アメリエフ株式会社

NGS解析サーバ

次世代シーケンス(NGS; Next-Generation Sequencing)データの解析を行います。Exome-seq、Target-seq、RNA-seq、ChIP-seqに加え、miRNA-seq、Methyl-seqなどの解析パイプラインに対応しています。解析の途中経過をリアルタイムで確認することができ、マッピング率などの集計値が出力されます。生物種や解析パイプラインに合わせた3種のモデルをそろえました。静音型なので、デスクの足元に置くことのできる解析環境として人気の製品です。

製品情報

モデル スタンダード エンタープライズ ハイエンド
解析
パイプライン
下記から1つご選択ください 下記から最大2つご選択ください
・Resequence/Exome解析パイプライン
(Whole Exome Sequence, Whole Genome Sequence対応)
・RNA-seq解析パイプライン
・ChIP-seq解析パイプライン
・Clinical-seq解析パイプライン(Resequenceパイプラインが必須となります)
リファレンス
ゲノム
下記から最大2つご選択ください 下記から最大3つご選択ください
・hg19
・GRCm38(mm10)
・rn5,rn4
・TAIR10
・MEDAKA1
CPU Intel Core i7-6700K
[4.0GHz/4Core]
Intel Core i7-5930K
[3.5GHz/6Core]
Intel Xeon E5-2667v3
[3.2GHz/8Core] × 2基
メモリ 32GB(8GBx4本) 64GB(8GBx8本) 256GB(16GBx16本)ECC付
ストレージ SSD : 80GB(OS用)
HDD : 2TB×1台(データ用)
SSD : 120GB(OS用)
HDD : 2TB×4台
(RAID構成、データ用)
SSD : 160GB(OS用)
HDD : 3TB×8台
(RAID構成、データ用)
筐体サイズ W220mm×H465mm×D505mm W178mm×H437mm×D648mm
UPS なし あり
OS CentOS6 64bit(日本語版)
設置・導入 ・設置サービス
・初回導入チュートリアル
サポート
(有償)
・データ解析サポート・・・解析パイプラインとサーバの基本操作について、電話またはメールでの技術サポートを行います。(1年間)
バイオインフォマティクス・トレーニング(Linux基礎 他)
・パイプライン開発
・チュートリアル(実データ利用)・・・発注時にお手持ちのデータをお預かりし、納品時に解析結果を用いたチュートリアルを実施します。
・出張サポート
同梱物 ・23インチディスプレイ
・キーボード
・マウス
・本体マニュアル
・クイックスタートマニュアル
・インストールメディア
納期 約4週間 約4週間 約8週間
価格 1,100,000円(税別) 1,800,000円(税別) 4,600,000円(税別)
対象 微生物などゲノムサイズの小さい生物種の解析に ヒトやマウスなどのExome/RNA-seq/ChIP-seq解析に 全ゲノム解析や大量サンプルの解析に

販売価格は仕入れ価格により変動いたします。

>>サービスカタログは、こちら

解析ツール

解析ツール 概要
FastQC 次世代シーケンサーから得られたFASTQファイルデータのクオリティコントロールを行うツールです。
cutadapt シーケンスアダプター配列やプライマー配列を除くためのツールです。5’ 末端と 3’ 末端の両方からアダプター配列を除去することができます。
Trimmomatic 次世代シーケンサから得られた配列データのトリミングを行うツールです。パラメータの設定により、低クオリティリードの除去やプライマー配列の除去を行えます。
Bowtie 次世代シーケンサから得られた配列データを、参照配列にマッピングするツールです。短いリード(< 50 bp)ではBowtie2よりも高速に処理できる場合があります。
BWA 次世代シーケンサから得られたリードのマッピングを行うツールです。短いリードだけでなく 1000 bp付近のリード長のマッピングにも対応しています。
BSMAP バイサルファイトシーケンスのマッピングやメチル化率算出を行うツールです。SOAPをベースに開発されており、WGBSとRRBSの両方に対応しています。
SAMtools SNV検出やアライメントの表示、インデックス作成、データ抽出、ファイル形式の変換などを行うツールです。
Picard SAMやBAMファイルを操作するためのツールセットです。重複リードの除去やカバレッジ集計などに用います。
BLAST 塩基配列やアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行うツールです。クエリシーケンスを参照配列に対してローカルアライメントする際に用いられます。
MACS ChIP-seq解析に用いられ、高分解能のピーク検出を行うツールです。MACSでは両ストランドのピークを検出し、それらの中央を結合サイトとして扱います。
SnpEff SNVやIndelなどの変異に対するアノテーションを行うツールです。広く解析されている生物種の場合は、SnpEffがアノテーションのデータベースを公開しています。