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ウイルスゲノム解析

株式会社リチェルカクリニカ
九州大学(非常勤)
池松 秀之 先生

ご相談

複数検体から得られたウイルスゲノムのシーケンシングデータから塩基配列およびアミノ酸配列を作成し、公開データベースに登録されているウイルスや過去に採集したウイルスの配列とのクラスタリングや系統樹推定(phylogenomics)を定期的に実施したい、とのご相談をいただきました。

ソリューション

実際のシーケンスデータを用いて、クオリティコントロールやマッピング、変異検出、配列作成などの最適化を行い、解析方法を確立しました。弊社でシーケンスデータを解析する体制を構築することで、いただいたシーケンスデータを、過去のウイルスデータとともに、定期的に解析を行っています。作成したゲノム配列などは、直接加工できるフォーマットでご報告しています。

ウイルスゲノム配列

ウイルスゲノム配列

開発期間

1ヶ月

担当者の声

系統樹推定に用いる配列を次世代シーケンシングデータから作成する手法や、数十検体の解析の自動化による解析時間の短縮が主な開発内容になりました。解析結果をご確認いただき、手法の改善点をご指摘いただくことで、ウイルスデータの特徴を反映した精度向上につながり、学ぶところが多々ありました。ウイルスのゲノム配列を用いた系統樹推定は、手法が確立されているため、参考論文を提示していただき、開発内容が明確でした。データ解析パイプラインを確立した現在は、手法を別のウイルス株にも応用し、解析を簡易に行うことができるようになりました。