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応用編

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講師紹介OPEN
氏名 所属 オンデマンド 東京会場体験コース10/2(日) 東京会場集中コース10/15(土)および
大阪会場集中コース11/5(土)​
玉田 嘉紀 弘前大学 医学研究科 教授 1章 1~2章 -
仲里 猛留 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 2章 - 1~2章
片山 琴絵 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 准教授 3章 - -
山口 類 愛知県がんセンター研究所 システム解析学分野 分野長 3章 - -
井元 清哉 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 教授 3章 - -
清水 英悟 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 4章 - 3~5章
山下 理宇 国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野 ユニット長 5章 3~5章 -
カリキュラムOPEN
実際の解析手順を習得する内容となります。入門編の基礎的な知識を有する方の参加を推奨いたします。
オンデマンドと体験コースは座学のみ、集中コースは各自PCを用いたコマンド実習も含んだプログラムです。会場開催研修については、解析手順を把握しておきたい方は体験コース、実際に実務で解析等を行う方は、集中コースをご選択ください。
タイトル
内容
Linux 入門(基本操作、コマンド、ファイル操作 等)
  • ファイル操作、パーミッション、パスの概念
  • awkなど、テキストファイル加工・編集ツール操作
  • OSS導入
公開データベース活用
  • 公開データベースとは
  • 公開データベース中のNGSデータの検索とその後の解析
  • がん実験データベースの活用(TCGA)
  • がん知識データベースの活用(COSMIC)
データ解析基礎(fastqファイルからはじめる点変異、構造変異、コピー数異常の探索とVCF作成)
  • NGS解析で取り扱う基本ファイルの説明
  • fastqファイルから変異検出(vcfファイル作成)まで
  • 変異の検出精度管理
データ解析応用(vcfファイルへのアノテーション、公開データベースとの連携やフィルタリング)
  • vcfファイルへのアノテーション
  • アノテーション済みvcfファイルのフィルタリング
  • 日本人固有Germline(ToMMo)フィルタ
  • 検出された個々の変異の意味づけ
データ解析発展(解釈や論文参照 等)
  • 公開データベースを参照し遺伝子の機能や、Pathwayを考慮した解釈
  • 論文、診断、治療、生存曲線に関する情報収集
  • Tumor Mutation Burden解析とRを使ったSignature解析
※章タイトル・構成などが変更になる場合がございます。
各章執筆者OPEN
タイトル
執筆者
Linux 入門(基本操作、コマンド、ファイル操作 等)
玉田 嘉紀 弘前大学 医学研究科 教授
公開データベース活用
仲里 猛留 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
データ解析基礎(fastqファイルからはじめる点変異、構造変異、コピー数異常の探索とVCF作成)
片山 琴絵 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 准教授
山口 類 愛知県がんセンター研究所 システム解析学分野 分野長
井元 清哉 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 教授
データ解析応用(vcfファイルへのアノテーション、公開データベースとの連携やフィルタリング)
横山 和明 東京大学 医科学研究所附属病院 血液腫瘍内科 助教
清水 英悟 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野
データ解析発展(解釈や論文参照 等)
山下 理宇 国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野 ユニット長
会場開催日程OPEN
応用編(東京会場、体験コース) 10/02(日)13:00~19:00
応用編(東京会場、集中コース) 10/15(土)​13:00~19:00
応用編(大阪会場、集中コース) 11/05(土)​13:00~19:00
時間割OPEN
タイトル 時間
1 Linux入門(コマンド、ソフトインストール、awkなど) 120分
2 公開DB活用 60分
3 データ解析基礎(Wet含めた品質管理とVCF作成) 60分
4 データ解析応用(VCFファイルへのアノテーション、公開DBとの連携やフィルタリング) 60分
5 データ解析発展(解釈や論文参照など) 60分
※変更になる場合がございます。
テキストOPEN
テキストはオンデマンド研修サイトにてダウンロードいただけます。
※応用編資料は9/20(火)に公開予定です。