アメリエフ株式会社

amelieff > ニュース > お知らせ
ニュース| バイオインフォマティクス勉強会
日本医療研究開発機構(AMED)の教育事業にて講師を務めました。

埼玉県立がんセンター 赤木 究 先生にお声がけいただき、弊社代表取締役 山口が3月12日(日)の日本医療研究開発機構(AMED)の教育事業*にて、講師を務めさせていただきました。

AMED講演会

日本医療研究機構(AMED)では定期的に、最先端の技術について紹介するセミナーを開催しています。
今回は、ゲノム医療に向けた教育事業の一環として、弊社代表の山口が変異解析(Variant Analysis)についての講義を担当させていただきました。

アメリエフ株式会社は、これからも一人でも多くの生命科学研究者に最先端かつ効率の良い情報解析ツールやノウハウを提供し、ゲノム医療実現のお手伝いができるよう、邁進してまいります。

*平成28年度「革新的がん医療実用化研究事業」における研究プロジェクト、「産学連携全国がんゲノムスクリーニング事業SCRUM-Japan で組織した遺伝子スクリーニング基盤を利用した、多施設多職種専門家から構成されたExpert Panel による全国共通遺伝子解析・診断システムの構築および研修プログラムの開発」(研究開発代表者:国立研究開発法人 国立がん研究センター 吉野 孝之 先生)の一部です。


平成28年度 NGSハンズオン講習会 資料公開のお知らせ
昨年に引き続き、弊社メンバーが講師を務めさせていただいた「NGSハンズオン講習会」(NBDC主催)の講義資料と動画が公開されましたのでお知らせいたします。

「NGSハンズオン講習会」は、現在不足している、莫大・多様なライフサイエンス研究データを取り扱うバイオインフォマティクス人材を育成するためにNBDC運営委員会人材育成分科会が実施した講習会です。

弊社が担当させていただいた講義では、100名程の方にご参加いただきました。
資料や動画は下記のURLよりご覧いただけます。

◆NGSハンズオン講習会
https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h28-2

ハンズオン講習会風景

引き続き、微力ながらバイオインフォマティクス人材育成に貢献していけるよう邁進して参ります。
第46回バイオインフォマティクス勉強会「10x Genomicsによるロングリード解析@東京」開催のお知らせ
9月9日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。

《講師》
株式会社スクラム 掛谷 知志 様
アジレント・テクノロジー株式会社 吉崎 史子 様
シーケンシング受託会社  ご担当者様
アメリエフ株式会社 山口 昌雄

《内容》
10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 本勉強会では、日本で10x Genomicsのサービスを提供する3社をお招きし、実験から解析までトータルにご紹介いたします。

● 10x Genomics社のChromiumシステムのご紹介 株式会社スクラム社
● Chromium向けターゲットエンリッチメント試薬のご紹介 アジレント社
● 受託解析サービスのご紹介 受託解析会社 ご担当者様
● データ解析のご紹介 アメリエフ

10x Genomicsの技術にご興味のある方、お試しされたい方、導入をご検討されている方などご参加をお待ちしております。

日時 2016年9月9日(金) 15:30-16:45 (受付開始 15:00~)
場所 三田いきいきプラザ 2階 集会室A(洋室)
〒108-0014 東京都港区芝四丁目1-17 三田いきいきプラザ
アクセス 地下鉄三田線・浅草線:三田駅 A9番出口より徒歩1分
JR山手線・京浜東北線:田町駅 西口より徒歩8分
都バス:(反90乙)五反田駅⇔三田駅 三田駅前バス停より徒歩1分
定員 30名
参加費 無料
対象 ・これからNGSを用いたロングリード解析をラボまたは委託で始めたい方
・10x Genomics社製品に興味がある方
・NGSを使ったロングリード解析について興味がある方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)
お申込み https://goo.gl/forms/FU8bwxY1PfqP3iey2
【お申込み締切:9月8日(木)正午まで】

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。
勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。
ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、ご遠慮無くご連絡ください。


第44回・第45回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるNGS融合遺伝子解析入門」開催のお知らせ
5月20日、5月27日に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。
(東京開催、大阪開催とも同様の内容となります。)

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)
尾上 広祐 (バイオインフォマティクス事業部データ解析担当)

《内容》
RNA-seqのシーケンスデータからオープンソースソフトウェアTopHat-fusionを用いて融合遺伝子を検出し、遺伝子アノテーションを付与する方法について、Linuxを用いたフリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。

◆大阪開催◆

日時 2016年5月20日(金) 16:30-17:30 (受付開始 16:15〜)
場所 リバネス 大阪事業所
〒541-0041 大阪市中央区北浜1-5-7 北浜MDビル2階
*ご来社の際は1階インターホンにて、201号室の呼び出しをお願いします。
アクセス 大阪市営地下鉄堺筋線:北浜駅 3番出口 徒歩3分
京阪本線:北浜駅 30番出口 徒歩1分
定員 20名
参加費 1,000円(消費税込)
学生 500円(消費税込)
対象 ・これからNGS解析を始めたい方
・NGSを使った融合遺伝子検出について、よく知らないが興味がある方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)
お申込み http://goo.gl/forms/og4ahw81sZ
【お申込み締切:5月18日(水)正午まで】

◆東京開催◆

日時 2016年5月27日(金) 17:45-18:45 (受付開始 17:30〜)
場所 三田いきいきプラザ 2階 集会室A
〒108-0014 東京都港区芝四丁目1-17 三田いきいきプラザ
アクセス 地下鉄三田線・浅草線:三田駅 A9番出口より徒歩1分
JR山手線・京浜東北線:田町駅 西口より徒歩10分
都バス:(反90乙)五反田駅⇔三田駅 三田駅前バス停より徒歩1分
定員 30名
参加費 1,000円(消費税込)
学生 500円(消費税込)
対象 ・これからNGS解析を始めたい方
・NGSを使った融合遺伝子検出について、よく知らないが興味がある方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)
お申込み http://goo.gl/forms/og4ahw81sZ
【お申込み締切:5月25日(水)正午まで】

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。
勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。
ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、ご遠慮無くご連絡ください。


【開催後記】ライフサイエンス×IT勉強会を開催いたしました

9月26日(土)のライフサイエンス×IT勉強会第2弾@神田を開催いたしました。簡単に勉強会の様子をご報告いたします。

第一部では、シーケンサ(DNAの塩基配列を読み取る装置)の精度の向上に伴い、ここ20年間のうちに「早く」「安く」DNAデータの作成が可能になった反面、解析を担当するバイオインフォマティシャンの人材が不足している現状や、米国や日本でも予算を確保しライフサイエンスに重点的に取り組む方針であるなど、業界の動きと今後の展望について、代表取締役社長 山口よりお話させていただきました。

第二部では、細胞や遺伝子についての基本的な解説から遺伝子配列を使った解析をご体験いただきました。

incu・be

参加された皆様

今回は、学生から社会人、趣味でプログラミングをされている方、起業のご経験がある方など、様々な背景を持った方にご参加いただきました。 ご自身の興味や研究、仕事などの観点から、たくさんの質問をいただきました。また、自己紹介や名刺交換、懇親会で、参加者同士でもお話されて、異業種の方との横のつながりを作る機会にもなったのではないかと思います。
一方で、ライフサイエンスにおいてITエンジニアがどのように貢献できるのか、伝えきなかったという反省もありますので、次回以降、ITエンジニアが具体的にどのように活躍できるのかをお伝えできるよう工夫したいと考えております。

お忙しい中、ご参加いただきました皆様に御礼申し上げます。
次回の開催も予定しておりますので、決まり次第改めてお知らせいたします。

筆者:山本


ライフサイエンス×IT勉強会第2弾@神田 開催のお知らせ
前回7月の会に続き「ライフサイエンス×IT勉強会第2弾」を開催することが決定いたしましたので、ご案内いたします。

《演者》
山口 昌雄 (代表取締役社長)

《内容》
第一部:
「医療」や「ライフサイエンス」におけるITの取り組みについて最先端の情報をお話いたします。

第二部:
サンプル遺伝子と基準とされている遺伝子を比較し、遺伝子配列の違いについて「日本人にはよく見られる変異」「この変異は病気にかかわる変異」である、などの意味を見つけ出す解析の疑似体験を行います。

第1弾
★第1弾の風景
第1弾では若手ITエンジニアや学生が多数集まり、活発なディスカッションが繰り広げられました。
新しい分野に挑戦したいIT分野の方は是非お越しください!


日時 2015年9月26日(土) 16:30-18:00 (受付開始 16:15〜)
場所 貸し会議室 神田ホール
東京都千代田区神田東松下町37-2 加瀬ビル130 4階 第1会議室
アクセス JR・東京メトロ銀座線「神田」駅より徒歩5分
都営新宿線「岩本町」駅より徒歩3分
JR「秋葉原」駅より徒歩7分
定員 24名
参加費 無料
形式 ゼミ形式(フリーディスカッション)
ネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLお申し込みフォームからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/forms/vHVRSMlj5Z
          【お申込み締切:9月25日(金)正午まで】
           ※定員になり次第締め切り。

勉強会の後には懇親会(実費)を企画しております。
みなさまとお会いできることを楽しみにしております。

NGSハンズオン講習会フォローアップ勉強会@神田 開催のお知らせ
8月のハンズオン講習会に参加された方を対象に、アメリエフ主催で「フォローアップ勉強会」を企画いたしましたのでお知らせいたします。

講習会当日には聞けなかった質問や、実際に自分のデータで解析してみて生まれた疑問などにお応えします。アメリエフからは講師2名とTA2名も参加しますので、みなさま奮ってご参加ください。

日時:2015年9月18日(金) 19:00 – 21:00
場所:JR神田駅周辺の居酒屋
参加費:3500円(会食代)
詳細はお申し込みをされた方に後日お知らせいたします。

参加をご希望の方は、下記URLよりお申し込みください。

お申込みはこちら ⇒ http://goo.gl/forms/AGX8gloYuJ
         【お申込み締切:9月14日(月)正午まで】

みなさまとお会いできることを楽しみにしております。

<バイオインフォマティクス講習会@神戸>定員人数を増やしました
先日ご案内いたしました5月20日の講習会は、ご好評いただき間もなく満席となります。
できる限り多くの方にご参加いただくため、この度お席を4席増やし、定員を44名様とさせていただくこととなりました。

18日(月)正午の〆切まで日にちが迫ってまいりましたが、引き続き、詳細ページのお申し込みフォームより皆様のお申し込みをお待ちしております!

☆講習会の詳細はこちら⇒ http://amelieff.jp/?p=4376
<バイオインフォマティクス講習会@神戸>Bio-Linux 8のインストールに関する補足情報
先日ご案内いたしました5月20日の講習会では、仮想環境を事前インストールしていただくことでLinuxを体験しながら受講することができます。

環境構築に当たりまして、インストールの詳細な手順を記載している資料を補足情報としてご案内いたします。
こちらの資料は東京大学 大学院農学生命科学研究科 門田 幸二先生のホームページにて公開されているものをご紹介しております。

仮想マシンの作成、およびBio-Linux 8のインストール
●Windows版
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/book/JSLAB2_BioLinux8_iso_win.pdf
●Macintosh版
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/book/JSLAB2_BioLinux8_iso_mac.pdf

現在、お陰様で20名様を超えるお申し込みをいただいておりますが引き続き、皆様のお申し込みをお待ちしております!

☆講習会の詳細はこちら⇒ http://amelieff.jp/?p=4376
バイオインフォマティクス講習会@神戸「アメリエフのバイオインフォマティクストレーニングを体験」開催のお知らせ
この講習会のお申し込みは終了いたしました。
ご好評いただき満席となりましたが、ご希望がございましたらお問い合わせください。

5月20日に開かれるバイオインフォマティクス講習会のご案内です。

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
アメリエフで提供している「トレーニング」をたくさんの方に知っていただくため、トレーニングを体験できる講習会を企画いたしました。

お手持ちのPC(Mac / Linux)でNGS 解析を始めたい方に、Linux の基本操作からNGSデータ解析でよく利用されるフリーソフトの使い方、データ解析手法をご紹介します。
本セミナーでご紹介するコマンドはお配りする資料にすべて記載してありますので、お持ち帰りいただき、ぜひNGS 解析でご活用いただければと思います。

講習会開催にあたっては、理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 工樂 樹洋先生、医学生物学研究所(MBL)様にご協力いただいております。

日時 2015年5月20日(水) 16:30-18:00 (受付開始 16:15〜)
場所 理化学研究所 多細胞システム形成研究センター(CDB)C棟 4階 C-S401号室
〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
アクセス 最寄り駅:ポートライナー 医療センター駅
定員 40名 ⇒ 44名
参加費 無料
対象 ・これからNGS解析を始めたい方
・これからLinuxを始めたい方
形式 講義形式
★仮想環境の事前インストールで、Linux を体験しながら受講できます。
下記URL をご参考に、お手元のノートPC にLinux 仮想環境(VMware、BioLinux)を構築してご準備ください。
・BioLinuxのインストール(日本語版) http://bi.biopapyrus.net/win/vm-biolinux.html
・BioLinux(公式) http://environmentalomics.org/bio-linux/
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/forms/qP62qylPj9
          【お申込み締切:5月18日(月)正午まで】
みなさまとお会いできることを楽しみにしています。
講習会の後には、「理研神戸 NGS施設見学会」(最大20分)と施設内での情報交換会(実費:2,000円)を予定しております。詳細はお申し込みをされた方に後日お知らせいたします。
情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。
ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。