アメリエフ株式会社

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Amelieff Quick Start Packageを正式リリースいたしました。
 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、これまでバイオインフォマティクス技術を用いた、トレーニング、受託解析、コンサルティング、システム開発サービスを通して、研究を支援してまいりました。
 この度、PCに専用のソフトウェアをインストールして利用するデータ解析支援システム「Amelieff Quick Start Package」を正式リリースいたしましたのでお知らせいたします。

【背景】
 バイオインフォマティクスやデータ解析をはじめる研究者にとって、解析用サーバやパソコンの調達、使用するソフトウェアに合わせた解析環境のセットアップ、データや研究目的に適した解析プロトコルを用意するなど、幅広い専門知識と時間的コストがハードルとなっています。
 アメリエフは、お手持ちのPCにインストールするだけでデータ解析を始めることができる「Amelieff Quick Start Package」を正式リリースいたしました。「Amelieff Quick Start Package」は、オープンソースソフトウェアやRの実行、解析プロトコルと解析結果の記録まで、1つの環境でデータ解析が完結する製品となりますので、どうぞこの機会にご検討ください。

【サービス名】
Amelieff Quick Start Package

【サービスの特徴】
  1. 検証済みの解析プロトコルを用いて、高次解析まで3ステップで実行できるため、トレンドの解析を、再現・検証・導入するハードルを下げることができます。
  2. Linux、Rを用いた実行から記録まで、解析環境を1つに集約しているため、ひとつのノートブックから解析を実行する感覚で解析を行えます。
  3. データ解析の柔軟な拡張性と、再現性を確保できるため、複数バージョンの解析環境を維持・保存した上での、新手法の追加やブラッシュアップが容易になります。

【解析プロトコルの詳細】
解析プロトコル 概要
シングルセルRNAseq解析 ・発現マトリクスデータから、Seurat を用いた細胞クラスタリング・細胞分類
・monocleを用いた疑似系譜解析/Velocytoを用いたRNA velocity解析
RNAseq解析 ・QCからリファレンスゲノムへのマッピング
・発現定量、主成分分析、階層的クラスタリング
・発現変動遺伝子の検出、二群間の発現比較結果の可視化
・パスウェイエンリッチメント解析、GOエンリッチメント解析
遺伝子パネル/WES解析(ヒトゲノム) ・WESデータを用いたReseq解析
・QCからリファレンスゲノムへのマッピング、重複リードの除去
・変異検出、フィルタリング、アノテーション
・IGVによる可視化
微生物de novoアセンブル・菌種同定 ・Qiime2によるメタゲノム解析
・ロングリード/ショートリードシーケンスデータでのde novoゲノム解析


ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

CUT&RUN-seqデータ解析のトレーニングサービスを開始しました

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、CUT&RUN-seqデータ解析のトレーニングサービスを開始いたします。

【背景】
 CUT&RUN (Cleavage Under Target & Release Using Nuclease) は、DNAとタンパク質の相互作用を解析する技術です。2021年1月に、セルシグナリングテクノロジージャパン株式会社、タカラバイオ株式会社 、アメリエフ株式会社による合同オンラインセミナー「CUT&RUNによるタンパク質-DNA相互作用マッピング(サンプル調製からシーケンシング、データ解析まで)」を開催し、非常に多くの反響をいただきました。
このたび、バイオインフォマティクス・オンライントレーニングの新科目「CUT&RUN-seq解析」の提供を開始する運びとなりました​ので、お知らせいたします。

【サービス名】
バイオインフォマティクス・オンライントレーニング 応用科目
「CUT&RUN-seq解析」
https://amelieff.jp/training/

【サービスの特徴】
 従来のChIP-seqと比べ少ない細胞数から解析できることから、これまで使用できなかった抗体での解析が可能になります。細胞数や抗体の問題でChIP-seq を見合わせていたお客様、CUT&RUN-seqのデータ解析を学びたいお客様に、おすすめのサービスです。アメリエフのバイオインフォマティクス・トレーニングサービスは、これまで1000名を超える研究者のみなさまにご受講いただいています。本年度は、「厚生労働省 令和3年度がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」に採択されるなど、バイオインフォマティクスの人材育成において高い評価をいただいております。

【メリット】
・オンラインデータ解析サーバにログインし、実際にコマンドを打ちながら、実践環境で学習します
・ビデオ会議システムを使ったオンライン形式で場所を問わず受講できます
・操作の練習をしながら分からない点を聞いて、すぐに不明点が解決するので、学び残しがありません
また、Linux操作に不慣れなお客様のため基礎科目「Linux 入門」をご用意しておりますので、この機会に是非ご検討ください。

CUT&RUN-seqのデータ解析は、受託解析サービスでもご利用いただけます。
アメリエフは、今後も生命科学及び医療研究の発展に貢献するべく努めて参ります。


次世代シーケンサー「DNBSEQ™シリーズ」向け解析パッケージを発売

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役社長兼CEO:山口 昌雄、以下「アメリエフ」)は、このたび、PHC株式会社(本社:東京都港区、代表取締役社長:森本 恭史、以下「PHC」)が販売するMGI Tech社製次世代シーケンサー「DNBSEQ™シリーズ(製品モデル:DNBSEQ‐T7、DNBSEQ‐G400、DNBSEQ‐G50)(*1)」に対応した解析パッケージの販売を開始しましたので、お知らせいたします。

 近年、がんや糖尿病、心血管疾患などの診断・治療を目的としたゲノム医療の普及に向けて、国をあげた取組みが推進されています。特に、遺伝子データ解析結果に基づき、患者さん一人ひとりの体質や病状に合わせた治療を行うがんゲノム医療においては、がん遺伝子パネル検査(*2)など、次世代シーケンサーを活用した最先端のゲノム解析技術の応用ツールが必要とされるだけでなく、抽出された遺伝子情報の高精度なデータ解析を、より効率的且つ経済的に実現するソリューションが求められています。

「DNBSEQ™シリーズ」は、DNAやRNAの塩基配列を大量に読み取り、遺伝子の変異や発現量などを正確に解析する次世代シーケンサーです。MGI独自のDNBSEQ™テクノロジー(*3)を採用し、DNB(DNAナノボール)技術(*4)を活用することで、DNAが安定的に増幅され、より高精度なシーケンシングと優れたコストパフォーマンスによる遺伝子解析を実現します。また、1日あたり60人分のヒトゲノム(*5)に相当する6TBのデータ処理能力を持つハイエンドモデル「DNBSEQ‐T7」から、コンパクトなベンチトップ型「DNBSEQ‐G50」まで取り揃え、幅広い研究および臨床応用ニーズへの対応が可能です。

 最先端のバイオインフォマティクス技術を有するアメリエフは、「DNBSEQ™シリーズ」に最適化した解析システムとゴールドスタンダードの解析パイプラインを提案する解析パッケージに加え、解析担当者向けの実践型トレーニングや、利用目的に応じた高次解析の導入など、微生物からヒトゲノムまであらゆる研究におけるデータ解析ニーズに応え、ゲノム研究のさらなる効率化を図る包括的なソリューションを提供します。

 アメリエフは、今後も生命科学研究の発展とゲノム医療の実現・普及に向けて、事業を推進してまいります。

(*1)DNBSEQ™は、MGIの商標。 製品に関する詳細:www.phchd.com/jp/biomedical/gene-analysis
(*2)がんに関連する遺伝子の変化を網羅的に調べる検査。
(*3)ナノスケール(1-10nm程度)のDNA構造体であるDNBに関連するすべてのシーケンス技術。
(*4)DNBを複製する技術。
(*5)生物が持つ全ての遺伝情報。


<アメリエフ株式会社について>

2009年に創業したアメリエフ株式会社は、糖尿病マネジメント、ヘルスケアソリューション、診断・ライフサイエンスの事業領域で開発、製造、販売、サービスをグローバルに行うPHCホールディングス株式会社の日本における事業会社で、基礎研究・医療分野および創薬・バイオテクノロジー分野の研究開発において、生命情報統合解析プラットフォームを提供する生命情報解析のリーディングカンパニーです。一人ひとりの遺伝的特性に合わせたゲノム医療の普及を目指し、網羅的遺伝子検査に情報解析技術を提供する企業として、ビジネスを展開しています。
製品情報:www.amelieff.jp/selling/ngs-server/

<PHCホールディングス株式会社について>

PHCホールディングス株式会社は、傘下にPHC株式会社やアセンシア ダイアベティスケアホールディングス株式会社、エプレディア、株式会社LSIメディエンスなどを持つグローバルヘルスケア企業です。健康を願うすべての人々に新たな価値を創造し、豊かな社会づくりに貢献することを経営理念とし、糖尿病マネジメント、ヘルスケアソリューション、診断・ライフサイエンスの事業領域において、開発、製造、販売、サービスを行っています。2020年度のグループ連結売上高は3,060億円、世界125カ国以上のお客様に製品・サービスをお使いいただいています。www.phchd.com/jp

<PHC株式会社・バイオメディカ事業部について>

1969年に設立されたPHC株式会社は、糖尿病マネジメント、ヘルスケアソリューション、診断・ライフサイエンスの事業領域で開発、製造、販売、サービスをグローバルに行うPHCホールディングス株式会社の日本における事業会社です。ライフサイエンス事業を行うバイオメディカ事業部では、CO2インキュベーターや超低温フリーザーをはじめとした研究・医療支援機器・サービスの提供を通じて、110カ国以上の科学者と研究者への研究支援に取り組んでいます。www.phchd.com/jp/biomedical/about-phcbi

【お問い合わせ先】
アメリエフ株式会社 コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp


研究向け情報・製品・サービス発信プラットフォーム 「サイサチ受託カタログ」にアメリエフ社製品の掲載をスタート
 アメリエフ株式会社(本社:東京都墨田区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、2020年10月より、リカケンホールディングス株式会社が提供する製品情報サイト「サイサチ受託カタログ」(https://jutaku.saisachi.com/outsource/)に当社製品情報の掲載を開始しました。

【背景】
 サイサチは「研究者の皆様のお役に立つことで、サイエンスの世界に貢献したい」という志のもと、リカケンホールディングス株式会社およびリカケンホールディングスグループ(理科研株式会社・並木薬品株式会社・株式会社片岡・株式会社セイミ)が運営しているサイトです。
 アメリエフは、2009年の創業時より、受託解析サービスの提供を開始、その後、データ解析サーバ、バイオインフォマティクストレーニングなど、研究を加速させるサービスを提供して参りました。
 この度、当社は「サイサチ」の目的に賛同し、「サイサチ受託カタログ」にサービスを掲載いただく運びとなりました。
 今後、サイトを訪問者する研究者のニーズに対して、研究計画から研究成果を得るまでのプロセスにおけるソリューション、特に当社が得意とするデータ解析およびインフラ導入でお役に立つ情報を発信して参ります。

<掲載サービス名>
■ 受託解析サービス
研究テーマやご要望に応じたデータ解析を実施いたします。
  • ・シングルセルRNA-seq 解析
  • ・circRNA-seq解析
  • ・Reseq解析
  • ・マイクロアレイ 解析

■ バイオインフォマティクス・トレーニング
大学や研究機関、企業の研究支援を行うデータ解析の専門家が、最新のバイオインフォマティクスデータ解析についてトレーニングいたします。
  • ・Linux入門
  • ・Python入門
  • ・R入門
  • ・シェルスクリプト入門
  • ・Reseq解析
  • ・RNA-seq解析
  • ・ChIP-seq解析
  • ・がん体細胞変異解析
  • ・メタゲノム解析
  • ・SNPアレイデータのGWAS解析
  • ・マイクロアレイ解析
  • ・single cell RNA-seq解析
  • ・トレーニング復習期間サポート

■ 論文調査・解析手法調査
最新のバイオインフォマティクスデータ解析について、調査しご報告します。

■ データ解析コンサルティング(データ解析実施プラン)
ライフサイエンス分野の基礎研究・応用研究を、最先端のバイオインフォマティクス技術を用いて支援します。生命科学分野の研究者のみなさまに、スムーズかつスピーディにデータ解析の問題を解決するサービスを、ご提供します。

■ 解析パイプライン
日々ルーチンで実行している、変異検出(Reseq)、発現量比較(RNAseq)、ピーク検出(ChIPseq)などのオーソドックスな解析をコマンド一発で実行します。特に、データ駆動型の研究をしている方や、創薬研究等でスクリーニングをメインにお仕事されてる方におすすめです。

■ NGSデータ解析サーバ エンタープライズ版
汎用的なNGSデータ解析に用いるツールが十分に稼働するスペックを持ったサーバを、解析環境を構築した状態で導入します。弊社製パイプライン(製品コードS)を二種類まで選択して導入でき、納品と同時に解析環境が整います。

<お問い合わせ>
ご興味のある方は、「サイサチ受託カタログ」(https://jutaku.saisachi.com/outsource/)または、弊社HP(https://amelieff.jp/bioinformatics/catalog/)よりお気軽にご連絡ください。

【アメリエフ株式会社】
<会社情報>
本社住所:〒130-0003 東京都墨田区横川1-16-3 センターオブガレージ Ground04
資本金:3,000万円
設立 :2010年
主要株主:PHCホールディングス株式会社
HP:https://amelieff.jp/

<実績>
研究機関、医療機関、製薬会社を中心とした民間企業向けに、バイオインフォマティクスを駆使したIT解析技術によるコンサルティング、生命情報解析システム、生命情報のデータサイエンティスト育成のための研修サービスなどを提供しています。
これまで、多数の基礎研究の推進に貢献し、京都大学iPS細胞研究所など研究機関との共同研究を実施してきました。
解析システム開発がグラフィカルユーザインタフェースに対応しました


 アメリエフ株式会社(本社:東京都墨田区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ) は、解析システム開発のグラフィカルユーザインタフェース(Graphical User Interface、略称:GUI)への対応をお知らせします。

【背景】
 アメリエフは、生命科学研究や企業の基礎研究分野において、解析パイプラインの提案や手作業で行っている解析の自動化など、様々なシステム開発を行ってきました。
 近年、DNAシーケンサ技術の発展により大量のデータが安価かつ短時間に入手できる時代が到来し、検体間での比較や、検体内でのデータ検索、対話的に色付けして可視化するなど、画面操作に適したシステムの需要が高まっています。
 アメリエフは、フレキシブルでメンテナンスが容易なコマンドラインシステムに加え、データベース構築および検索・可視化などのGUIシステムに対応することで、双方のメリットを生かした最適な解析環境の提案と構築を行ってまいります。


▲ データ登録・管理画面の一例

【サービス名】
解析システム開発 GUI対応

■ サービスの特徴
・研究目的や利用シーンのヒアリングを行い、実情に沿った解析システムを提案します。
・オンプレサーバだけでなくクラウドサーバにも対応します。所有するサーバに対する解析環境構築もご相談ください。
・データベース機能を組み込むことで、解析結果の蓄積と取得、アカウント管理も可能になります。

■ メリット
・直感的な操作
・煩雑なコマンド操作不要
・解析結果を自動的に取得

■ お問い合わせ
ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

【アメリエフ株式会社】
<会社情報>
本社住所:〒130-0003 東京都墨田区横川1-16-3 センターオブガレージ Ground04
資本金:3,000万円
設立 :2010年
主要株主:経営陣、リアルテックファンド、株式会社ユーグレナ、株式会社リバネス
HP:https://amelieff.jp/
<実績>
研究機関、医療機関、製薬会社を中心とした民間企業向けに、バイオインフォマティクスを駆使したIT解析技術によるコンサルティング、生命情報解析システム、生命情報のデータサイエンティスト育成のための研修サービスなどを提供しています。
これまで、多数の基礎研究の推進に貢献し、京都大学iPS細胞研究所など研究機関との共同研究を実施してきました。


受託解析サービスメニューをリニューアルしました


 アメリエフ株式会社(本社:東京都墨田区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、バイオインフォマティクス技術を用いた受託解析サービスのメニューをリニューアル致しましたのでお知らせします。リニューアルによって、トレンドの手法を加え体系化した13項目のメニューから、解析手法とその概要をご覧いただけるようになりました。

【背景】
 DNAシーケンサ技術の発展により大量のデータが安価かつ短時間に入手できる時代が到来しました。その一方で、生命情報科学(バイオインフォマティクス)の人材は不足しており、迅速なデータ解析が困難な状況に陥ることで、研究の進捗に大きな影響を及ぼし、プロジェクト進行の妨げになってしまいます。

 アメリエフは、生命科学研究で経験を積んだIT専門家(バイオインフォマティシャン)による受託解析サービスを提供しており、ご希望に沿った最良の解析をご提案できるよう、新しい解析手法の確立や解析精度の向上に日々取り組んでいます。

 この度、受託解析サービスメニューをリニューアルし、受託解析サービスメニューを一覧からお選びいただけるようになりました。

【サービス名】
受託解析サービス(バイオインフォマティクスデータ解析)

■ サービスの特徴
・生命科学研究で経験を積んだバイオインフォマティシャンによるデータ解析
・報告書だけでなく、ウェブ会議による報告会もご希望により実施
・基本的な解析だけでなく、研究目的に沿ったカスタマイズにも対応

■ メリット
・解析の実行だけでなく、結果の図表の見方などのご質問にも丁寧に対応
・データ受託解析以外に、基本的なデータ解析スキルを身に着けたい方には「トレーニング」、データ解析の困りごとや相談をしたい方には「コンサルテーション」等、様々な提案が可能

■ お問い合わせ
ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

【アメリエフ株式会社】
<会社情報>
本社住所:〒130-0003 東京都墨田区横川1-16-3 センターオブガレージ Ground04
資本金:3,000万円
設立 :2010年
主要株主:経営陣、リアルテックファンド、株式会社ユーグレナ、株式会社リバネス
HP:https://amelieff.jp/
<実績>
研究機関、医療機関、製薬会社を中心とした民間企業向けに、バイオインフォマティクスを駆使したIT解析技術によるコンサルティング、生命情報解析システム、生命情報のデータサイエンティスト育成のための研修サービスなどを提供しています。
これまで、多数の基礎研究の推進に貢献し、京都大学iPS細胞研究所など研究機関との共同研究を実施してきました。


バイオインフォマティクス オンライン・トレーニングサービスを開始しました

アメリエフでは、創業から蓄積してきたバイオインフォマティクスデータ解析のノウハウを土台に、バイオインフォマティクストレーニングサービスを提供して参りました。昨今の世界情勢を受け、オンラインでのトレーニング受講について多数ご要望を頂いており、この度、オンライン・トレーニングサービスをスタートしました。

ビデオ会議システムを使って講義しますので、ご質問にその場でお答えしながら進めることが可能です。従来の訪問型トレーニングと違い、会場を準備いただく必要がなくなります。また、1科目6時間の科目を3時間×2日で開催することも可能となります。そのため、受講前後や合間に予習・復習ができ、理解度が深まり、学習効率が高められるメリットがございます。

ネットワークの設定に詳しくない方やご不安がある場合でも、事前の設定から弊社担当者がサポートいたしますのでお気軽にお問い合わせください。

科目一覧

受講までの流れ

  • お問い合わせ

    トレーニングお問い合わせフォームから
    必要事項やご相談内容をお送りください

  • ヒアリング
    担当者からメール等で詳細を伺い、仕様を確定させます

  • 仕様・お見積りの連絡

  • 発注

  • 実施前準備
    スケジュール調整や、実習用クラウドサーバへの接続テスト
    などについてご案内致します

  • 実施
    オンライン、または、受講者の来社、講師の訪問により、実施いたします。
    当日の人数変更はお受けできませんのでご注意ください

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。
受託解析サービスに新ラインナップを追加しました

アメリエフでは、下記の解析サービスを開始いたしました。

■ tandem repeat解析
ロングリード(PacBioなど)データから、Tandem repeat数を算出します。Reference repeat countsからのズレにて報告します。

■ Chromiumを用いたV(D)J解析
Chromiumで作成したV(D)Jデータを解析し、Loupe VDJ Browser(10X Genomics社)で閲覧可能なファイルを作成します。

ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。


UniDB(ユニバーサル データベース)のデータベースを更新しました

世界的に公開されている様々な集団のゲノムバリエーションや、変異と表現型(疾患や薬剤応答)など、10 種以上のデータベースをアメリエフ独自に統合したUniDB(ユニバーサル データベース)を更新しました。

■最新リリース情報
Release v1.14
・リリース日
 2019年10月25日
・対応データベース
 2種類のデータベースのバージョンアップ・データ追加を行いました。
 ・ClinVar (2019/7 → 2019/10)
 ・dbSNP (152→153)

■製品ページ
UniDB(ユニバーサル データベース)

UniDB は、年4回定期的に更新を行っています。 ご購入いただいた方はバージョンアップ(有償)することで、新しい公開データベース情報を利用することができます。

本製品についてのご相談は、お問い合わせフォームよりお気軽にお問い合わせください。