アメリエフでは、下記の解析サービスを開始いたしました。
■ tandem repeat解析
ロングリード（PacBioなど）データから、Tandem repeat数を算出します。Reference repeat countsからのズレにて報告します。
■ Chromiumを用いたV(D)J解析
Chromiumで作成したV(D)Jデータを解析し、Loupe VDJ Browser(10X Genomics社)で閲覧可能なファイルを作成します。
ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。
世界的に公開されている様々な集団のゲノムバリエーションや、変異と表現型（疾患や薬剤応答）など、10 種以上のデータベースをアメリエフ独自に統合したUniDB（ユニバーサル データベース）を更新しました。
■最新リリース情報
Release v1.14
・リリース日
2019年10月25日
・対応データベース
2種類のデータベースのバージョンアップ・データ追加を行いました。
・ClinVar (2019/7 → 2019/10)
・dbSNP (152→153)
■製品ページ
UniDB（ユニバーサル データベース）
UniDB は、年4回定期的に更新を行っています。
ご購入いただいた方はバージョンアップ（有償）することで、新しい公開データベース情報を利用することができます。
本製品についてのご相談は、お問い合わせフォームよりお気軽にお問い合わせください。
アメリエフでは、がん関連体細胞変異データベース「COSMIC」のライセンスを取得しました。
■ COSMICとは
COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer) は、がんの専門家が、がんと関連する体細胞変異の情報を手動で精選した世界最大のデータベースです。
公式サイト COSMIC
COSMIC のライセンスを取得したことで、弊社サービス・製品の内部でCOSMICを利用することが可能になりました。
弊社で提供している「データ解析受託」サービスでは、例えば、がんに関係すると報告されている変異だけに絞り込みをして、その症例報告数を表示することを可能にします。
また、弊社製品の「AmeliCureクリニカルレポート」「AmeliCureデータベース」では、参照するデータベースの1つにCOSMICが追加されることで、がん細胞についてより深い検討が可能となり、がん治療に貢献します。
本件に関してのお問い合わせは、「その他サービスのお問い合わせ」から、お気軽にご連絡ください。
世界的に公開されている様々な集団のゲノムバリエーションや、変異と表現型（疾患や薬剤応答）など、10 種以上のデータベースをアメリエフ独自に統合したUniDB（ユニバーサル データベース）を更新しました。
■最新リリース情報
Release v1.13
・リリース日
2019年7月25日
・対応データベース
1種類のデータベースのバージョンアップ・データ追加を行いました。
ClinVar (2019/04→2019/07)
■製品ページ
UniDB（ユニバーサル データベース）
UniDB は、年4回定期的に更新を行っています。
ご購入いただいた方はバージョンアップ（有償）することで、新しい公開データベース情報を利用することができます。
本製品についてのご相談は、お問い合わせフォームよりお気軽にお問い合わせください。
アメリエフは、論文調査・解析手法調査サービスを開始いたしました。
本サービスは、大学や研究機関の研究支援を行うデータ解析の専門家が、最新のバイオインフォマティクスデータ解析について、調査と報告を行います。
多忙により常に移り変わっていく情報を追っていくのが難しい方、これから新しい研究テーマを始めるにあたって、その分野の網羅的な情報がほしい方の研究を推進するため、最新の分野のサマリーやワークフローを提供いたします。
サービスの詳細は下記のページでご覧いただけます。
論文調査・解析手法調査
ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。
アメリエフでは、Single cell RNA-seq解析トレーニングサービスを開始いたしました。
Single cell RNA-seq解析トレーニングでは、RパッケージSeuratおよびMonocle2でシングルセルRNA-seq解析の解析手順を理解し、自身の研究目的に合わせた解析を実行できるようになることを目標にしています。
サービスの詳細は下記のページでご覧いただけます。
Single cell RNA-seq解析
ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。
この度、10x Genomics Chromiumデータ解析システムをリリースいたしました。
10x Genommics社推奨スペックのサーバに、解析目的に合わせて、シングルセルRNA解析ソフト「Cell Ranger」、または、ゲノム解析ソフト「Long Ranger」を搭載した解析サーバをご提供致します。データ解析トレーニングとデータ解析サポートがついているため、初心者でもすぐに解析を始められます。
| 項目 | スタンダード | ハイスペック | |
|---|---|---|---|
| 機器 | OS | CentOS 7 | |
| CPU | Intel Xeon E5 [3.2GHz/8Core] × 2基 | ||
| メモリ | 128GB | 256GB | |
| ストレージ | OS: 240GB SSD データ: 12TB（3TB x 4台 RAID 5/6） |
OS: 240GB SSD データ: 16TB（4TB x 4台 RAID 5/6） |
|
| 無停電電源装置 | APC Smart-UPS 1500 RM 2U LCD 100V | ||
| ラック | 24Uラック (高1260x幅600x奥1000mm) | ||
| ソフトウェア | 解析ソフトウェア （1種類選択） |
・全ゲノム解析/全エクソーム解析をされる方： Long Ranger™ for Chromium ・Single cell RNA-seq解析をされる方 ： Cell Ranger™ Analysis Pipelines |
|
| 解析結果閲覧 | Loupe™ Genome Browser | ||
| 保守 | ・ソフトウェア保守（12ヵ月） ・リモートアクセスによるバージョンアップ対応 （オンサイト対応は、出張費が必要となることがあります。 別途お問い合わせください。） |
||
| トレーニング | コマンドライン トレーニング |
Chromium システム操作に必須となるLinuxコマンドのトレーニング （3時間、最大5名） |
|
| データ解析 トレーニング |
Long Ranger™、Cell Ranger™、Loupe™ Genome Browserの解析、 および操作手順をトレーニング（3時間、最大5名） |
||
| サポート | トレーニングご受講後、データ解析相談およびコマンドラインの ご利用についてメールおよびお電話にてサポート（12か月） |
||
| 設置 | 機器設置・導入・出張 | 価格に含まれています | |
10x Genomics Chromiumデータ解析システム
本製品のお問い合わせにつきましては、お問い合わせフォームからお願いいたします。
アメリエフでは、シングルセルRNA-seq解析サービスを開始いたしました。
シングルセルRNAシーケンスは、個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、高解像度で細胞間の差異を把握できる手法です。
サービスの詳細は下記のページでご覧いただけます。
シングルセルRNA-seq解析
ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。
この度、ロングリードシーケンサー向けのデータ解析PCをリリースいたしました。
「ロングリードシーケンサー向けデータ解析PC」は、代表的なロングリードシーケンサーが推奨するスペックを満たした汎用的なノートPCをご提供するサービスです。
面倒な初期セットアップ作業を弊社技術者がリモート接続で行います。
製品詳細
| PC | OS | Windows10 Pro |
|---|---|---|
| CPU | Intel Core i7 [1.8GHz/4core] | |
| メモリ | 16GB | |
| ストレージ | SSD : 1TB | |
| サイズ | ディスプレイ: 13.3インチワイド | |
| オンライン セットアップ |
ご用意いただくもの | オンライン環境 お使いのロングリードシーケンサのご登録情報 |
| セットアップの流れ | １）ご発注後、PC本体を順次発送いたします。 ２）リモート接続**でソフトウェアのインストール作業を行います。 ３）セットアップ手順をご説明いたします。 ４）セットアップしたソフトウェアをご説明いたします。 |
|
| 時間 | 最大1時間 | |
| マニュアル | セットアップマニュアル | |
| インストールソフトウェア | ・MinKNOW ・Albacore ・EPI2ME |
|
| 価格（税別） | ¥350,000 | |
| 製品コード | M005 | |
* 出張費は別途お見積となります。
** リモート接続は本作業のための一時的な接続になります。
本製品のお問い合わせにつきましては、お問い合わせフォームからお願いいたします。
アメリエフ株式会社
2018年 10月31日
アメリエフでは、circular RNA解析サービスを開始いたしました。
circular RNAは、通常の線形のRNAとは異なる環状のRNAです。解析では、circular RNA検出ソフトウェアによりcircular RNAを検出し、circular RNAの候補一覧に既知circular RNAのアノテーション情報を付与いたします。
ご興味のある方は、お気軽にこちらからお問い合わせください。
