CUT&RUN-seq解析とは

CUT&RUN-seqは「Cleavage Under Target & Release Using Nuclease」の略称で、ChIC (Chromatin immunocleavage) の原理に基づいて、クロマチンの特定領域を切り出してシーケンスする、ChIP-seqと同様にDNA－タンパク質間相互作用を解析する手法です。

• 特徴（ ChIP-seqとの比較）
• ・IPが不要なため、必要な細胞数が少ない
• ・細胞回収からDNA精製までの時間が短い
• ・目的のDNA断片のみを回収するため、バックグラウンドレベルが低い
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CUT&RUN-seqのデータ解析により期待できること

• ・ピーク検出： タンパク質のDNA結合部位の特定
• ・遺伝子情報アノテーション： ピーク近傍にある遺伝子情報の紐づけ
• ・モチーフ探索： 検出されたピークに共通するモチーフの探索

外注業者や共同研究先にシーケンスと基本解析をお願いしたけれど…

• ・仮説を裏付ける結果が出なかったため、切り口を変えた解析が必要になった。
• ・解析手法と結果について具体的に質問したい。

自分でデータ解析をやろうとしたけれど…

• ・高次解析が難しく、論文用の図表が作成できなかった。