アメリエフ株式会社

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ロングリードによる微生物ゲノム解析|受託解析

データ解析目的

微生物ゲノム解析

解析の流れ

FASTQ シーケンスデータ
FastQC 1. クオリティチェック
minimap2 2. マッピング
BAM アライメントデータ
MEDAKA、Longshot 3. アライメントデータ補正、バリアント検出
VCF/FASTA バリアントデータ・コンセンサス配列
可視化 遺伝子アノテーション/サンプル間比較解析

凡例

ファイルフォーマット
解析

供与物・納品物

【供与物】
✔ FASTQデータ(WGS)
✔ サンプル情報
✔ 生物種
【納品物】
✔ データ解析結果報告書(PDF)
✔ マッピング結果(BAM、カバレッジ報告)
✔ 検出された変異(VCF)
✔ 検体のconsensus genome・アミノ酸配列(FASTA)(分子系統解析ソフトウェアMEGAにインポート可能なファイル)

納品物例(一部)

ロングリードによる微生物ゲノム解析の納品物例

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