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シングルセルRNA-seq Wet&Dry解析【秋の受託解析キャンペーン】
シングルセルRNA-seq Wet&Dry解析【秋の受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
データ解析まで込み
スペシャルプライス

103万円/サンプル
(税込1,133,000円)

サービス内容

【シングルセルRNAシーケンス】
○ 10x Genomics社 Chromiumによるライブラリー調製
○ NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング
○ Cell Rangerによる解析

【バイオインフォマティクス解析】
○ 解析レポート、中間報告および最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
○ 研究の目的に応じて下記よりご提案
● 発現変動遺伝子の群間比較解析
細胞クラスターごとの特徴遺伝子検討
サンプル間発現比較解析
GO解析(Gene Ontology)
パスウェイ解析
● 細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析
疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定)

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ:細胞

  • 凍結状態であること。
  • 細胞数は106細胞以上であること。
  • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
  • 細胞は分散もしくは単離してください。
  • EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
  • 細胞サイズが直径30μm以下であること。
  • 40μmのフィルターにかけてください。
  • 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。

  • ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
  • ※ 配送センター利用料・HDD費を別途頂戴します。
  • ※ シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。その際には出張費をご請求いたします。また、サンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

ご利用の流れ

ご利用の流れ(WET&DRY)
  • 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
  • ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
  • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
  • 中間報告にて、結果報告と高次解析の方針についてディスカッションします。
  • 最終報告にて、高次解析結果の報告および解釈について、ご報告します。

シングルセルRNAseq解析とは

 シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。

実験のポイント

 シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
 死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
 またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。

解析のポイント

 特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。

高次解析により得られる図表の例

バイオリンプロット、クラスタリング結果、Feature plot、UMAP

研究事例

1)がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究

  •  薬物耐性獲得のメカニズムの解明は、がんの薬物治療において不可欠な要素です。耐性獲得の背景は、様々あるとされていますが、がん組織の不均一性がその原因の一つであると考えられています。Kashimaらは、がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明にscRNAseq解析を利用しました(Kashima et al., Cancer Res, 2021)。
  •  具体的には、オシメルチニブ耐性細胞の出現機構を解明するために、EGFR遺伝子に変異をもつヒト肺腺がん細胞株であるNCI-H1975細胞を用いて一細胞解析を行いました。H1975はオシメルチニブ感受性の細胞であることが知られていますが、この細胞を段階的にオシメルチニブに曝露し、各段階での細胞群をscRNAseq解析することで、①親株に少数のオシメルチニブ耐性細胞が存在すること、②オシメルチニブ曝露群にしか出現しない細胞群が存在すること、が明らかになりました。

2)発生/分化分野での毛包形成研究

     全世界で男性の50%、女性の25%が薄毛に悩んでいると言われており、自己由来の幹細胞から毛包を誘導する研究が注目されています。しかし、生体内での毛包のde novo形態形成については、毛包の不均一性や非同期的な発達のため、アプローチが難しく理解が進まない状態でした。このような観点から、毛包のde novo形態形成の基礎となる分子経路を明らかにすることは、毛包の発生に関する深い洞察をもたらし、in vitro条件下での毛包の発生を誘導する上で重要な意味を持つと考えられます。
  •  GeらはscRNAseq技術を用いて、様々な分化期におけるマウス背部皮膚から得られた細胞群に対して一細胞のトランスクリプトームを統合的に解析しました(Ge et al., Theranostics, 2020)。その結果、9つの主要な細胞集団の同定と、上皮/真皮細胞系の分化の軌跡を構築することに成功し、細胞の運命決定に関わる主要なレギュロンが順次活性化されていることを明らかにしました。

RNA-seq Wet&Dry解析【秋の受託解析キャンペーン】
シングルセルRNA-seq Wet&Dry解析【秋の受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
データ解析まで込み
スペシャルプライス

3.9万円/サンプル
(税込42,900円)

サービス内容

【RNAシーケンス】
○ ライブラリ調製
○ NovaSeq6000による(PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード)シーケンシング
※non stranded RNA-seqとなります。strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
※12Gbの場合(PolyA 12Gb/40Mぺアードリード)、5.15万円/サンプル(税込56,650円)となります

【バイオインフォマティクス解析】
○ 解析レポート、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
○ 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
○ 二群間における発現量比較解析(4組み合わせまで):クラスタリング、Volcano plot
○ 機能解析:Gene Ontology解析、パスウェイ解析 (Reactome)

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ:total RNA

総量(µg) 液量(µL) 濃度(µg) 純度
1以上 20以上 50以上 OD260/280 1.8 – 2.2
OD260/230 ≧ 1.8

  • ※ サンプルQCでRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
  • ※ 配送センター利用料・HDD費を別途頂戴します。
  • ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。

ご利用の流れ

ご利用の流れ(WET&DRY)
  • 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
  • ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
  • 最終報告にて、高次解析結果の報告および解釈について、ご報告します。

RNAseq解析とは

 RNAseq解析とは、次世代シーケンサー(NGS)を用いて転写物の塩基配列を決定する方法です。この配列をリファレンスゲノムへアライメントし、転写産物毎の発現量を測定し、通常はサンプル間の発現量の比較解析を行います。スプライスバリアント毎の発現解析、融合遺伝子検出、変異解析、新たな転写産物の予測を行うことができます。
 リファレンスゲノムのない生物の場合でも、配列をアセンブルして転写産物モデルを構築し、アライメントさせて解析することができます。

実験のポイント

 解析対象のRNAの種類に適したライブラリー調整キットを用いて、ライブラリー作成を行います。必要なシーケンス量は、生物種や何をプロファイリングしたいかによって異なります。ヒトやマウスの場合、最低でも2000万リード、4Gbp以上の測定が推奨されます。スプライスバリアント(アイソフォーム)の検出や新規転写産物を探索する場合、もしくはFFPEサンプルやnon-conding RNAを扱う場合には、シーケンス量を増やす必要があります。

解析のポイント

 NGSによるシーケンスで得られた配列は、FASTQというファイル形式で保存されます。この配列をスプライシングを考慮してゲノム配列にマッピングします。この結果は、BAM形式ファイルで保存され、IGV (Integrative Genomics Viewer)などのゲノムビューワーを用いて閲覧できます。
 発現量は、リードカウント、または、補正値を用います。FPKM (Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments)やTPM (Transcripts per million)は、発現量をエクソン長と全マッピング数で補正した値です。CPM (Counts per Million mapped reads)は、発現量を全マッピング数で補正した値です。
 2群間の比較解析では、発現量の比をlogスケールで表現した値、もしくはt検定による有意差P値がよく用いられます。

研究目的別高次解析のポイント

 臨床上の特徴や薬剤が遺伝子発現にどのような影響を及ぼすのかを、発現変動が観測された遺伝子に注目し、特定のパスウェイや生物学的な機能のまとまりで、その意味を捉えることが高次解析の目的です。
 このためには以下に示しますように、データの特徴を把握した上で2群間比較による発現変動遺伝子解析を行い、その上で研究目的に応じた生物学的な機能を理解するための解析手法を適切に選択することが重要となります。

データの特徴の把握

・主成分分析

主成分分析
 全サンプルを対象に、遺伝子発現の傾向を二次元プロットで表現します。これにより、二次元上にプロットされた各サンプル間の距離から、類似性を読み取ることができます。複数サンプルの発現プロファイルの類似度を視覚化し、その後の解析で群間の差を見出すことができるデータであることを確認します。 主成分分析

・階層的クラスタリングのヒートマップ

階層的クラスタリングのヒートマップ
 縦軸に遺伝子、横軸にサンプルを配置し、発現量を色で表現します。
 各軸でクラスタリングを実施し、群ごとに同じまたは近いクラスタに分類します。はずれ値を持つサンプルを確認できます。
階層的クラスタリングのヒートマップ

2群間比較による発現変動遺伝子解析

 2群間で有意に発現量に差がある遺伝子群を特定します。

・Volcano plot

Volcano plot
 2群間の比較解析において、有意差P値(logスケール)と発現量の比(logスケール)を2次元プロットで表現します。各プロットの点は遺伝子に該当し、有意に変動している(p値や発現量比)遺伝子数の概観の確認や、変動の傾向の把握に使用します。
 各点に該当する遺伝子名を重ねて表記するなどし、既知の遺伝子で想定される発現変動が起きているかを確認するなど、データの妥当性の検討に用います。
Volcano plot

発現変動遺伝子と生物学的意義

発現変動した遺伝子群の生物学的機能の共通点や、影響を受けているパスウェイ等の探索を行います

・GO(Gene Ontology)解析

GO解析
 Gene Ontologyとは、遺伝子の属性を説明する語彙を体系化・構造化した記述方法です。GOは生物学的プロセス、細胞の構成要素、分子機能の3カテゴリーに分けることができ、それぞれのカテゴリーにはさらなる下位概念が定義されています。有意に変動した遺伝子群がどのような生物学的概念にエンリッチしているかを解析することで、比較対象が影響を与えている生物学的機能を捉えます。
 最上位GOから、下位GOまでの繋がりを図に示します。それぞれのGOのエンリッチメント解析結果は色の濃淡で有意差(P値)の大きさを表します。
GO解析

シングルセルRNA-seq データ解析【秋の受託解析キャンペーン】
シングルセルRNA-seq データ解析【秋の受託解析キャンペーン】 [15%OFF]21万円/サンプル(税込231,000円)

データ解析内容

【発現変動遺伝子の群間比較解析】
○ クラスタリングおよびUMAP上の可視化
○ サンプル間発現比較解析
○ 着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot)
○ GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

【細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析】
○ 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定)
解析結果

受入れデータ・納品物

受入れデータ形式(下記のいずれか)

  • 発現マトリックスファイル(tsv等)
  • FASTQファイル(10x Genomics)

納品物

  • 解析結果レポート(最終報告)
  • データ解析結果(PDF、Excel)
  • データ解析の中間ファイル

解析結果レポート例

バイオマーカー探索を目的としたデータ解析を実施した場合の報告書例です。研究目的に応じたご報告を行います。

解析結果レポート例

RNA-seq データ解析【秋の受託解析キャンペーン】
RNA-seq データ解析【秋の受託解析キャンペーン】 [30%OFF]2.5万円/サンプル(税込27,500円)

データ解析内容

○ 解析レポート、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
○ 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
○ 二群間における発現量比較解析(4組み合わせまで):Volcano plot
○ 機能解析:Gene Ontology解析、パスウェイ解析 (Reactome)
解析結果

受入れデータ・納品物

受入れデータ形式

  • FASTQファイル

納品物

  • 解析結果レポート(最終報告)
  • データ解析結果(PDF、Excel)
  • データ解析の中間ファイル

バイオインフォマティクス・トレーニング【受講者1000名突破記念キャンペーン】
受講者1000名突破記念キャンペーン

▼まずは3分間トレーニング体験動画をご視聴ください!▼

お陰様でアメリエフのバイオインフォマティクストレーニングは、受講者数1000名を突破いたしました。
私達のサービスをご愛顧いただいている皆様への感謝を込めて「受講者1000名突破記念キャンペーン」を実施いたします。 基礎技術を身に着ける基礎科目のうち、人気の「Linux入門」「R入門」が対象となります。
この機会に是非ご活用ください。
※応用科目(実践型)は人気のため4月以降のご受講となります。

キャンペーン内容

基礎科目割引:20%OFF

  • 対象科目:Linux入門、R入門
  • ・キャンペーン対象:指定日の基礎科目をご発注の方
  • ・オープン開催:下記の日時から選択。ほかの受講者と同時に受講する形式です。(定員となり次第受付終了)
  • ・割引内容:対象科目20%割引
  • ・定員:受講日につき最大6名
  • ・その他:他キャンペーンとの併用不可
受講日 12/3(土) 12/14(水) 1/18(水)
科目 R入門 Linux入門 R入門
残席状況 残席わずか 空席あり 残席わずか

※開催時刻:10:00~17:00(休憩1時間)
※ご反響次第で1月以降に追加開催の可能性がございます。
※お申し込みは受講日の5営業日前まで(土日祝、年末年始除く)となります。


バイオインフォマティクス サマースクール
バイオインフォマティクス サマースクールのお知らせ

大学・研究所の医師や研究者、企業の研究職、データ解析に興味があったが敷居が高く踏み出すことができなかった、みなさまの独学を支援するオンラインスクールです。
基本概念の理解からはじまり、解析手法毎にデータ解析の内容を深く理解し解釈する体験をすることができます。

「業務が忙しくまとまった時間が取れない!」「テキストや書籍をすすめたが実践で行き行き詰った」「身近に相談できる方がいない…」そのお悩み、アメリエフのサマースクールが解決します
初学者でも
安心・丁寧
データ解析に必要な
一連の技術要素を網羅
予約型の復習室で
学びの定着を支援

お申し込みの流れ

  1. 日程・受講規約を確認し、WEBからお申し込みください。
  2. お支払い完了後に申し込みが完了となります。
  3. 受講日の7日前までを目安に、参加用URL(Zoom)と教材をご案内いたします。
  4. 当日、お時間になりましたらオンラインスクールにご参加ください。
  5. 全日程終了後に受講証明書を発行いたします。
  6. 受講後に希望者は復習室(1回30分)を予約することができます。

受講例および費用

目標 名称 時間
1日目 基本概念を理解する バイオインフォマティクス概論 90分
2日目 データ解析の内容を
深く理解し解釈する
解析手法別エッセンシャル
(GWAS/がん体細胞変異解析)
3時間/科目

バイオインフォマティクス概論セミナー+解析手法別エッセンシャル1科目:13.2万円(税別12万円)
バイオインフォマティクス概論セミナー+解析手法別エッセンシャル2科目:23.1万円(税別21万円)

講義内容および日程

「CLOSE」をクリックすると、表示を最小化できます。

バイオインフォマティクス概論CLOSE
名称 ゲノム解析のためのバイオインフォマティクス概論
目次 第Ⅰ章「バイオインフォマティクス概論」
第Ⅱ章「オミクスと測定技術」
第Ⅲ章「オミクスデータ解析とデータ解析環境」
第Ⅳ章「公共データベースの活用」
第Ⅴ章「論文を基にしたデータ解析事例」
目標 バイオインフォマティクスの基礎を理解し、有用性、解析に必要なリソースなどを把握
形式 ・オンラインで実施(90分)
・座学形式(サーバーでのコマンド実行の実習は含みません)
解析手法別エッセンシャルCLOSE
科目 GWAS エッセンシャル
目次 第Ⅰ章「GWAS のためのLinux/R 基礎知識」
第Ⅱ章「SNPアレイデータを用いたGWAS解析の基礎」
第Ⅲ章「データ解析体験:LocusZoomで近傍遺伝子を確認」
目標 データ解析の具体的内容や手順を把握し、解析結果の解釈の方法を把握
形式 ・オンラインで実施(計3時間)
・座学形式(サーバーでのコマンド実行の実習は含みません)

科目 がん体細胞変異解析 エッセンシャル
目次 第Ⅰ章「がん体細胞変異解析のためのLinux/R 基礎知識」
第Ⅱ章「次世代シーケンサを用いたがん体細胞変異解析の基礎」
第Ⅲ章「データ解析体験:オンコプロットの描画」
目標 データ解析の具体的内容や手順を把握し、解析結果の解釈の方法を把握
形式 ・オンラインで実施(計3時間)
・座学形式(サーバーでのコマンド実行の実習は含みません)

※エッセンシャルの第Ⅰ章は、異なる科目でも同じ内容となります。 
開催日程CLOSE
日程 バイオインフォマティクス
概論
GWAS
エッセンシャル
がん体細胞変異解析
エッセンシャル
8/04(木)【受付終了】 16:00~17:30
8/06(土)【受付終了】 14:00~15:30 16:00~19:00
8/25(木)【受付終了】 14:00~15:30 16:00~19:00
8/27(土)【受付終了】 14:00~15:30 16:00~19:00
9/03(土) 16:00~19:00
9/08(木) 16:00~19:00
9/15(木) 16:00~19:00

新年度RNA-seq受託解析キャンペーン
新年度RNA-seq受託解析キャンペーンのお知らせ

新年度RNA-seq受託解析キャンペーン

ご好評につき期間延長決定!
キャンペーン期間:2022年7月31日 試料またはデータ受領まで

RNA-seq遺伝子発現量群間比較

total RNAからのRNA-seq遺伝子発現量群間比較までワンパッケージでご提供5.9万円/サンプル(4Gb)(税込64,900円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 二群間解析における発現量比較解析」「 発現変動遺伝子の抽出」「 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

RNAseq解析

 RNAseq解析とは、次世代シーケンサー(NGS)を用いて転写物の塩基配列を決定する方法です。この配列をリファレンスゲノムへアライメントし、転写産物毎の発現量を測定し、通常はサンプル間の発現量の比較解析を行います。スプライスバリアント毎の発現解析、融合遺伝子検出、変異解析、新たな転写産物の予測を行うことができます。
 リファレンスゲノムのない生物の場合でも、配列をアセンブルして転写産物モデルを構築し、アライメントさせて解析することができます。

実験のポイント

 解析対象のRNAの種類に適したライブラリー調整キットを用いて、ライブラリー作成を行います。必要なシーケンス量は、生物種や何をプロファイリングしたいかによって異なります。ヒトやマウスの場合、最低でも2000万リード、4Gbp以上の測定が推奨されます。スプライスバリアント(アイソフォーム)の検出や新規転写産物を探索する場合、もしくはFFPEサンプルやnon-conding RNAを扱う場合には、シーケンス量を増やす必要があります。

解析のポイント

 NGSによるシーケンスで得られた配列は、FASTQというファイル形式で保存されます。この配列をスプライシングを考慮してゲノム配列にマッピングします。この結果は、BAM形式ファイルで保存され、IGV (Integrative Genomics Viewer)などのゲノムビューワーを用いて閲覧できます。
 発現量は、リードカウント、または、補正値を用います。FPKM (Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments)やTPM (Transcripts per million)は、発現量をエクソン長と全マッピング数で補正した値です。CPM (Counts per Million mapped reads)は、発現量を全マッピング数で補正した値です。
 2群間の比較解析では、発現量の比をlogスケールで表現した値、もしくはt検定による有意差P値がよく用いられます。

研究目的別高次解析のポイント

 臨床上の特徴や薬剤が遺伝子発現にどのような影響を及ぼすのかを、発現変動が観測された遺伝子に注目し、特定のパスウェイや生物学的な機能のまとまりで、その意味を捉えることが高次解析の目的です。
 このためには以下に示しますように、データの特徴を把握した上で2群間比較による発現変動遺伝子解析を行い、その上で研究目的に応じた生物学的な機能を理解するための解析手法を適切に選択することが重要となります。

データの特徴の把握

・主成分分析

主成分分析
 全サンプルを対象に、遺伝子発現の傾向を二次元プロットで表現します。これにより、二次元上にプロットされた各サンプル間の距離から、類似性を読み取ることができます。複数サンプルの発現プロファイルの類似度を視覚化し、その後の解析で群間の差を見出すことができるデータであることを確認します。 主成分分析

・階層的クラスタリングのヒートマップ

階層的クラスタリングのヒートマップ
 縦軸に遺伝子、横軸にサンプルを配置し、発現量を色で表現します。
 各軸でクラスタリングを実施し、群ごとに同じまたは近いクラスタに分類します。はずれ値を持つサンプルを確認できます。
階層的クラスタリングのヒートマップ

2群間比較による発現変動遺伝子解析

 2群間で有意に発現量に差がある遺伝子群を特定します。

・Volcano plot

Volcano plot
 2群間の比較解析において、有意差P値(logスケール)と発現量の比(logスケール)を2次元プロットで表現します。各プロットの点は遺伝子に該当し、有意に変動している(p値や発現量比)遺伝子数の概観の確認や、変動の傾向の把握に使用します。
 各点に該当する遺伝子名を重ねて表記するなどし、既知の遺伝子で想定される発現変動が起きているかを確認するなど、データの妥当性の検討に用います。
Volcano plot

発現変動遺伝子と生物学的意義

発現変動した遺伝子群の生物学的機能の共通点や、影響を受けているパスウェイ等の探索を行います

・GO(Gene Ontology)解析

GO解析
 Gene Ontologyとは、遺伝子の属性を説明する語彙を体系化・構造化した記述方法です。GOは生物学的プロセス、細胞の構成要素、分子機能の3カテゴリーに分けることができ、それぞれのカテゴリーにはさらなる下位概念が定義されています。有意に変動した遺伝子群がどのような生物学的概念にエンリッチしているかを解析することで、比較対象が影響を与えている生物学的機能を捉えます。
 最上位GOから、下位GOまでの繋がりを図に示します。それぞれのGOのエンリッチメント解析結果は色の濃淡で有意差(P値)の大きさを表します。
GO解析

アメリエフが選ばれる理由

  • ・実験と解析をワンパッケージでご提供します
  • ・研究目的にあった解析手法を選択し解析プランを組み立てます
  • ・解析内容と解析結果を丁寧にご説明し仮説検証に貢献します

解析メニュー

  • RNAシーケンス
    • ライブラリ調製、NovaSeq6000による(PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード)によるシーケンシング
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
    • 二群間解析における発現量比較解析:二群間解析(Volcano plot、4組組み合わせまで)、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
    • 発現変動遺伝子の抽出
    • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化(Box plotなど)
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA(重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析)
  • ※non stranded RNA-seqとなります。strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
  • ※12Gbの場合(NovaSeq6000によるPolyA 12Gb/40Mぺアードリード)、6.9万円/サンプル(税込75,900円)となります。

サンプルに関して

サンプル要件

  • RNA-seq遺伝子発現量群間比較
    • サンプルタイプ:total RNA
      ※サンプルQCでRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      総量(µg) 液量(µL) 濃度(µg) 純度
      1以上 20以上 50以上 OD260/280 1.8 – 2.2
      OD260/230 ≧ 1.8

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

 〒103-0023  東京都中央区日本橋本町2-3-11 
 日本橋ライフサイエンスビルB101 東京配送センター

注意事項

  • ※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
  • ※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。
  • ※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
     その際には出張費をご請求いたします。
     また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

新年度シングルセルRNA-seq受託解析キャンペーン
新年度シングルセルRNA-seq受託解析キャンペーンのお知らせ

新年度シングルセルRNA-seq受託解析キャンペーン

ご好評につき期間延長決定!
キャンペーン期間:2022年7月31日 試料またはデータ受領まで

シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析

シングルセル化した細胞からのシングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析までワンパッケージでご提供110万円/サンプル(税込1,210,000円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討」または「 疑似系譜解析」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

シングルセルRNAseq解析

 シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。

実験のポイント

 シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
 死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
 またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。

解析のポイント

 特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。

高次解析により得られる図表の例

バイオリンプロット、クラスタリング結果、Feature plot、UMAP

研究事例

1)がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究

  •  薬物耐性獲得のメカニズムの解明は、がんの薬物治療において不可欠な要素です。耐性獲得の背景は、様々あるとされていますが、がん組織の不均一性がその原因の一つであると考えられています。Kashimaらは、がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明にscRNAseq解析を利用しました(Kashima et al., Cancer Res, 2021)。
  •  具体的には、オシメルチニブ耐性細胞の出現機構を解明するために、EGFR遺伝子に変異をもつヒト肺腺がん細胞株であるNCI-H1975細胞を用いて一細胞解析を行いました。H1975はオシメルチニブ感受性の細胞であることが知られていますが、この細胞を段階的にオシメルチニブに曝露し、各段階での細胞群をscRNAseq解析することで、①親株に少数のオシメルチニブ耐性細胞が存在すること、②オシメルチニブ曝露群にしか出現しない細胞群が存在すること、が明らかになりました。

2)発生/分化分野での毛包形成研究

     全世界で男性の50%、女性の25%が薄毛に悩んでいると言われており、自己由来の幹細胞から毛包を誘導する研究が注目されています。しかし、生体内での毛包のde novo形態形成については、毛包の不均一性や非同期的な発達のため、アプローチが難しく理解が進まない状態でした。このような観点から、毛包のde novo形態形成の基礎となる分子経路を明らかにすることは、毛包の発生に関する深い洞察をもたらし、in vitro条件下での毛包の発生を誘導する上で重要な意味を持つと考えられます。
  •  GeらはscRNAseq技術を用いて、様々な分化期におけるマウス背部皮膚から得られた細胞群に対して一細胞のトランスクリプトームを統合的に解析しました(Ge et al., Theranostics, 2020)。その結果、9つの主要な細胞集団の同定と、上皮/真皮細胞系の分化の軌跡を構築することに成功し、細胞の運命決定に関わる主要なレギュロンが順次活性化されていることを明らかにしました。

アメリエフが選ばれる理由

  • ・実験と解析をワンパッケージでご提供します
  • ・研究目的にあった解析手法を選択し解析プランを組み立てます
  • ・解析内容と解析結果を丁寧にご説明し仮説検証に貢献します

解析メニュー

Aコース:発現変動遺伝子の群間解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

Bコース:細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討)
    • 遺伝子アノテーション
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

サンプルに関して

サンプル要件

  • シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析
    • サンプルタイプ:細胞
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      • 凍結状態であること。
      • 細胞数は106細胞以上であること。
      • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
      • 細胞は分散もしくは単離してください。
      • EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
      • 細胞サイズが直径30μm以下であること。
      • 40μmのフィルターにかけてください。
      • 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

 〒103-0023  東京都中央区日本橋本町2-3-11 
 日本橋ライフサイエンスビルB101 東京配送センター

注意事項

  • ※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
  • ※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。
  • ※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
     その際には出張費をご請求いたします。
     また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

新年度RNA/シングルセルRNA受託解析キャンペーン
新年度RNA/シングルセルRNA受託解析キャンペーンのお知らせ

新年度RNA/シングルセルRNA受託解析キャンペーン

キャンペーン期間:2022年6月30日 試料またはデータ受領まで

RNA-seq遺伝子発現量群間比較

total RNAからのRNA-seq遺伝子発現量群間比較までワンパッケージでご提供5.9万円/サンプル(4Gb)(税込64,900円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 二群間解析における発現量比較解析」「 発現変動遺伝子の抽出」「 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

  • RNAシーケンス
    • Aコース:ライブラリ調製、NovaSeq6000による(PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード)によるシーケンシング
    • Bコース:ライブラリ調製、NovaSeq6000による(PolyA 12Gb/40Mぺアードリード)によるシーケンシング
  • ※non stranded RNA-seqとなります。strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
    • 二群間解析における発現量比較解析:二群間解析(Volcano plot、4組組み合わせまで)、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
    • 発現変動遺伝子の抽出
    • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化(Box plotなど)
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA(重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析)
  • ※Aコース:5.9万円/サンプル(税込64,900円)、Bコース:6.9万円/サンプル(税込75,900円)

シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析

シングルセル化した細胞からのシングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析までワンパッケージでご提供110万円/サンプル(税込1,210,000円)

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「 Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討」または「 疑似系譜解析」「 GO解析」「 パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

Aコース:発現変動遺伝子の群間解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

Bコース:細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス
    • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
    • 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討)
    • 遺伝子アノテーション
    • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

サンプルに関して

サンプル要件

  • RNA-seq遺伝子発現量群間比較
    • サンプルタイプ:total RNA
      ※サンプルQCでRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      総量(µg) 液量(µL) 濃度(µg) 純度
      1以上 20以上 50以上 OD260/280 1.8 – 2.2
      OD260/230 ≧ 1.8

  • シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析
    • サンプルタイプ:細胞
      ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
      • 凍結状態であること。
      • 細胞数は106細胞以上であること。
      • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
      • 細胞は分散もしくは単離してください。
      • EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
      • 細胞サイズが直径30μm以下であること。
      • 40μmのフィルターにかけてください。
      • 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。

注意事項

  • ※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
  • ※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

 〒103-0023  東京都中央区日本橋本町2-3-11 
 日本橋ライフサイエンスビルB101 東京配送センター
※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
 その際には出張費をご請求いたします。
 また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。


バイオインフォマティクス・トレーニング【新年度キャンペーン】
20221新年度トレーニングキャンペーンのお知らせ

新年度トレーニングキャンペーン

この春、新しい研究テーマに取り組むみなさまのバイオインフォマティクス技術習得を支援するため「新年度トレーニングキャンペーン」を実施いたします。
基礎技術を身に着ける基礎科目から、実践的な課題解決の技術習得を目的とした応用科目まで、全科目が対象となります。
この機会に是非ご活用ください。

対象期間2022年6月30日までにご発注(8月末までの開催に限り)
キャンペーン割引対象全科目15%オフ
注意事項オンライン開催のみキャンペーン対象(訪問トレーニングは対象外)

【オンライントレーニングのイメージ】
※実際には双方向・ハンズオンのトレーニングとなります
バイオインフォマティクス・トレーニング・メニュー

おすすめの科目構成

  • シングルセルRNA-seqを始めたい
    応用科目:シングルセルRNA-seq
    基礎科目:R入門
  • がん体細胞変異解析を始めたい
    応用科目:がん体細胞変異解析、Reseq解析
    基礎科目:Linux入門
  • RNA-seqを始めたい
    応用科目:RNA-seq
    基礎科目:Linux入門、R入門
  • ChIP-seq解析を始めたい
    応用科目:ChIP-seq解析
    基礎科目:Linux入門