アメリエフ株式会社

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NGSデータ解析システム

NGSデータ解析向けに構成したサーバ、パイプライン、アフターサービスを提供いたします。

NGSデータ解析システムの構成

Point1

最も重要なシーケンスデータ転送・保存のための「安定性」を確保するストレージサーバ
・十分なストレージを搭載
・実行する処理はbcl2fastqなどの前処理に限定

Point2

計算リソースを「フル活用」できる解析サーバ
・解析に特化したハイスペックなマシン
・GPU搭載、複数台構成などのカスタマイズ
時間もコストもかかるシーケンス。
サーバーの処理が追いつかなかった…
なんてことがありません。
複数の研究者が同時に様々な解析を実行できる環境です。

Point1

最も重要なシーケンスデータ転送・保存のための「安定性」を確保するストレージサーバ
・十分なストレージを搭載
・実行する処理はbcl2fastqなどの前処理に限定
時間もコストもかかるシーケンス。
サーバーの処理が追いつかなかった…
なんてことがありません。

Point2

計算リソースを「フル活用」できる解析サーバ
・解析に特化したハイスペックなマシン
・GPU搭載、複数台構成などのカスタマイズ
複数の研究者が同時に様々な解析を実行できる環境です。

NGSデータ解析システム詳細

2台構成の高スペックサーバにアメリエフ製パイプライン、ご希望のオープンソースソフトウェアをインストールいたします。 全プラン共通で当社独自のメールサポート型コンサルティングオープンソースソフトウェアサポートが含まれます。

サービス 内容
サーバ本体 ストレージサーバと解析サーバの2台構成です。
次世代シーケンサの各種機種に合った2種類のモデルからご選択いただけます。
【当社独自】
パイプライン

アメリエフ製パイプライン
【ハイスペック】RNA-seq
【エンタープライズ】RNA-seq、Reseq
パイプラインマニュアルのご提供と利用方法の解説
弊社製パイプラインのマニュアルをご提供し、利用方法の解説を行います。
パイプライン実行に関するメール相談
パイプラインの使用方法(解析のための Linux操作を含む)
結果ファイルの見方
お客様データに依存するトラブルへの対応(原因の調査、プログラム微修正)
【当社独自】
メールサポート型
コンサルティング
バイオインフォマティクス解析に関するご相談(月6件)12カ月
・実施したい解析に適したソフトウェアの提案
・ソフトウェア導入方法
・解析に必要なデータ加工方法
・パラメーター調整、結果の解釈方法 など
【当社独自】
オープンソース
ソフトウェア
サポート
オープンソースソフトウェアのインストール
ご希望のソフトウェア5本
オープンソースソフトウエアの利用を支援するサポート 12カ月
サーバーに導入した解析ソフトウエアの利用方法に関するご相談やシステムトラブルを受け付け、対応するサービスです。
※オープンソースソフトウエア自体のバグ修正等は本サービスの対応範囲外となります。
HW
オンサイト保守
ハードウエア故障時のサポート 36ヶ月
・サーバー障害時に製品の設置場所まで訪問・修理を行う保守サービスです。

サーバモデル詳細

解析目的と各種シーケンサに対応した2種類のモデルからご選択いただけます。

モデル サーバー構成例 特徴 シーケンサ
対応実績
ハイ
スペック
【ストレージサーバ】
CPU: Xeon Silver(20C/2.3GHz) x 2
メモリ: 128GB
SSD: 2TB(OS)
HDD: 18TB×9(RAID6 実効126TB)
【解析サーバ】
CPU: Xeon Gold(16C/3.1GHz) x 2
メモリ: 256GB
SSD: 2TB(OS)
HDD: 18TB×9(RAID6 実効126TB)
ストレージサーバーはシーケンサーからのデータを確実に転送・保存する安定性を確保。
解析サーバーはWES、scRNA解析、ショットガンメタゲノムなど 様々な解析に対応可能なスペックを搭載 しています。
導入ソフトウエア
・アメリエフ製RNA-seqパイプライン
・ご希望のオープンソースソフト5本
Illumina社
NextSeq 550,
NextSeq 2000
システムなど
各種シーケンサ
エンター
プライズ
【ストレージサーバ】
CPU: Xeon Gold(16C/3.1GHz) x 2
メモリ: 256GB
SSD: 2TB(OS)
HDD: 18TB×12(RAID6 実効180TB)
【解析サーバ】
CPU: Xeon Platinum(32C/2.6GHz) x 2
メモリ: 512GB
SSD: 2TB(OS)
HDD: 18TB×12(RAID6 実効180TB)
ストレージサーバーでは、高スループットなシーケンサーの出力を受けながらbcl2fastqなどのデータ変換も可能。
ハイスペックな解析サーバーで、scRNA解析、ショットガンメタゲノム等はもちろん 大規模全ゲノムシーケンスへの対応も可能 です。
導入ソフトウエア
・アメリエフ製RNA-seqパイプライン
・アメリエフ製Reseqパイプライン
・ご希望のオープンソースソフト5本
Illumina社
NovaSeq 6000
システムなど
各種シーケンサ
※プラン共通で両サーバともにOSはUbuntu 20.04 LTS、ケースはラックマウント型としています。環境に合わせカスタムも可能です。
※ サーバースペックおよび価格は部品の供給状況により、変更してご提案させていただく場合がございます。

導入事例

100件を超える大学、国立研究機関などでNGSデータ解析システムを導入させていただいております。