アメリエフ株式会社

シングルセルRNAseq解析|受託解析

データ解析目的

細胞集団を1細胞レベルでプロファイル・存在割合が低い細胞のプロファイルの観察

解析メニュー

解析専門スタッフが研究目的に沿った充実のメニューからご提案いたします。

【基本解析】
◦ シーケンスデータのクオリティコントロール、参照配列へのマッピングおよび遺伝子発現定量
◦ 発現量正規化
◦ 次元削減およびクラスタリング
◦ マーカー遺伝子の発現量可視化(Feature plot、Cell type同定に必須の遺伝子のみ)量
◦ サンプル統合、サンプル間比較
【高次解析】
◦ Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討・試行錯誤
◦ 群間比較・発現変動遺伝子の抽出
◦ GO解析、パスウェイ解析
◦ 疑似系譜解析・RNA velocity解析
【ディスカッション】
◦ 対象サンプルの確認
◦ 発現変動遺伝子の確認
◦ 図表の調整

供与物・納品物

【供与物】
✔ FASTQデータ
✔ サンプル情報
✔ 生物種
✔ 着目する細胞のマーカー遺伝子名および割合
✔ 発現に着目している遺伝子
【納品物】
✔ 報告書
✔ Cell Ranger解析結果一式
✔ Loupe Browser用閲覧ファイル
✔ クラスタリング結果のPCA/t-SNEプロット(PDF)
✔ 各クラスタの発現マトリクスファイル(CSV)
✔ Feature plot(PDF)
✔ 発現変動遺伝子リストファイル(XLSX)

納品物例(一部)

シングルセルRNA解析の納品物例

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安心してご利用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。