アメリエフ株式会社

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バイオインフォマティクス・トレーニングキャンペーン

【受託解析キャンペーン】

キャンペーン期間:2025年5月20日(火)~2025年7月31日(木)

体系的に学べる

目標となる解析技術を身に付けるため基礎から体系的に学習できるカリキュラム

体系的に学べる

実践的なコマンド実習

動画学習とサーバ実習を通して段階的に学びを深め自分のペースで実践的に学習

実践的なコマンド実習

プロに質問できる

現役バイオインフォマティシャンに質問できるWeb会議形式のハンズオン質問会

プロに質問できる

基礎2科目(Linux+R)+応用1科目(RNA-seq解析・シングルセルRNA-seq解析・空間的遺伝子発現解析から選択)の、お得な価格で体系的な学びをご提供する「スタンダードコース」新登場。バイオインフォマティクス初学者の方も、標準的な解析手法を自分で実行できるようになります。

対象期間 2025年5月20日(火)~2025年7月31日(木)
キャンペーン対象 スタンダードコース(希望小売価格から10%OFF)
実施形式 オンライン
注意事項 訪問・同時双方向型トレーニング、オンデマンド実習プラン(単科目)は対象外

スタンダードコース詳細

コース 内容 キャンペーン価格
RNA-seq解析 Linux、R、RNA-seq解析(動画視聴+サーバ実習)
ハンズオン質問会(科目毎1回)
18万円/名(税抜)
シングルセルRNA-seq解析 Linux、R、シングルセルRNA-seq解析(動画視聴+サーバ実習)
ハンズオン質問会(科目毎1回)
21.6万円/名(税抜)
空間的遺伝子発現解析 Linux、R、空間的遺伝子発現解析(動画視聴+サーバ実習)
ハンズオン質問会(科目毎1回)
27万円/名(税抜)
※学習期間(動画視聴+サーバ実習+ハンズオン質問会)は8週間となります。
※ハンズオン質問会は各科目別に月1回(固定日)、参加者を限定せずに開催いたします。
※日程調整可能なマンツーマンでの個別レッスンの追加やオンデマンド実習の延長も、別途有償で可能です。詳細はお問合せください。

科目詳細

科目 科目詳細 標準学習時間 サンプル
Linux

・Linuxの概要

・ディレクトリ構造、ファイルやディレクトリの作成・コピー・移動・削除、絶対パスと相対パス、アクセス権限、ファイル内容の加工

・ソフトウェアのダウンロード・インストール

300分
(動画48分)
R

・起動・終了、基本的演算(四則計算など)、変数の取り扱い、オブジェクトの取り扱い、ベクトル・リスト・マトリクス・データフレームの取り扱い

・基本統計量の計算、作図

・パッケージのインストール・読み込み

300分
(動画74分)
RNA-seq解析

・NGS基礎知識と主なファイル形式

・公開データの取得方法

・RNA-seq解析:クオリティチェックとクオリティコントロール、マッピング、発現定量、正規化、発現変動遺伝子の検出、結果の可視化、発現定量と発現比較、GOエンリッチメント解析、パスウェイエンリッチメント解析

360分
(動画74分)
シングルセル
RNA-seq解析

・シングルセルRNA-seq解析基礎知識と解析の流れ

・Seuratを用いた解析:データの読み込み、クオリティコントロール、正規化、フィルタリング、データのスケーリングとノイズの除去、次元削減、下流解析で使用する主成分軸数の決定、クラスタリングと結果の可視化、マーカー遺伝子探索、統合解析

420分
(動画60分)
空間的
遺伝子発現解析

・空間的遺伝子発現解析基礎知識と解析の流れ

・Seuratを用いた解析:クオリティコントロール・正規化、次元削減・クラスタリング・細胞のプロット、マーカー遺伝子探索・発現量の視覚化、空間座標の抽出、データ統合、GOエンリッチメント解析

480分
(動画144分)

受講イメージ

受講イメージ

春の受託解析キャンペーン

【受託解析キャンペーン】

キャンペーン期間:2025年4月14日(月)~7月9日(水) サンプル受領まで

「WET実験+DRY解析+報告会+アフターフォロー」セットでこの価格!

代表的な価格一覧 代表的な価格一覧

アメリエフの受託解析の特徴

お得な料金プラン

  一般に提供されている「WET実験+基礎解析」の価格で、高度な解析とアフターフォローまで提供
高度な解析として、二群間比較、GO、パスウェイ解析を提供

研究内容を踏まえた報告会

  データ解析手法から解釈まで丁寧にご説明
データ解析の専門家による見解を踏まえたディスカッション

安心のアフターフォロー

  報告会後1ヶ月間、Q&Aをメールにて回答
学会発表や論文投稿のための、Figureの微修正にも対応

▼データ解析の専門家による報告会の様子をご覧ください▼

価格表(税抜)

製品名 WET
実験
DRY
解析
報告会 単価(税抜)
RNA-seq
解析
Novaseq™、polyA選択、4Gb 1回 3.9万円/サンプル
DNBSEQ™、ストランド特異的、polyA選択、6Gb 1回 4.2万円/サンプル
Novaseq™、ストランド特異的、polyA選択、6Gb 1回 4.4万円/サンプル
データ解析のみ 1回 2.8万円/サンプル
シングル
セル
解析
シングルセル遺伝子発現Flex 2回 260万円/4サンプル
シングルセルRNA-seq解析 2回 74万円/サンプル
データ解析のみ 2回 28万円/サンプル
空間的
遺伝子発現
解析
Xenium 5K 2回 530万円/2サンプル
Visium HD 2回 340万円/2サンプル
Stereo-seq™ 2回 212万円/サンプル
データ解析のみ 2回 43万円/サンプル
エピゲノム
解析
ATAC-seq 1回 16.9万円/サンプル
ChIP-seq 1回 16.9万円/サンプル
CUT&RUN-seq 1回 16.9万円/サンプル
データ解析のみ 1回 13.3万円/サンプル

※RNA-seq解析は6サンプル以上の場合の価格、6サンプル未満でも6サンプル分の費用がかかります。20サンプル以上でボリュームディスカウントが可能です。RNA抽出からも対応可能です。(+1.5万円/サンプル)

※シングルセルRNA-seqは4サンプル以上、Flexは8サンプル以上でボリュームディスカウントが可能です。

※空間的遺伝子発現解析では、XeniumとVisium HDは4サンプル以上、Stereo-seqは2サンプル以上でボリュームディスカウントが可能です。プラットフォームは上記以外のXenium 1KやCosMx™なども対応可能です。

※エピゲノム解析は3サンプル以上の場合の価格、3サンプル未満でも3サンプル分の費用がかかります。10サンプル以上でボリュームディスカウントが可能です。

ご利用の流れ

ご利用の流れ(WET&DRY)

  • 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
  • ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
  • 報告会にて、高次解析結果の報告および解釈について、ご報告します。
バイオインフォマティクス・トレーニング「新科目リリースキャンペーン」
バイオインフォマティクス・トレーニング「新科目リリースキャンペーン」

【新科目】  エッセンシャル動画視聴プラン

 大学・研究所の医師や研究者、企業の研究職のみなさまの独学を支援するための新プラン「エッセンシャル動画視聴プラン」をリリースいたしました。
 データ解析に役立つLinuxとRの基礎知識と活用イメージを学び、今後の研究推進に必要な技術か検討できます。

受講イメージ

入門のためのエッセンシャル動画視聴プランから、
実践のオンデマンド実習プランへ、習熟度に合わせて学習を進められます。

<オンデマンド実習プラン>


◆すぐにコマンドを実践できる
インターネット環境さえあれば、すぐにトレーニング用解析環境をご提供。
コマンド理解とサーバ実習のセットで段階的に学びを深め バイオインフォマティクスを実践できます。

◆現役バイオインフォマティシャンに質問できる
トレーニング内容のわからないこと、上手くいかないコマンドを 実際にデータ解析をしている現役バイオインフォマティシャンにハンズオン形式で質問できます。

トレーニングオンデマンド受講のイメージ

キャンペーン詳細

オンデマンド実習プラン追加お申込みすれば
Linux & R エッセンシャル動画視聴プラン
実質無料!

対象期間 2025年1月27日(月)~2月28日(金)
キャンペーン対象 対象期間内にLinux & R エッセンシャル動画視聴プランをご発注された方
実施形式 オンデマンドサイトでの受講
注意事項 Linux & R エッセンシャル動画視聴プランのご発注日より、3ヶ月以内にオンデマンド実習プランにお申込みいただくと、1科目のみ5,000円割引(税抜)でご提供いたします。

Linux & R エッセンシャル動画視聴プランをクレジットカードまたは銀行振込で購入希望の方は、上記「Linux & Rご購入はこちら」ボタンよりお進みください。ご購入には、弊社学習サイト「バイオインフォマティクス・トレーニングオンデマンド」への会員登録が必要です。

▼トレーニングオンデマンドの体験動画をご視聴ください!▼

プラン詳細

<エッセンシャル動画視聴プラン>

科目 学習内容 学習方式 価格(税抜)
Linux ・Linuxの概要、ディレクトリ構造、絶対パスと相対パス
・ディレクトリ移動、ファイル操作・加工などの15コマンド
・ソフトウェアのインストール(PLINK)
動画視聴
(45分)
確認テスト
5,000円
R ・Rの概要、基本的な操作方法
・演算、変数と代入、データ型とデータ構造
・作図のサンプルコマンド紹介、パッケージインストール
動画視聴
(32分)
GWAS ・GWASの概要と論文事例、SNPアレイ解析
・ケースコントロール解析と量的形質関連解析
・SNPインピュテーション、PRS解析
動画視聴
(63分)
5,000円

<オンデマンド実習プラン>

科目 学習内容 学習方式 価格(税抜)
Linux エッセンシャル動画視聴プランの内容に加えて
・アクセス権限変更等の追加10コマンド紹介と実習
・BLAST、Samtoolsのインストール
・動画視聴(48分)
・サーバ実習(33問)
・ハンズオン質問会
60,000円
R エッセンシャル動画視聴プランの内容に加えて
・各データ構造の各種関数、基本統計量の解説と実習
・箱ひげ図、ヒストグラム、散布図等の解説と実習
・カテゴリ単位の処理、スクリプトファイル読込
・動画視聴(74分)
・サーバ実習(34問)
・ハンズオン質問会
60,000円
RNA-seq 【発現変動遺伝子の検出、二群間比較】
・QCからGO・パスウェイエンリッチメント解析
 までの実践的な実習
・動画視聴(74分)
・公開データ解析実習
・ハンズオン質問会
80,000円
シングルセル
RNA-seq
【Seurat】
【Seuratを用いたシングルセルRNA-seq解析技術】
・クラスタリングやマーカー遺伝子探索と
 セルタイプ同定などの実践的な実習
・動画視聴(60分)
・公開データ解析実習
・ハンズオン質問会
100,000円
シングルセル
RNA-seq
発展
【擬似系譜解析とvelocity解析】
・monocleを用いたtrajectory解析の解説と実習
・velocytoを用いたRNA velocity解析の解説と実習
・動画視聴(58分)
・公開データ解析実習
・ハンズオン質問会
100,000円
※学習期間(動画視聴・サーバ実習)は全プラン共通で2週間となります。

お客様の声

平日の昼間は忙しく、突発的なオペがあったりと学習時間を確保できなかったが、オンデマンド動画で日曜、祝日、夜間など自分の都合の良い時間に学習できた。

大学臨床研究医

臨床研究医
整備されたサーバ上でデータ解析を繰り返し実習でき、トライ&エラーで理解度が上がってよかった。事前学習でつまづいた部分もあったが、ハンズオン質問会で解決できた。

大学臨床研究医

国立研究所研究員
Xenium(空間的遺伝子発現解析)|データ解析【受託解析キャンペーン】

空間的遺伝子発現解析(Xenium)データ解析【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
パスウェイ・GO解析
擬似系譜解析

までをプロが支援

43万円/サンプル(税抜)
※1~3サンプルの場合
※他のプラットフォーム(Visium HD、Stereo-seq™
 CosMx™等)もWETから対応可能です。

▼データ解析の専門家による報告会の様子をご覧ください▼

データ解析内容

【発現定量解析】
○ クオリティコントロール
○ 正規化、データ統合
○ 次元削減
○ クラスタリングおよび UMAP上の可視化・空間座標上の可視化
○ クラスタごとの特徴遺伝子の探索
○ 着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot)
【サンプル間比較解析】
○ 各クラスタおけるサンプル間発現比較解析
○ Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析
【擬似系譜解析】
○ Cell trajectoryの推定
○ Pseudotimeの推定
○ 着目遺伝子の発現パターン可視化

受入れデータ・納品物

受入れデータ形式

  • 発現マトリクス
    ※ファイル形式を予めご教示ください
  • 組織切片画像およびイメージ処理済みデータ
  • 組織切片上の位置情報を含むデータ

納品物

  • 解析結果の中間報告資料(PDF)
  • 解析結果の最終レポート(PDF)
  • データ解析結果(PDF、Excel)

 

解析結果レポート例

バイオマーカー探索を目的としたデータ解析を実施した場合の報告書例です。研究目的に応じたご報告を行います。

解析結果レポート例

価格表(税抜)

製品名 単価
データ解析
(Xenium、Visium HD、Stereo-seq™、CosMx™)
1~3サンプル 43万円/サンプル
4サンプル以上 都度見積
  • ※4サンプル以上はボリュームディスカウントが適用されますのでご相談ください。
  • ※1サンプル=1切片という考え方になります。1スライド上に多数の切片を乗せる場合があるため、ボリュームディスカウントは都度見積となります。

空間的遺伝子発現解析とは

 空間的遺伝子発現解析は、生物組織内の特定の部位における遺伝子発現の可視化を行う技術です。この技術は、2020年には約500件の研究論文が発表されていましたが、2023年にはその数が倍増し、今後もますます研究と応用の幅が広がっていくことが期待されています。
 この技術の特徴は、組織内の遺伝子発現を空間的に捉え、各スポットの遺伝子発現プロファイルを解析する点にあります。例えば、スポット間の遺伝子発現の差や、細胞間の相互作用を解析するために活用されています。従来のバルクRNA発現解析では、組織全体の平均的な遺伝子発現しか把握できませんでしたが、空間的遺伝子発現解析により、より高解像度な細胞レベルでの解析が可能となりました。

空間的遺伝子発現解析結果

技術の進化と利点

 従来のバルクRNA発現解析では、組織全体の遺伝子発現量を一括で解析するため、平均化されたデータしか得られませんでした。これに対して、シングルセルRNA解析では、個々の細胞の遺伝子発現パターンを把握することができ、細胞間の違いや介入前後の変化も詳細に解析できるようになりました。このシングルセルRNA解析の発展が、空間的遺伝子発現解析の登場へと繋がっています。
 さらに、空間的遺伝子発現解析では、2次元あるいは3次元情報を利用して組織内の遺伝子発現を解析します。これにより、組織内の微少環境解析や細胞間の相互作用を詳細に観察することが可能です。

代表的なプラットフォームとその特徴

 現在、空間的遺伝子発現解析のプラットフォームとして、CosMx™(NanoString Technologies社)、Visium HD・Xenium(10x Genomics社)、Stereo-seq™(MGI社)などが主に利用されています。これらのプラットフォームは、解析に使用する遺伝子数や解像度が異なるため、目的に応じた選択が求められます。

解析のポイント

 空間的遺伝子発現解析では、空間自己相関やホットスポット解析など、空間情報を考慮した解析手法を用いることで、遺伝子発現を組織画像上にマッピングするなど、空間情報を視覚的に表現することで、データの解釈が容易になります。
 組織の不均一性や実験操作によるノイズは、データ解析の精度を低下させる可能性があります。具体的には、ライブラリーサイズや遺伝子長などの影響を補正するために、適切な正規化方法を選択する必要があります。また、実験日や操作者などの違いによるバッチ効果を補正することで、データの信頼性を向上させることができます。
 細胞の種類を自動的に分類する手法もありますが、解釈には注意が必要です。既知のマーカー遺伝子の発現パターンと比較することで、細胞タイプの解釈の精度を高めることができます。また、シングルセルRNA-seqなど他のデータと統合することで、細胞タイプの解釈をより確実にすることができます。

RNA-seq解析|データ解析【受託解析キャンペーン】

RNA-seq データ解析【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
二群間の発現量比較解析
パスウェイ・GO解析

までをプロが支援

2.5万円/サンプル(税抜)
※20サンプル以上の場合の価格、
詳細は価格表をご参照ください

データ解析内容

○ 解析レポート、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
○ 発現定量解析:マッピング、発現定量、階層的クラスタリング (ヒートマップ描画)、主成分分析
○ 二群間の発現量比較解析:Volcano plot
※サンプル数によって対応可能な組み合わせ数が異なります。統計的な解析には 各群3サンプル以上必要です。
○ エンリッチメント解析:Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析

解析結果

受入れデータ・納品物

受入れデータ形式

  • FASTQファイル

納品物

  • 解析結果の最終レポート(PDF)
  • データ解析結果(PDF、Excel など)

価格表(税抜)

製品名 単価
RNA-seq データ解析 6~19サンプル 2.8万円/サンプル
20サンプル以上 2.5万円/サンプル
  • 基本的なデータ解析に必要な費用は上記表(税抜)の通りになり、それ以外の費用はかかりません(クラウド納品になります)。
シングルセルRNA-seq解析|データ解析【受託解析キャンペーン】

シングルセルRNA-seq データ解析【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
サンプル間比較解析
パスウェイ・GO解析

までをプロが支援

17万円/サンプル(税抜)
※4サンプル以上の場合の価格、
詳細は価格表をご参照ください

データ解析内容

○ 解析レポート、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
○ 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot))
○ サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)

解析結果

受入れデータ・納品物

受入れデータ形式

  • 発現マトリクスファイル
    ※Cell Ranger で出力したファイルに限ります。その他のファイルの場合にはお問い合わせ下さい。
    ※FASTQファイル(Chromium, 10x Genomics)からの場合には別途費用をご請求いたします。

納品物

  • 解析結果の最終レポート(PDF)
  • データ解析結果(PDF、Excel)

 

解析結果レポート例

バイオマーカー探索を目的としたデータ解析を実施した場合の報告書例です。研究目的に応じたご報告を行います。

解析結果レポート例

価格表(税抜)

製品名 単価
scRNA-seq データ解析 1~3サンプル 19万円/サンプル
4サンプル以上 17万円/サンプル
  • 基本的なデータ解析に必要な費用は上記表(税抜)の通りになり、それ以外の費用はかかりません(クラウド納品になります)。
シングルセルRNA-seq解析|WET&DRY解析【受託解析キャンペーン】

RNA-seq  WET&DRY解析【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
サンプル間比較解析
パスウェイ・GO解析

まで込みのスペシャルプライス

89万円/サンプル(税抜)
※4サンプル以上&基礎解析プランの場合、
詳細は価格表をご参照ください

サービス内容

【WET】シングルセルRNAシーケンス
○ 10x Genomics社 Chromiumによるライブラリ調製
○ Illumina社 NovaSeq X Plusによる120Gbのシーケンシング
○ Cell Rangerによる発現定量
【DRY】データ解析
○ 解析レポート、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
○ 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot))
○ サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)

データ解析内容

解析結果

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ:細胞

  • 凍結状態であること。
  • 細胞数は106細胞以上であること。
  • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
  • 細胞は分散してください。
  • EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
  • 細胞サイズが直径30μm以下であること。
  • 40μmのフィルターにかけてください。
  • 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。
  • ※ ヒトおよびマウス、ラット以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
  • ※ シングルセル遺伝子発現解析では、機器を持ち込んでの出張ライブラリ調製サービスも承っております。また、提携ラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

価格表(税抜)

製品名 単価
①scRNA-seq WET&DRY 1~3サンプル 93万円/サンプル
4サンプル以上 89万円/サンプル
②納品費 クラウド納品 0.4万円/回
HDD納品 4万円/台
③出張費 都度見積 無料~7万円程度
  • 上記の解析に必要な費用は下記の合計金額(税抜) になります。
  • 合計金額 = ①解析費用 (サンプル数×単価) + ②納品費 + ③出張費
  • (※③出張ライブラリ調製サービスをご希望の場合)

プラン

解析目的に合わせたプラン選択が可能です

基礎解析プラン

【解析内容】
・発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、 クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索)
・着目遺伝子の選定、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot)
・サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、 Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)
【こんな方にお勧め】
・着目遺伝子が既にある
・データ解析結果を自分で解釈できる
・早く結果が欲しい
・初期データを収集し、論文の足がかりにしたい
基礎解析プランで提供可能な解析結果

標準解析プラン

【解析内容】
・基礎解析プランで実施する解析
・特定のクラスタに着目した再次元削減、サブクラスタリング
・擬似系譜解析
【こんな方にお勧め】
・着目している細胞種と考えられるクラスタのみ解析して欲しい
・中間報告の結果を見たあと、興味深い遺伝子の発現量を可視化して欲しい
・論文に使える図が欲しい
・論文のストーリーを組み立てられる解析をしてほしい
標準解析プランで提供可能な解析結果

コンサルティングプラン

【解析内容】
・議論を繰り返しながら、目的に応じた最適な解析方法を提案、実施
・解析途中で生じた課題に対して、解決方法を提案、実施
・High impact な論文にも耐えうる水準のレポートを提供
【こんな方にお勧め】
・バイオインフォマティシャンと議論しながら研究を推進したい
・あらゆるデータ解析をやり尽くし、多角的に検証したい
・ベイジアンネットワーク解析による遺伝子間の制御関係の推定など、高度な手法や最新の手法を用いた解析を行いたい
コンサルティングプランのイメージ

シングルセルRNAseq解析とは

 シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。

実験のポイント

 シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
 死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
 またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。

解析のポイント

 特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。

高次解析により得られる図表の例

バイオリンプロット、クラスタリング結果、Feature plot、UMAP

研究事例

1)がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究

  •  薬物耐性獲得のメカニズムの解明は、がんの薬物治療において不可欠な要素です。耐性獲得の背景は、様々あるとされていますが、がん組織の不均一性がその原因の一つであると考えられています。Kashimaらは、がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明にscRNAseq解析を利用しました(Kashima et al., Cancer Res, 2021)。
  •  具体的には、オシメルチニブ耐性細胞の出現機構を解明するために、EGFR遺伝子に変異をもつヒト肺腺がん細胞株であるNCI-H1975細胞を用いて一細胞解析を行いました。H1975はオシメルチニブ感受性の細胞であることが知られていますが、この細胞を段階的にオシメルチニブに曝露し、各段階での細胞群をscRNAseq解析することで、①親株に少数のオシメルチニブ耐性細胞が存在すること、②オシメルチニブ曝露群にしか出現しない細胞群が存在すること、が明らかになりました。

2)発生/分化分野での毛包形成研究

  •  全世界で男性の50%、女性の25%が薄毛に悩んでいると言われており、自己由来の幹細胞から毛包を誘導する研究が注目されています。しかし、生体内での毛包のde novo形態形成については、毛包の不均一性や非同期的な発達のため、アプローチが難しく理解が進まない状態でした。このような観点から、毛包のde novo形態形成の基礎となる分子経路を明らかにすることは、毛包の発生に関する深い洞察をもたらし、in vitro条件下での毛包の発生を誘導する上で重要な意味を持つと考えられます。
  •  GeらはscRNAseq技術を用いて、様々な分化期におけるマウス背部皮膚から得られた細胞群に対して一細胞のトランスクリプトームを統合的に解析しました(Ge et al., Theranostics, 2020)。その結果、9つの主要な細胞集団の同定と、上皮/真皮細胞系の分化の軌跡を構築することに成功し、細胞の運命決定に関わる主要なレギュロンが順次活性化されていることを明らかにしました。
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シングルセル遺伝子発現Flex|WET&DRY解析【受託解析キャンペーン】

シングルセル遺伝子発現Flex WET&DRY解析【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
パスウェイ・GO解析
擬似系譜解析

まで込みのスペシャルプライス

4サンプル260万円(税抜)
※FFPE切片の場合も同価格で対応いたします

▼データ解析の専門家による報告会の様子をご覧ください▼

サービス内容

【WET】シングルセル遺伝子発現Flex
○ 10x Genomics社 Chromium Single Cell Gene Expression Flexによるライブラリ調製
○ Illumina社 NovaSeq X Plusによる1.5億リード / サンプル のシーケンシング
○ Cell Rangerによる発現定量
【DRY】データ解析
○ 解析レポート、中間報告および最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
○ 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索
○ 着目遺伝子の選定、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot)
○ 特定のクラスタに着目した再次元削減、サブクラスタリング
○ サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)
○ 擬似系譜解析
○ 細胞種同定はお客様ご自身で実施をお願いいたします。コンサルティング解析プランでは細胞種同定にも対応します。

データ解析内容

基礎解析プランで提供可能な解析結果 標準解析プランで提供可能な解析結果

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ:固定分散済み細胞
(Chromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kit 指定)

  • 細胞数は106細胞以上であること。
  • 固定分散済みの細胞をご提出ください。
  • -80℃で保管していること。
  • 固定分散は10x Genomics指定の手順に準じ実施していること。
  • ※ 生物種はヒトおよびマウスになります。
  • ※ FFPEの場合はサンプル要件等異なりますので別途ご相談ください。
  • ※ 弊社で固定・細胞分散が必要な場合は、固定・細胞分散費用として、55,000円/サンプル(税抜)が発生します。
  • ※ プローブを使用して RNAを検出するため、従来法より高感度ですが、配列情報の取得はできません。

価格表(税抜)

製品名 価格
①シングルセル遺伝子発現Flex WET&DRY 4サンプル 260万円
(65万円/サンプル)
8サンプル 500万円
(62.5万円/サンプル)
②納品費 クラウド納品 0.4万円/回
HDD納品 4万円/台
  • 上記の解析に必要な費用は下記の合計金額(税抜) になります。
  • 合計金額 = ①解析費用 (サンプル数×単価) + ②納品費

ご利用の流れ

ご利用の流れ(WET&DRY)

  • 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
  • ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
  • 中間報告会にて、途中結果の報告および解析方針の確認、内容についてのディスカッションを行います。
  • 最終報告会にて、結果の報告および内容について、ご報告します。

シングルセルRNAseq解析とは

 シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。

実験のポイント

 シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
 死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
 またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。

解析のポイント

 特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。

高次解析により得られる図表の例

バイオリンプロット、クラスタリング結果、Feature plot、UMAP

研究事例

1)がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究

  •  薬物耐性獲得のメカニズムの解明は、がんの薬物治療において不可欠な要素です。耐性獲得の背景は、様々あるとされていますが、がん組織の不均一性がその原因の一つであると考えられています。Kashimaらは、がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明にscRNAseq解析を利用しました(Kashima et al., Cancer Res, 2021)。
  •  具体的には、オシメルチニブ耐性細胞の出現機構を解明するために、EGFR遺伝子に変異をもつヒト肺腺がん細胞株であるNCI-H1975細胞を用いて一細胞解析を行いました。H1975はオシメルチニブ感受性の細胞であることが知られていますが、この細胞を段階的にオシメルチニブに曝露し、各段階での細胞群をscRNAseq解析することで、①親株に少数のオシメルチニブ耐性細胞が存在すること、②オシメルチニブ曝露群にしか出現しない細胞群が存在すること、が明らかになりました。

2)発生/分化分野での毛包形成研究

  •  全世界で男性の50%、女性の25%が薄毛に悩んでいると言われており、自己由来の幹細胞から毛包を誘導する研究が注目されています。しかし、生体内での毛包のde novo形態形成については、毛包の不均一性や非同期的な発達のため、アプローチが難しく理解が進まない状態でした。このような観点から、毛包のde novo形態形成の基礎となる分子経路を明らかにすることは、毛包の発生に関する深い洞察をもたらし、in vitro条件下での毛包の発生を誘導する上で重要な意味を持つと考えられます。
  •  GeらはscRNAseq技術を用いて、様々な分化期におけるマウス背部皮膚から得られた細胞群に対して一細胞のトランスクリプトームを統合的に解析しました(Ge et al., Theranostics, 2020)。その結果、9つの主要な細胞集団の同定と、上皮/真皮細胞系の分化の軌跡を構築することに成功し、細胞の運命決定に関わる主要なレギュロンが順次活性化されていることを明らかにしました。
RNA-seq解析|WET&DRY解析
RNA-seq WET&DRY【受託解析キャンペーン】 実験・データ解析までワンストップで対応可能、オンライン報告会にて、データ解析手法の説明から解釈まで丁寧にご説明

サービス内容

【WET】RNAシーケンス
○ ライブラリ調製
○ Illumina社 NovaSeq X Plusによるシーケンシング(PolyA 4Gb/13.3Mペアエンドリード、non stranded RNA-seq)
※4Gbを超える場合や、strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
【DRY】データ解析
○ 解析レポート、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション、結果データ一式の納品)
○ 発現定量解析:マッピング、発現定量、階層的クラスタリング (ヒートマップ描画)、 主成分分析
○ 二群間の発現量比較解析:Volcano plot
※サンプル数によって対応可能な組み合わせ数が異なります。統計的な解析には 各群3サンプル以上必要です。
○ エンリッチメント解析:Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ:total RNA

総量(ng) 液量(µL) 濃度(ng/µL) RIN値 純度
200以上 10以上 20以上 4.0以上
with flat base line
OD260/280 = 1.8-2.2
OD260/230 ≥ 1.8
no degradation,
no contamination
  • ※ サンプルQCでRNA総量またはRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
  • ※ シーケンシングはシンガポールにて実施します。
  • ※ ヒトおよびマウス、ラット以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。

データ解析内容

解析結果

価格表(税抜)

解析内容 6~19サンプル 20サンプル以上
WET&DRY 4.5万円/サンプル 4.0万円/サンプル
データ解析 2.8万円/サンプル 2.5万円/サンプル

ご利用の流れ

ご利用の流れ(WET&DRY)

  • 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
  • ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
  • 報告会にて、高次解析結果の報告および解釈について、ご報告します。

▼データ解析の専門家による報告会の様子をご覧ください▼

RNAseq解析とは

 RNAseq解析とは、次世代シーケンサー(NGS)を用いて転写物の塩基配列を決定する方法です。この配列をリファレンスゲノムへアライメントし、転写産物毎の発現量を測定し、通常はサンプル間の発現量の比較解析を行います。スプライスバリアント毎の発現解析、融合遺伝子検出、変異解析、新たな転写産物の予測を行うことができます。
 リファレンスゲノムのない生物の場合でも、配列をアセンブルして転写産物モデルを構築し、アライメントさせて解析することができます。

実験のポイント

 解析対象のRNAの種類に適したライブラリー調整キットを用いて、ライブラリー作成を行います。必要なシーケンス量は、生物種や何をプロファイリングしたいかによって異なります。ヒトやマウスの場合、最低でも2000万リード、4Gbp以上の測定が推奨されます。スプライスバリアント(アイソフォーム)の検出や新規転写産物を探索する場合、もしくはFFPEサンプルやnon-conding RNAを扱う場合には、シーケンス量を増やす必要があります。

解析のポイント

 NGSによるシーケンスで得られた配列は、FASTQというファイル形式で保存されます。この配列をスプライシングを考慮してゲノム配列にマッピングします。この結果は、BAM形式ファイルで保存され、IGV (Integrative Genomics Viewer)などのゲノムビューワーを用いて閲覧できます。
 発現量は、リードカウント、または、補正値を用います。FPKM (Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments)やTPM (Transcripts per million)は、発現量をエクソン長と全マッピング数で補正した値です。CPM (Counts per Million mapped reads)は、発現量を全マッピング数で補正した値です。
 2群間の比較解析では、発現量の比をlogスケールで表現した値、もしくはt検定による有意差P値がよく用いられます。

研究目的別高次解析のポイント

 臨床上の特徴や薬剤が遺伝子発現にどのような影響を及ぼすのかを、発現変動が観測された遺伝子に注目し、特定のパスウェイや生物学的な機能のまとまりで、その意味を捉えることが高次解析の目的です。
 このためには以下に示しますように、データの特徴を把握した上で2群間比較による発現変動遺伝子解析を行い、その上で研究目的に応じた生物学的な機能を理解するための解析手法を適切に選択することが重要となります。

データの特徴の把握

・主成分分析

主成分分析

 全サンプルを対象に、遺伝子発現の傾向を二次元プロットで表現します。これにより、二次元上にプロットされた各サンプル間の距離から、類似性を読み取ることができます。複数サンプルの発現プロファイルの類似度を視覚化し、その後の解析で群間の差を見出すことができるデータであることを確認します。 主成分分析

・階層的クラスタリングのヒートマップ

階層的クラスタリングのヒートマップ

 縦軸に遺伝子、横軸にサンプルを配置し、発現量を色で表現します。
 各軸でクラスタリングを実施し、群ごとに同じまたは近いクラスタに分類します。はずれ値を持つサンプルを確認できます。
階層的クラスタリングのヒートマップ

2群間比較による発現変動遺伝子解析

 2群間で有意に発現量に差がある遺伝子群を特定します。

・Volcano plot

Volcano plot

 2群間の比較解析において、有意差P値(logスケール)と発現量の比(logスケール)を2次元プロットで表現します。各プロットの点は遺伝子に該当し、有意に変動している(p値や発現量比)遺伝子数の概観の確認や、変動の傾向の把握に使用します。
 各点に該当する遺伝子名を重ねて表記するなどし、既知の遺伝子で想定される発現変動が起きているかを確認するなど、データの妥当性の検討に用います。
Volcano plot

発現変動遺伝子と生物学的意義

発現変動した遺伝子群の生物学的機能の共通点や、影響を受けているパスウェイ等の探索を行います

・GO(Gene Ontology)解析

GO解析

 Gene Ontologyとは、遺伝子の属性を説明する語彙を体系化・構造化した記述方法です。GOは生物学的プロセス、細胞の構成要素、分子機能の3カテゴリーに分けることができ、それぞれのカテゴリーにはさらなる下位概念が定義されています。有意に変動した遺伝子群がどのような生物学的概念にエンリッチしているかを解析することで、比較対象が影響を与えている生物学的機能を捉えます。
 最上位GOから、下位GOまでの繋がりを図に示します。それぞれのGOのエンリッチメント解析結果は色の濃淡で有意差(P値)の大きさを表します。
GO解析
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