リード集積値算出ソフトウェア開発
京都大学 医学研究科
瀬川 勝盛 先生
ご相談
イルミナのMiseqから得られたシーケンスデータについて、クオリティコントロールおよびマッピング、近傍リードの集積値を算出する解析パイプラインを構築してほしい、とのご相談をいただきました。
ソリューション
集積の評価方法について指示をいただきながらスクリプトを作成し、実績のあるオープンソースのソフトウェアと組み合わせることで、解析パイプラインのご提案を行いました。解析に必要なメモリの使用量やデータサイズから、必要なスペックのサーバを選定し、ソフトウェアをインストールして納品いたしました。後日、同パイプラインを用いた論文が発表されたとのご連絡をいただきました。
Segawa K, Kurata S, Yanagihashi Y, Brummelkamp TR, Matsuda F, Nagata S.
Caspase-mediated cleavage of phospholipid flippase for apoptotic phosphatidylserine exposure.
Science. 2014 Jun 6;344(6188):1164-8.
ヒトゲノムに挿入されたウイルス配列の“密集度”を解析することで表現系の責任因子を探索
開発期間
2ヶ月
担当者の声
解析の目的や手法が明確だったため、システム設計はスムーズに短期間で完了しました。データ出力のイメージをご提示したところ、追加項目がいくつかあったため、何度かディスカッションをしながら、データ解析システムの仕様を確定していきました。
仕様が確定した後は、プログラミングを行い、現地でのインストールと、実際のデータを用いたチュートリアルを行い、期待通りの結果を得ることができました。
その後、わずか1年ほどで論文として発表され、担当者としても非常に嬉しい案件でした。