アメリエフ株式会社

amelieff home > オミクスデータ解析システム開発サービス

オミクスデータ解析システム開発サービス

アメリエフはデータ解析システムの開発から運用までゲノムデータの解析をビジネスの現場で活用する仕組みをすべて提供しています。

  • バイオインフォマティクスシステム開発の専門家が目的に合わせたソリューションをご提供します。
  • ソフトウェア導入、システム開発、セミオーダー型のWEBシステムなど効率的に自動化を実現します。
  • ・250件以上のシステム開発業務を通じて培ったノウハウを活用し、ご要望に柔軟に対応いたします。
システム開発の特徴 システム開発の特徴

オミクス解析レポートシステム「Amelieff Omics Reporting Package」

「Amelieff Omics Reporting Package」はオミクスデータを利用した研究機関や製品開発をされる企業様向けのデータ解析基盤システムです。RNAseq、WES遺伝性変異解析などのオミクス解析を非常に簡便な操作のみで実行し、インハウスデータベースを構築することができます。

オミクス解析レポートシステムAmelieff Omics Reporting Packageのワークフロー例

<In houseデータベース構築>
多検体のオミクスデータ、解析結果に加えて臨床情報等のメタデータをデータベースによって管理することができます。蓄積したデータを活用したメタアナリシスや機械学習を含む高度な解析を統合的に実行するプラットフォームとしてご活用いただけます。

<セミオーダー型ソリューション>
お客様のご要望に合わせて最終仕様を決定するセミオーダー型のソリューションとして、使いやすさを追求しながらも短期間での導入をご検討いただけます。創薬・ヘルスケア研究を加速するために、スケーラブルなNGS解析基盤をご提供いたします。

「Amelieff Omics Reporting Package」の機能

■ データベースを中心に複数のGUI解析ツールが統合されたプラットフォーム

  • UIが統一された複数の解析ツール
    • サンプルデータのデータベース管理
    • RNAseqのQC、マッピング
    • DEG解析
    • MetaAnalysis
  • ツール間の連携も共通操作でシームレス
  • 将来にわたって拡張可能なプラットフォーム
複数のメタデータを収容可能なデータベース管理ツール

■ 大量サンプルの実行に必要なジョブの管理機能、ヒストリと再実行機能

  • タッチポイントの少ない簡便な操作で解析実行可能
    • 入力設定、実行、結果確認の3ステップ
  • リソースの必要なマッピング処理も同時実行
    • 長時間かかるジョブの実行管理とキューイング
  • プロットの微調整など手返しも効率的に
    • ヒストリから過去に実行したジョブの結果を確認
    • 過去のジョブの設定を使用して再実行可能
大量サンプルの実行に必要なジョブの管理機能、ヒストリと再実行

■ インハウスデータベースの管理ツールと蓄積したデータを活用した解析

  • 複数のメタデータを収容可能
    • データ項目自体が動的に追加可能
  • 多属性の検索機能
    • 多数のデータから解析対象を絞り込み
  • データベースを活用した発展的な解析
    • メタアナリシスによる研究間比較、機械学習対応などのカスタマイズ
データベースを活用したメタアナリシスや機械学習など発展的な解析への連携

主なシステム開発メニュー

メニュー 対象 事例 納期目安
オープン
ソフトウェア
導入サービス
  • 新しい解析を始めたい。
  • オープンソースソフトウェア(OSS)のインストール・環境構築に困っている。
【既存ワークフローの導入】
 Cromwell,NextFlowの環境構築,GATK4-Workflows-best-practice
2ヶ月~
NGS解析
パイプライン
開発
  • 定型的に実行している解析パイプラインを自動化したい。
  • 解析結果データを見やすく抽出・整形したい。
【microRNA発現解析パイプライン】
 miRNA short read データから、既知miRNAアノテーションおよび発現定量。発現量の群間比較結果をプロットする環境を構築。
3ヶ月~
WEB
システム
開発
  • 解析プロトコルの自動化に加え、過去の解析結果と比較できるデータベースを構築したい。
  • 複数拠点にいるユーザがアクセスできるクラウドサーバ上に構築したい。
【発現解析レポーティングシステム】
細胞バンクで発現情報をカタログするためのシステムを開発。データベースに蓄積したデータの比較解析もツール化。
6ヶ月~

システム開発の実績

大学や研究機関、医療、創薬、化学、食品、ヘルスケア分野の研究開発を支援しています。 開発事例としては「オープンソフトウェア導入サービス」「NGS解析パイプライン受託開発」「WEBシステム構築サービス」など、お客様のご要望に応じて幅広く対応いたします。

システム開発の実績マップ

実績一覧

  • 学校法人 近畿大学:がんゲノム解析パイプラインの開発
  • 株式会社 幹細胞&デバイス研究所:WEBベース遺伝子発現解析システムの開発
  • 京ダイアグノスティクス株式会社:WEBベース遺伝子発現解析システムの開発
  • 公益財団法人 競走馬理化学研究所:遺伝子改変部位抽出ソフトウェアの開発
  • 公益財団法人 結核予防会結核研究所:Cromwellを使用したGATKベストプラクティス実行環境構築
  • 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所:Hi-C解析 実行環境構築、ラボ内ネットワーク環境構築
  • 国立大学法人 香川大学:植物・バクテリアのゲノム解析環境構築
  • 国立大学法人 九州大学:miRNA予測プログラム開発
  • 国立大学法人 名古屋大学:糖鎖統合解析システム開発
  • 国立大学法人 名古屋大学:Nextflowワークフローの実行環境構築
  • 独立行政法人 国立病院機構 東京医療センター:遺伝子解析パイプラインの開発

お客様の声

ホーム » オミクスデータ解析システム開発サービス