アメリエフ株式会社

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お客様の声

バイオインフォマティクストレーニング

製品情報

論文・技術調査


事例紹介

R001 論文調査事例

ご相談 微生物ゲノムの〇〇解析について、調査や評価が十分に行われておらず、研究所内で解析手順が定まっていない。学術論文で一般的に使用される解析手順やツールを知りたい。
ご提案 解析の流れや、解析に適したツールを決定するため、微生物の〇〇解析研究において一般的に使用されている解析処理やツール、データベースについて、文献の調査を行う。
実施内容

テーマ

  • データ前処理
  • DNAデータを用いた解析
  • RNAデータを用いた解析
    • 2017年以降に出版され、〇〇解析を実施した論文を調査した。各テーマ30-50報程度。

      論文調査

      • 〇〇解析の概要
      • 多数の論文で実施された一般的な解析処理
      • 各解析処理で利用されている主な解析ツール
      • 解析処理を組み合わせたワークフローの提案
      • 調査報告書(イメージ)
      報告イメージ

製品情報

データ解析サーバ

事例紹介

M002 データ解析サーバ エンタープライズ版

ご相談 メタゲノム解析とマイクロアレイ解析を内製化して行いたい。実施するのは解析初心者なので、教育や相談もお願いしたい。
実施内容 メタゲノムとマイクロアレイそれぞれを導入したエンタープライズ版のサーバ二台に加え、解析環境を操作するためのLinux・R、メタゲノム・マイクロアレイの解析自体に関するトレーニング、さらに一年間の解析コンサルティングサービスをご提案しました。
効果 導入した解析環境でもトレーニングで習った通りに解析できるので、日常的に解析を行っている。現状解析がサクサク進むので、さらに高度な解析をするため、新たな解析ツールを導入を近々お願いする予定。

事例紹介

M004 データ解析サーバ オーダーメイド版

ご相談 現在、ウェブ上で用いている解析ツールをデータを外部に出さなくていいようにサーバ上で動かしたい。サーバ上で動かすときに、マッピングなどの重たい処理も行えるようにしたい。
実施内容 実施したい解析と使用するツールなどのヒアリングを行い、ウェブツールと解析に必要なライブラリを導入したオーダーメイドのNGSデータ解析サーバをご提案。
効果 解析ツールに利用したいリファレンスデータや機能をダウンロードして解析を進めています。同時にアクセスし解析する人数も織り込んでサーバのスペックを決めているため、滞りなく解析できているようです。

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データ解析コンサルティング

事例紹介

E001 データ解析コンサルティング

ご相談 ゲノムデータ解析を進めたい。インフォマティクスやサーバ関連に不慣れなため、サポートしてほしい。(食品企業様)
実施内容 ご研究のテーマに関する、以下のようなご相談に対応。
  • 実施したい操作に適したソフトウェアの紹介
  • ソフトウェアの導入方法
  • ソフトウェアに必要な入力データの詳細調査
  • 結果の図の解釈方法
効果 ソフトウェアを活用し、研究におけるデータ解析を進められるようになった。
サービスにご納得いただき、コンサルティング期間を継続してご契約いただいた。

事例紹介

E002 データ解析コンサルティング(データ解析実施プラン)

ご相談 研究所のサーバ内にある実際のデータを見ながら、適切な解析手法の提案や、解析トラブル対処のサポートをしてほしい。解析の作業を一部手伝ってほしい。
実施内容 研究所のサーバにVPN接続し、当社の技術者が状況確認や解析を行うことができる環境を構築。解析方針や結果の解釈の仕方についてご相談にお答えし、実際の解析作業やエラーの解決など、幅広く力添え。
効果 サポートをお役立ていただき、お客様ご自身で積極的に新しいテーマの解析に挑戦されている。

報告書イメージ

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システム開発

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ソフトウェア導入

事例紹介

S001 解析パイプライン

ご相談 いくつかの菌類について変異検出と、変異に対するアノテーションを行いたい。また、現在、サーバなどの解析環境がないので、解析環境の導入も同時にお願いしたい。
実施内容 Reseq解析パイプラインと、ご指定いただいた解析対象の菌の株のアクセッション番号にあわせ環境を構築したサーバ(M004)をご提案。
効果 設置場所に訪問し、サーバの設定と現地でのパイプラインのテストラン、並びに、パイプライン利用者を対象にパイプラインの使用方法および結果の見方などのレクチャーを行った。パイプラインのワークフローと、実行結果を見せながらの説明について、好評をいただいた。

事例紹介

S012 オープンソースソフトウェア導入サービス

ご相談 10X Chromiumを用いたシングルセルRNA-seq解析を実施したい。
実施内容 10X Chromiumの結果を読み込むソフトウェアと、データを解析するソフトウェア群をセットアップしたサーバの導入。その後、解析トレーニングと、一年間のデータ解析コンサルティングをご提案。
効果 設置場所に訪問してサーバの設定および導入したサーバを用いてLinux・R・シングルセルRNA解析のトレーニングを実施した。導入以降、継続的に解析が行われており、シングルセルRNA解析を安定的に実行できる解析環境が整った。

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解析受託サービス

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