アメリエフ株式会社

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解析環境構築サービス
「Amelieff Quick Start Package」

Amelieff Quick Start Packageは、オープンソース解析ツールを活用したデータ解析環境を構築するサービスです。
Dockerを用いて解析環境のセットアップを自動化し、 jupyter notebookによるインタラクティブな解析実行を実現することで、 オープンソースソフトウェアとパッケージソフトウェアの両方のメリットを併せ持ったサービスです。

メリット デメリット
オープンソース 新規性・高精度
無料
サポートはコミュニティによる情報提供
調査、導入、運用に専門知識が必要
パッケージ 統合環境として必要な機能を提供
ソフトハウスによる即時性のあるサポート
ブラックボックスで処理が把握できない
ソフトハウスへの依存

定番・注目の高次解析環境をパッケージ化、解析プロトコルを解説付きノートから実行するような操作感、使用方法に加え、解析のお困りごとまでしっかりサポート

Amelieff Quick Start Packageの特徴

・定番・注目の高次解析環境をパッケージ化
・解析プロトコルを解説付きノートから実行するような操作感
・使用方法に加え、解析のお困りごとまでしっかりサポート
Amelieff Quick Start PackageのscRNAsep解析プロトコルでは、jupyter lab、python、R、Dockerのベースソフトウェア、Seurat、RCAのscRNAseq2次解析ソフトをパソコンにセットアップ

Amelieff Quick Start Packageのメリット

スピード

再現性

拡張性

トレンドの解析を検証・導入するハードルを下げます。 実行した解析環境と手順、解析の意図や結果まですべてのノウハウを保存・再現できます。 手順のブラシュアップや新しい手法の追加などプラットフォームに縛られません。

解析プロトコル

解析プロトコル 概要 導入ツール システム要件
シングルセルRNAseq解析 ・発現マトリクスデータから、Seurat を用いた細胞クラスタリング・細胞分類
・monocleを用いた疑似系譜解析/Velocytoを用いたRNA velocity解析
Seurat, RCA, monocle3,velocyto,
jupyter lab, R, python, Docker
メモリ16GB以上
微生物de novoアセンブル・菌種同定 ・Qiime2によるメタゲノム解析
・ロングリード/ショートリードシーケンスデータでのde novoゲノム解析
Qiime 2,NanoPlot, NanoFilt, Unicycler,
BWA, SAMtools, Pilon, BBmap,
jupyter lab, R, python, Docker
メモリ64GB
がん体細胞変異解析 ・Oncoplot、lolipop plotによる可視化を中心としたがん体細胞変異の可視化 VEP, maftools(oncoplot, rainfallPlot, tcgaCompare, somaticInteractions),
jupyter lab, R, python, Docker
メモリ64GB

ラインナップ

商品名 ライセンスタイプ
Amelieff Quick Start Package 1解析プロトコル 固定年間ライセンス*
オンラインチュートリアル(所要時間:2時間程度)
バグフィックス1年間
Amelieff Quick Start Package
現地取扱説明
1回(所要時間:4時間程度)
Amelieff Quick Start Package
解析システム
エントリーモデル
ご指定のAmelieff Quick Start Packageライセンスと
解析ノートPCおよびインストール作業を含む
※サーバへのセットアップにも対応致します。お問い合わせください。