amelieff home > 応用編｜臨床におけるがんのゲノム解析研修会
応用編
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- 講師紹介OPEN
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氏名 所属 オンデマンド 東京会場体験コース10/2(日) 東京会場集中コース10/15(土)および大阪会場集中コース11/5(土) 玉田 嘉紀 弘前大学 医学研究科 教授 1章 1～2章 – 仲里 猛留 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 2章 – 1～2章 片山 琴絵 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 准教授 3章 – – 山口 類 愛知県がんセンター研究所 システム解析学分野 分野長 3章 – – 井元 清哉 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 教授 3章 – – 清水 英悟 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 4章 – 3～5章 山下 理宇 国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野 ユニット長 5章 3～5章 –
- カリキュラムOPEN
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実際の解析手順を習得する内容となります。入門編の基礎的な知識を有する方の参加を推奨いたします。
オンデマンドと体験コースは座学のみ、集中コースは各自PCを用いたコマンド実習も含んだプログラムです。会場開催研修については、解析手順を把握しておきたい方は体験コース、実際に実務で解析等を行う方は、集中コースをご選択ください。
章 タイトル 内容 １ Linux 入門（基本操作、コマンド、ファイル操作 等） - ファイル操作、パーミッション、パスの概念
- awkなど、テキストファイル加工・編集ツール操作
- OSS導入
２ 公開データベース活用 - 公開データベースとは
- 公開データベース中のNGSデータの検索とその後の解析
- がん実験データベースの活用（TCGA）
- がん知識データベースの活用（COSMIC）
３ データ解析基礎(fastqファイルからはじめる点変異、構造変異、コピー数異常の探索とVCF作成) - NGS解析で取り扱う基本ファイルの説明
- fastqファイルから変異検出(vcfファイル作成)まで
- 変異の検出精度管理
４ データ解析応用(vcfファイルへのアノテーション、公開データベースとの連携やフィルタリング) - vcfファイルへのアノテーション
- アノテーション済みvcfファイルのフィルタリング
- 日本人固有Germline(ToMMo)フィルタ
- 検出された個々の変異の意味づけ
５ データ解析発展(解釈や論文参照 等) - 公開データベースを参照し遺伝子の機能や、Pathwayを考慮した解釈
- 論文、診断、治療、生存曲線に関する情報収集
- Tumor Mutation Burden解析とRを使ったSignature解析
※章タイトル・構成などが変更になる場合がございます。
- 会場開催日程OPEN
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応用編（東京会場、体験コース） 10/02(日)13：00～19：00
応用編（東京会場、集中コース） 10/15(土)13：00～19：00
応用編（大阪会場、集中コース） 11/05(土)13：00～19：00
- 時間割OPEN
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章 タイトル 時間 1 Linux入門（コマンド、ソフトインストール、awkなど） 120分 2 公開DB活用 60分 3 データ解析基礎（Wet含めた品質管理とVCF作成） 60分 4 データ解析応用（VCFファイルへのアノテーション、公開DBとの連携やフィルタリング） 60分 5 データ解析発展（解釈や論文参照など） 60分 ※変更になる場合がございます。
- テキストOPEN
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テキストはオンデマンド研修サイトにてダウンロードいただけます。
※応用編資料は9/20(火)に公開予定です。