アメリエフ株式会社

amelieff home > がん体細胞変異解析トレーニング|臨床におけるがんのゲノム解析研修会特設サイト

バイオインフォマティクス・トレーニング
がん体細胞変異解析入門プラン

これからがん体細胞変異解析を始める方向けのパッケージプランをご用意しました

  • ・がん体細胞変異解析を始めたいが、Linuxも扱ったことがなく、何から学べば良いかわからない
  • ・Linuxの基本操作から、スタンダードながん体細胞変異の解析手法まで効率良く習得したい
  • ・実行コマンドだけでなく、処理の意味や結果の解釈方法も理解したい

累計実績1,000名以上

大学や研究機関、企業の研究支援を行うデータ解析の専門家が、
最新のバイオインフォマティクスデータ解析についてトレーニングいたします

  • ・がん体細胞変異解析とその前提となりますLinux入門のパッケージプランとなります
  • ・オンラインデータ解析サーバにログインし、実際にコマンドを打ちながら、実践環境で学習します
  • 同時双方向型オンライン形式で場所を問わず受講できます
  • ・操作の練習をしながら分からない点を聞いて、すぐに不明点が解決するので、学び残しがありません

同時双方向型オンライン形式

特徴

  • ・がんのデータ解析に必要な基礎スキルから実践的な課題解決スキルまで、2日間で習得
  • step1基礎科目:Linux入門、step2応用科目:がん体細胞変異解析
  • ・整理されたエッセンス
  • ・豊富な実習
  • ・ご要望に応じてカスタマイズも可能(別途有料)
  • ・コマンドの紹介にとどまらない、データ解析での実用に即した内容
  • ・打つべきコマンドだけでなく、処理の意味や結果の解釈まで含めた解説

受講に必要なもの・納品物

■受講に必要なもの
 ・ノートPC(マイクが使えるもの)
 ・外部サーバへssh接続可能な環境

■納品物
 ・講義スライドのハンドアウト

科目詳細

STEP1.基礎科目【Linux入門】

あらゆるバイオインフォマティクス解析への汎用性No.1
論文で発表されるバイオインフォマティクス・ソフトウェアの多くは、Linux OS向けに開発されています。 Linuxの基本操作はコマンドという文字列で行います。Windowsや Macとの違いを理解し、バイオインフォマティクス・ソフトウェアのインストールや、ファイル管理、運用を行えるようになることを目指します。 データ解析の基盤となるLinuxについて、豊富なデータ解析経験を持つエンジニアが講義いたします。

内容
  • ・ディレクトリ構造
  • ・ファイルやディレクトリの作成・コピー・移動・削除
  • ・絶対パスと相対パス
  • ・ファイルのアクセス権限
  • ・ファイル内容の加工
  • ・ソフトウェアのダウンロード・インストール
時間 6時間
コマンド入力
イメージ
linuxコマンド入力

STEP2.応用科目【がん体細胞変異解析】

臨床研究におけるがん変異解析のスタンダードな手法をマスター
がん体細胞変異検出からoncoplot等を用いた変異情報のビジュアライズまで、業界標準のオープンソースソフトウェアを用いて、公開シーケンスデータを対象に解析を行います。実践的なデータ解析を初歩から体系立たてて体験することで、初心者から経験者まで効率的なスキル習得が可能なトレーニングです。

内容
  • ・体細胞変異検出
  • ・変異のフィルタリング
  • ・変異のアノテーション
  • ・変異の種類別の集計
  • ・遺伝子およびサンプルごとの変異頻度の可視化
  • ・変異ホットスポットの可視化
  • ・mutation signatureの推定
オプション
(有償)
  • ・トレーニング内容の追加・変更
  • ・テストデータの変更
  • ・受講者数の追加
時間 3時間
出力データ
(一部)
1.変異の種類別の集計結果 2.oncoplot 3.lolipop plot

ご利用開始までの流れ

「バイオインフォマティクスに関するお悩み・ご要望」をお聞かせください。
安心してご使用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。

ご利用までの流れ