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新年度RNA-seq受託解析キャンペーン
新年度RNA-seq受託解析キャンペーンのお知らせ

新年度RNA-seq受託解析キャンペーン

ご好評につき期間延長決定!
キャンペーン期間:2022年7月31日 試料またはデータ受領まで

RNA-seq遺伝子発現量群間比較

total RNAからのRNA-seq遺伝子発現量群間比較までワンパッケージでご提供5.9万円/サンプル(4Gb)(税込64,900円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 二群間解析における発現量比較解析」「 発現変動遺伝子の抽出」「 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

RNAseq解析

 RNAseq解析とは、次世代シーケンサー(NGS)を用いて転写物の塩基配列を決定する方法です。この配列をリファレンスゲノムへアライメントし、転写産物毎の発現量を測定し、通常はサンプル間の発現量の比較解析を行います。スプライスバリアント毎の発現解析、融合遺伝子検出、変異解析、新たな転写産物の予測を行うことができます。
 リファレンスゲノムのない生物の場合でも、配列をアセンブルして転写産物モデルを構築し、アライメントさせて解析することができます。

実験のポイント

 解析対象のRNAの種類に適したライブラリー調整キットを用いて、ライブラリー作成を行います。必要なシーケンス量は、生物種や何をプロファイリングしたいかによって異なります。ヒトやマウスの場合、最低でも2000万リード、4Gbp以上の測定が推奨されます。スプライスバリアント(アイソフォーム)の検出や新規転写産物を探索する場合、もしくはFFPEサンプルやnon-conding RNAを扱う場合には、シーケンス量を増やす必要があります。

解析のポイント

 NGSによるシーケンスで得られた配列は、FASTQというファイル形式で保存されます。この配列をスプライシングを考慮してゲノム配列にマッピングします。この結果は、BAM形式ファイルで保存され、IGV (Integrative Genomics Viewer)などのゲノムビューワーを用いて閲覧できます。
 発現量は、リードカウント、または、補正値を用います。FPKM (Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments)やTPM (Transcripts per million)は、発現量をエクソン長と全マッピング数で補正した値です。CPM (Counts per Million mapped reads)は、発現量を全マッピング数で補正した値です。
 2群間の比較解析では、発現量の比をlogスケールで表現した値、もしくはt検定による有意差P値がよく用いられます。

研究目的別高次解析のポイント

 臨床上の特徴や薬剤が遺伝子発現にどのような影響を及ぼすのかを、発現変動が観測された遺伝子に注目し、特定のパスウェイや生物学的な機能のまとまりで、その意味を捉えることが高次解析の目的です。
 このためには以下に示しますように、データの特徴を把握した上で2群間比較による発現変動遺伝子解析を行い、その上で研究目的に応じた生物学的な機能を理解するための解析手法を適切に選択することが重要となります。

データの特徴の把握

・主成分分析

主成分分析
 全サンプルを対象に、遺伝子発現の傾向を二次元プロットで表現します。これにより、二次元上にプロットされた各サンプル間の距離から、類似性を読み取ることができます。複数サンプルの発現プロファイルの類似度を視覚化し、その後の解析で群間の差を見出すことができるデータであることを確認します。 主成分分析

・階層的クラスタリングのヒートマップ

階層的クラスタリングのヒートマップ
 縦軸に遺伝子、横軸にサンプルを配置し、発現量を色で表現します。
 各軸でクラスタリングを実施し、群ごとに同じまたは近いクラスタに分類します。はずれ値を持つサンプルを確認できます。
階層的クラスタリングのヒートマップ

2群間比較による発現変動遺伝子解析

 2群間で有意に発現量に差がある遺伝子群を特定します。

・Volcano plot

Volcano plot
 2群間の比較解析において、有意差P値(logスケール)と発現量の比(logスケール)を2次元プロットで表現します。各プロットの点は遺伝子に該当し、有意に変動している(p値や発現量比)遺伝子数の概観の確認や、変動の傾向の把握に使用します。
 各点に該当する遺伝子名を重ねて表記するなどし、既知の遺伝子で想定される発現変動が起きているかを確認するなど、データの妥当性の検討に用います。
Volcano plot

発現変動遺伝子と生物学的意義

発現変動した遺伝子群の生物学的機能の共通点や、影響を受けているパスウェイ等の探索を行います

・GO(Gene Ontology)解析

GO解析
 Gene Ontologyとは、遺伝子の属性を説明する語彙を体系化・構造化した記述方法です。GOは生物学的プロセス、細胞の構成要素、分子機能の3カテゴリーに分けることができ、それぞれのカテゴリーにはさらなる下位概念が定義されています。有意に変動した遺伝子群がどのような生物学的概念にエンリッチしているかを解析することで、比較対象が影響を与えている生物学的機能を捉えます。
 最上位GOから、下位GOまでの繋がりを図に示します。それぞれのGOのエンリッチメント解析結果は色の濃淡で有意差(P値)の大きさを表します。
GO解析

アメリエフが選ばれる理由

  • ・実験と解析をワンパッケージでご提供します
  • ・研究目的にあった解析手法を選択し解析プランを組み立てます
  • ・解析内容と解析結果を丁寧にご説明し仮説検証に貢献します

解析メニュー

  • RNAシーケンス
    • ライブラリ調製、NovaSeq6000による(PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード)によるシーケンシング
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
    • 二群間解析における発現量比較解析:二群間解析(Volcano plot、4組組み合わせまで)、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
    • 発現変動遺伝子の抽出
    • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化(Box plotなど)
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA(重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析)
  • ※non stranded RNA-seqとなります。strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
  • ※12Gbの場合(NovaSeq6000によるPolyA 12Gb/40Mぺアードリード)、6.9万円/サンプル(税込75,900円)となります。

サンプルに関して

サンプル要件

  • RNA-seq遺伝子発現量群間比較
    • サンプルタイプ:total RNA
      ※サンプルQCでRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      総量(µg) 液量(µL) 濃度(µg) 純度
      1以上 20以上 50以上 OD260/280 1.8 – 2.2
      OD260/230 ≧ 1.8

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

 〒103-0023  東京都中央区日本橋本町2-3-11 
 日本橋ライフサイエンスビルB101 東京配送センター

注意事項

  • ※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
  • ※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。
  • ※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
     その際には出張費をご請求いたします。
     また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

新年度シングルセルRNA-seq受託解析キャンペーン
新年度シングルセルRNA-seq受託解析キャンペーンのお知らせ

新年度シングルセルRNA-seq受託解析キャンペーン

ご好評につき期間延長決定!
キャンペーン期間:2022年7月31日 試料またはデータ受領まで

シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析

シングルセル化した細胞からのシングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析までワンパッケージでご提供110万円/サンプル(税込1,210,000円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討」または「 疑似系譜解析」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

シングルセルRNAseq解析

 シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。

実験のポイント

 シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
 死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
 またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。

解析のポイント

 特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。

高次解析により得られる図表の例

バイオリンプロット、クラスタリング結果、Feature plot、UMAP

研究事例

1)がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究

  •  薬物耐性獲得のメカニズムの解明は、がんの薬物治療において不可欠な要素です。耐性獲得の背景は、様々あるとされていますが、がん組織の不均一性がその原因の一つであると考えられています。Kashimaらは、がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明にscRNAseq解析を利用しました(Kashima et al., Cancer Res, 2021)。
  •  具体的には、オシメルチニブ耐性細胞の出現機構を解明するために、EGFR遺伝子に変異をもつヒト肺腺がん細胞株であるNCI-H1975細胞を用いて一細胞解析を行いました。H1975はオシメルチニブ感受性の細胞であることが知られていますが、この細胞を段階的にオシメルチニブに曝露し、各段階での細胞群をscRNAseq解析することで、①親株に少数のオシメルチニブ耐性細胞が存在すること、②オシメルチニブ曝露群にしか出現しない細胞群が存在すること、が明らかになりました。

2)発生/分化分野での毛包形成研究

     全世界で男性の50%、女性の25%が薄毛に悩んでいると言われており、自己由来の幹細胞から毛包を誘導する研究が注目されています。しかし、生体内での毛包のde novo形態形成については、毛包の不均一性や非同期的な発達のため、アプローチが難しく理解が進まない状態でした。このような観点から、毛包のde novo形態形成の基礎となる分子経路を明らかにすることは、毛包の発生に関する深い洞察をもたらし、in vitro条件下での毛包の発生を誘導する上で重要な意味を持つと考えられます。
  •  GeらはscRNAseq技術を用いて、様々な分化期におけるマウス背部皮膚から得られた細胞群に対して一細胞のトランスクリプトームを統合的に解析しました(Ge et al., Theranostics, 2020)。その結果、9つの主要な細胞集団の同定と、上皮/真皮細胞系の分化の軌跡を構築することに成功し、細胞の運命決定に関わる主要なレギュロンが順次活性化されていることを明らかにしました。

アメリエフが選ばれる理由

  • ・実験と解析をワンパッケージでご提供します
  • ・研究目的にあった解析手法を選択し解析プランを組み立てます
  • ・解析内容と解析結果を丁寧にご説明し仮説検証に貢献します

解析メニュー

Aコース:発現変動遺伝子の群間解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

Bコース:細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討)
    • 遺伝子アノテーション
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

サンプルに関して

サンプル要件

  • シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析
    • サンプルタイプ:細胞
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      • 凍結状態であること。
      • 細胞数は106細胞以上であること。
      • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
      • 細胞は分散もしくは単離してください。
      • EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
      • 細胞サイズが直径30μm以下であること。
      • 40μmのフィルターにかけてください。
      • 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

 〒103-0023  東京都中央区日本橋本町2-3-11 
 日本橋ライフサイエンスビルB101 東京配送センター

注意事項

  • ※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
  • ※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。
  • ※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
     その際には出張費をご請求いたします。
     また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

新年度RNA/シングルセルRNA受託解析キャンペーン
新年度RNA/シングルセルRNA受託解析キャンペーンのお知らせ

新年度RNA/シングルセルRNA受託解析キャンペーン

キャンペーン期間:2022年6月30日 試料またはデータ受領まで

RNA-seq遺伝子発現量群間比較

total RNAからのRNA-seq遺伝子発現量群間比較までワンパッケージでご提供5.9万円/サンプル(4Gb)(税込64,900円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 二群間解析における発現量比較解析」「 発現変動遺伝子の抽出」「 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

  • RNAシーケンス
    • Aコース:ライブラリ調製、NovaSeq6000による(PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード)によるシーケンシング
    • Bコース:ライブラリ調製、NovaSeq6000による(PolyA 12Gb/40Mぺアードリード)によるシーケンシング
  • ※non stranded RNA-seqとなります。strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
    • 二群間解析における発現量比較解析:二群間解析(Volcano plot、4組組み合わせまで)、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
    • 発現変動遺伝子の抽出
    • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化(Box plotなど)
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA(重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析)
  • ※Aコース:5.9万円/サンプル(税込64,900円)、Bコース:6.9万円/サンプル(税込75,900円)

シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析

シングルセル化した細胞からのシングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析までワンパッケージでご提供110万円/サンプル(税込1,210,000円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討」または「 疑似系譜解析」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

Aコース:発現変動遺伝子の群間解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

Bコース:細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討)
    • 遺伝子アノテーション
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

サンプルに関して

サンプル要件

  • RNA-seq遺伝子発現量群間比較
    • サンプルタイプ:total RNA
      ※サンプルQCでRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      総量(µg) 液量(µL) 濃度(µg) 純度
      1以上 20以上 50以上 OD260/280 1.8 – 2.2
      OD260/230 ≧ 1.8

  • シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析
    • サンプルタイプ:細胞
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      • 凍結状態であること。
      • 細胞数は106細胞以上であること。
      • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
      • 細胞は分散もしくは単離してください。
      • EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
      • 細胞サイズが直径30μm以下であること。
      • 40μmのフィルターにかけてください。
      • 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。

注意事項

  • ※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
  • ※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

 〒103-0023  東京都中央区日本橋本町2-3-11 
 日本橋ライフサイエンスビルB101 東京配送センター
※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
 その際には出張費をご請求いたします。
 また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。


バイオインフォマティクス・トレーニング【新年度キャンペーン】
20221新年度トレーニングキャンペーンのお知らせ

新年度トレーニングキャンペーン

この春、新しい研究テーマに取り組むみなさまのバイオインフォマティクス技術習得を支援するため「新年度トレーニングキャンペーン」を実施いたします。
基礎技術を身に着ける基礎科目から、実践的な課題解決の技術習得を目的とした応用科目まで、全科目が対象となります。
この機会に是非ご活用ください。

対象期間2022年6月30日までにご発注(8月末までの開催に限り)
キャンペーン割引対象全科目15%オフ
注意事項オンライン開催のみキャンペーン対象(訪問トレーニングは対象外)

【オンライントレーニングのイメージ】
※実際には双方向・ハンズオンのトレーニングとなります
バイオインフォマティクス・トレーニング・メニュー

おすすめの科目構成

  • シングルセルRNA-seqを始めたい
    応用科目:シングルセルRNA-seq
    基礎科目:R入門
  • がん体細胞変異解析を始めたい
    応用科目:がん体細胞変異解析、Reseq解析
    基礎科目:Linux入門
  • RNA-seqを始めたい
    応用科目:RNA-seq
    基礎科目:Linux入門、R入門
  • ChIP-seq解析を始めたい
    応用科目:ChIP-seq解析
    基礎科目:Linux入門

バイオインフォマティクス・トレーニング【特別キャンペーン】
ご好評につき期間延長!
2021特別キャンペーン ご好評につき期間延長のお知らせ

バイオインフォマティクス・トレーニング 特別キャンペーン

ご好評につき期間延長!
開催枠残り僅か! 開催枠がなくなり次第、キャンペーン終了いたしますので、ご検討の場合はお早目のお申込みを。
基礎技術を身に着ける基礎科目から、実践的な課題解決の技術習得を目的とした応用科目までご選択いただけます。

対象期間2022年2月28日までにご発注(3月末までの開催に限り)
キャンペーン割引対象2科目お申込み時の2科目目(全科目が対象)
注意事項オンライン開催のみキャンペーン対象(訪問トレーニングは対象外)
開催枠がなくなり次第、本キャンペーンは終了させていただきます

【オンライントレーニングのイメージ】
※実際には双方向・ハンズオンのトレーニングとなります
バイオインフォマティクス・トレーニング・メニュー
年度末解析キャンペーン
2021年度末解析キャンペーンのお知らせ 「ご希望の切り口での解析」「結果を受け取ったあとのアクション」などデータ解析のお悩みは、解析結果を研究に生かすことにフォーカスするアメリエフにご相談しませんか。

アメリエフの受託解析の特徴

一般的な受託解析 アメリエフの受託解析
解析データと報告書を納品 解析データと報告書に加え
・バイオインフォマティシャンによる報告書のご説明
・解析手法の解説
・結果解釈のディスカッション
・必要な追加解析のご提案

まで実施

キャンペーン内容

研究対象 データ バイオインフォマティクスメニュー
遺伝子発現量
群間比較
RNA-seq解析 発現定量解析
¥ 10,000/サンプル 納期0.5か月(税込¥11,000)
二群間解析における発現量比較解析
¥ 20,000/サンプル 納期0.5か月(税込¥22,000)
発現変動
遺伝子解析
シングルセル
RNA-seq解析
発現変動遺伝子の群間解析
細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析
¥218,000/サンプル 納期1か月(税込¥239,800)
がんゲノム
構造変異
ロングリード
シーケンス解析
がんゲノム構造変異のビジュアライズ
¥ 120,000/サンプル 納期1か月(税込¥132,000)
タンデム
リピート
比較解析
ロングリード
シーケンス解析
トリオのタンデムリピートの探索
疾患群共通のタンデムリピートの探索
¥ 120,000/サンプル 納期1.5か月(税込¥132,000)

シーケンスからデータ解析までをご依頼したい方はこちら

バイオインフォマティクスメニューの詳細

遺伝子発現量群間比較[RNA-seq解析]

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
  • 二群間解析における発現量比較解析:二群間解析(Volcano plot、4組組み合わせまで)、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
  • 発現変動遺伝子の抽出
  • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化(Box plotなど)
  • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA(重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析)

発現変動遺伝子解析[シングルセルRNA-seq解析]

Aコース:発現変動遺伝子の群間解析

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
  • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

Bコース:細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討)
  • 遺伝子アノテーション
  • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

がんゲノム構造変異 [ロングリードシーケンス解析]

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • Circos plot
  • 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

タンデムリピート比較解析[ロングリードシーケンス解析]

Aコース:トリオのタンデムリピートの探索

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース:疾患群共通のタンデムリピートの探索

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

シーケンスからデータ解析までをご依頼したい方はこちら

受託解析【お年玉キャンペーン】
2022お年玉キャンペーンのお知らせ

受託解析お年玉キャンペーン

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせないデータ解析・作図まで込みのスペシャルプラン
キャンペーン期間:2022年2月28日お問い合わせまで

PacBio Hifi ロングリードシーケンス受託解析

ゲノムDNAからがんゲノム構造変異のビジュアライズまでワンパッケージでご提供:59万円/サンプル(税込649,000円)
  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析(SV,CNV)
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • Circos plot
    • 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら
ゲノムDNAからタンデムリピート比較までワンパッケージでご提供:53.8万円/サンプル(税込591,800円)

Aコース:トリオのタンデムリピートの探索

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析(SV,CNV)
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • タンデムリピートの検出
    • 遺伝子アノテーション
    • トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース:疾患群共通のタンデムリピートの探索

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析(SV,CNV)
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • タンデムリピートの検出
    • 遺伝子アノテーション
    • 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら

臨床研究向け発現解析の決定版

total RNAからのRNA-seq遺伝子発現量群間比較までワンパッケージでご提供5.9万円/サンプル(4Gb)(税込64,900円)
  • RNAシーケンス
    • ライブラリ調整、NovaSeq6000による(PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード)によるシーケンシング
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
    • 二群間解析における発現量比較解析:二群間解析(Volcano plot、4組組み合わせまで)、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
    • 発現変動遺伝子の抽出
    • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化(Box plotなど)
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA(重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析)

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら
シングルセル化した細胞からのシングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析までワンパッケージでご提供100万円/サンプル(税込1,100,000円)

Aコース:発現変動遺伝子の群間解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

Bコース:細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討)
    • 遺伝子アノテーション
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら


※サンプル要件、サンプル送付方法、注意事項等は飛び先サイトの情報をご参照ください。


<新製品★体験会>【限定6名様】QMergeUI無料体験会 参加者募集のお知らせ

NGS 現場の会 第四回研究会」では展示ブースまたは個別にてアメリエフの新製品「QMergeUI」無料体験会を行います。この度は、体験会参加者の募集についてご案内いたします。

>>QMergeUIの詳細情報はこちら

体験会までの流れ

QMergeUI_trial_img

参加をご希望の方は、下記の確認事項をご確認の上、専用フォームからお申込みください。

●確認事項

  • ・生物種はヒトに限らせていただきます
  • ・原則として5検体まで(VCFファイル5つまで)とさせて頂きます
  • ・1つのVCFファイルに、複数のサンプル情報が記載されているVCF(マルチサンプルVCF)ファイルはご利用いただけません
  • ・事前にデータを弊社に送付して頂く必要がございます
  • ・応募いただいた方の中から、弊社にて選考させていただきます
  • ・データによっては、解析できない場合もございますのでご了承ください
  • ・参加の方法についてご不明点がありましたら、こちらよりお気軽にお問い合わせください

申込受付終了日:2015年6月12日24:00

また、アメリエフで用意した「テストデータ」を用いた、操作体験も随時行っておりますので、お気軽にスタッフまでお声掛けくださいませ。

アメリエフの「解析」と「ソフトウェア」を体験する機会として、是非体験会をご活用いただき、研究の一助になれば幸いでございます。皆様のご応募を心よりお待ち申し上げております。


UniAnno 販売開始キャンペーン!
ヒトゲノム変異に対して一括して公開データベースのアノテーションを付与するソフト
「UniAnno」を開発および販売開始しました!


★キャンペーンチラシはこちら

《概要》
UniAnno(Universal Annotation Software)は、疾患関連変異の探索を効率よく行うために、
検出された変異(VCF)に対して最新の公開データベースの情報を付加するソフトウェア
です。
ClinVar、HGVD、COSMICなど公開データベースの情報は、UniDB(Universal Database )を
バージョンアップしていただくことで最新情報へと更新できます。

対応するデータベース一覧などの詳細は下記URLをご覧ください。
https://amelieff.jp/selling/unianno/

《キャンペーン》
2015年3月末までにお申し込みをいただきますと、「QMergeUI」へ無料バージョンアップ!

QMergeUIは、UniAnnoのアノテーション機能に加え、複数のVCFファイルを統合し、
変異をフィルタリングする機能が追加されています。
また、Windows、Mac、Linuxに対応し、マウスでの操作になります。
QMergeUIは5月下旬発売予定 50万円(税別・予価)です。

ぜひこの機会にUniAnno(と無料バージョンアップされるQmergeUI)をご検討ください!


NGS受託解析キャンペーンのお知らせ
このキャンペーンは終了しました。

《ヒト Exome データ解析受託キャンペーン》

カタログPDFのダウンロード(PDF形式)
お申込書(xlsx形式)
お申込書に必要事項をご記入のうえ、FAXまたはメールにてお申し込みください。

《ヒト RNA-seq データ解析受託キャンペーン》

カタログPDFのダウンロード(PDF形式)
お申込書(xlsx形式)
お申込書に必要事項をご記入のうえ、FAXまたはメールにてお申し込みください。