アメリエフ株式会社

シングルセルRNA-seq解析

シングルセルRNAシーケンスは、個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、高解像度で細胞間の差異を把握できる手法です。FASTQファイルからわかりやすい解析報告書を作成し、丁寧にご報告いたします。

解析例

                               
ご要望 薬剤耐性にかかわる遺伝子を探索したい。
化学療法後に再発した患者様の、再発前後のがん組織について、scRNA-seq解析を行い、再発後に再増殖した細胞集団に特異的な発現プロファイルを明らかにしたい。
解析内容 1. 算出したUMIカウントデータに対し、検出限界を下回った遺伝子および細胞のクオリティコントロールを行う。
2. フィルタ後のUMIカウントを用いて正規化・クラスタリングを行い、全細胞をいくつかのクラスタに分類する。
3. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的なクラスタを探索する。
4. 各クラスタにおいて、他のクラスタよりも高発現しており、そのクラスタを特徴づける遺伝子(マーカ遺伝子)の探索を行う。
5. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的に発現している遺伝子を探索する。
納品物 1. 解析報告書
2. クラスタリング結果
3. マーカー遺伝子の発現状況を可視化した図
4. 解析中間データ
価格(税別) 67.5万円~ アカデミア価格もございます。



▲ t-SNEプロットによる2群間比較解析


▲ t-SNEプロット+Featureプロット


▲ WGCNA解析


▲ バイオリンプロット


▲ 疑似系譜解析

データ解析ラインアップ

研究目的に合わせて、解析オプションを組み合わせて実施いたします。

発現量算出

  • ・参照ゲノム配列(hg38等)へのマッピング
  • ・UMIカウント算出

クオリティーコントロール

  • ・低クオリティ遺伝子および細胞の除外
  • ・次元削減(PCA、t-SNE)
  • ・クラスタリング(k-means)
  • ・バッチエフェクト補正(UMAP)

Feature plot(着目遺伝子の発現量可視化、10遺伝子)

細胞型同定

  • ・マーカー遺伝子発現による細胞型の同定

発現変動解析

  • ・細胞群間の発現比較

■オプション(有償)
・パスウェイ解析
・GO解析
・WGCNA解析
・疑似系譜解析

解析ツール例

                             
データ処理、クラスタリング、条件間比較Seurat
クラスタリング、疑似系譜解析Monocle

納品までの流れ

  • ご契約

    ご要望をヒアリングし、仕様書と見積書を発行いたします。
    内容が確定しましたら、ご注文書をお送りください。

  • 解析実施

    担当者がデータ解析を行います。

  • 中間報告

    解析結果の一部をご報告します。結果や方向性をご確認ください。(解析内容により、中間報告がない場合もあります。)

  • 最終報告

    解析結果を納品いたします。解析方法および結果について報告書をもとにご説明します。

ご用意いただくもの

・ FASTQファイル
  Chromium(10x Genomics社)でライブラリ作製した、Illuminaシーケンスデータ
  ※Chromium以外でのライブラリ作製の場合でも、対応可能な場合がございますので、ご相談ください。
・ サンプル情報(生物種、実験情報)
・ 着目する細胞のマーカー遺伝子
・ 発現に着目する遺伝子(30個まで)

価格

製品番号 内容 納品物 価格(税別) 納期
J008 シングルセルRNA-seq解析
(FASTQから、3サンプルまで)
・データ解析結果報告書(PDF)
・各種図および表(Excel、PDF)
・発現変動遺伝子およびP-valueリスト(Excel)
67.5万円~ アカデミア価格もございます。 1ヵ月~