カテゴリー｜シングルセル解析
-
シングルセルによるレパトア解析とバイオインフォマティクス
細胞単位で遺伝子発現を解析する「シングルセル解析」では、遺伝子発現だけでなくエピゲノム解析手法の開発も盛んに行われています。一方で、細胞単位での実験操作の難しさや、産出される膨大なデータの解析や解釈には専門的な技術やソフトウェアが必要であるなど、生命科学研究において手軽な技術とはまだ言えない状態です。本セミナーでは、シングルセルレパトア解析をテーマに、Rhapsodyシステムと解析用試薬について日本BD社よりご紹介し、バイオインフォマティクス解析の手順や注意点をアメリエフ社よりご紹介します。
-
Jupyterで始めるシングルセルRNA-seq解析の自動化
シングルセルRNAデータ解析の手法や実際の手順を紹介し、公開データとSeuratを用いた基本的なデータ解析について、クラスタリングや細胞種の同定を中心に解説します。次に、データ解析をするための、サーバ選定やソフトウェアのインストール、Jupyterで作成したノートブック上での実行からプロトコルの記録までご説明いたします。
-
幹細胞研究・免疫研究に活かすシングルセル解析
近年、シングルセルRNA発現解析が非常に注目されています。臨床研究においても組織レベルから細胞レベルまで解析が可能となったため、免疫研究や幹細胞研究、発生研究やがん研究に活用されています。本セミナーでは、NGS受託企業であるノボジーン社より、シングルセルRNA発現解析について、サンプル調製からライブラリー化、NGS測定までをご紹介していただきます。続いて、アメリエフより、シングルセルRNA発現データ解析の事例やバイオインフォマティクス環境構築についてご紹介します。
-
これからはじめる空間トランスクリプトーム解析
近年、空間トランスクリプトーム解析が非常に注目されています。組織切片から空間的情報とmRNA全体の遺伝子発現プロファイルとを組み合わせて、空間的に比較解析する手法です。この技術は、発生学、疾患病理学、臨床への応用が期待されています。 本セミナーでは、10x Genomics 大崎 研 様より、10x Genomics社の空間トランスクリプトーム技術「Visium」の解説と、応用事例をご紹介していただきます。続いて、アメリエフ代表の 山口昌雄より、空間トランスクリプトーム解析の活用事例やバイオインフォマティクス解析についてご紹介します。
-
シングルセルRNAにおけるサンプル統合解析と擬似系譜解析
本セミナーでは、シングルセルRNA解析におけるデータ解析の中で、特に注目されている2群間比較解析や擬似系譜解析について、オープンソースパッケージSeuratを用いた解析手法を解説します。複数サンプル間の比較では、シングルセルRNAデータの統合やクラスターごとに発現量が高い遺伝子の検討や、生物学的な解釈を以下に行うかが重要となります。
-
シングルセルRNA解析入門
本セミナーでは、マイクロアレイやバルクRNA解析と比較し、シングルセルRNA解析の特徴を紹介します。また、基本的なデータ解析について、シーケンスデータからクラスタリング、細胞種の同定までを解説します。シングルセルの活用事例として論文を紹介し、シングルセルRNA解析を導入すべきか否かの判断材料となるようなポイントを解説します。
-
最新のシングルセル解析とバイオインフォマティクス
「シングルセル解析」は細胞単位での実験操作の難しさや、産出される膨大なデータの解析や解釈には専門的な技術やソフトウェアが必要であるなど、生命科学研究において手軽な技術とはまだ言えない状態です。本セミナーでは、解析結果に大きく影響するサンプルのクオリティを高める細胞調整や核調整時の注意点とツールについて、またシングルセル解析パッケージSeuratを用いた複数サンプルのシングルセルRNAの統合解析や、RNA velocity解析などの発展的な解析ワークフローについてご紹介します。