメリットに加え、バイオインフォマティクスツールのDockerコンテナで環境を構築する過程を示しながら解説いたします。敷居が高く手が出せないのでDockerの概念を知りたい、Dockerで提供されているツールを利用したい、複数バージョンのソフトウェアを共存させて解析したい、といったお悩みを解消します。

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