amelieff home > 応用編｜臨床におけるがん・難病ゲノム解析研修会特設サイト
応用編
- カリキュラムCLOSE
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実際の解析手順を習得する内容となります。入門編の基礎的な知識を有する方の参加を推奨いたします。
※上記は令和7年度版と同様です。章 タイトル 内容 １ Linux 入門（基本操作、コマンド、ファイル操作 等） - ファイル操作、パーミッション、パスの概念
- awkなど、テキストファイル加工・編集ツール操作
- OSS導入
２ 公開データベース活用 - 公開データベースとは
- 公開データベース中のNGSデータの検索とその後の解析
- がん実験データベースの活用（TCGA）
- がん知識データベースの活用（COSMIC）
３ データ解析基礎(fastqファイルからはじめる点変異、構造変異、コピー数異常の探索とVCF作成) - NGS解析で取り扱う基本ファイルの説明
- fastqファイルから変異検出(vcfファイル作成)まで
- 変異の検出精度管理
４ データ解析応用(vcfファイルへのアノテーション、公開データベースとの連携やフィルタリング) - vcfファイルへのアノテーション
- アノテーション済みvcfファイルのフィルタリング
- 日本人固有Germline(ToMMo)フィルタ
- 検出された個々の変異の意味づけ
５ データ解析発展(解釈や論文参照 等) - 公開データベースを参照し遺伝子の機能や、Pathwayを考慮した解釈
- 論文、診断、治療、生存曲線に関する情報収集
- Tumor Mutation Burden解析とRを使ったSignature解析
「OPEN ▼」をクリックすると、メニューごとの詳細が表示されます。
- オンデマンド講師紹介OPEN
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※各先生方のご所属は動画収録時のものとなりますので、ご了承ください。氏名 所属 担当章 玉田 嘉紀 弘前大学 医学研究科 教授 1章 仲里 猛留 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 2章 片山 琴絵 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 准教授 3章 山口 類 愛知県がんセンター研究所 システム解析学分野 分野長 3章 井元 清哉 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 教授 3章 清水 英悟 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 4章 山下 理宇 国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野 ユニット長 5章
- 応用編コマンド実習CLOSE
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応用編コマンド実習は、動画視聴だけでなく、スーパーコンピュータSHIROKANEで解析実習も含むオンデマンド研修です。 「応用編」を昨年度までに修了していない場合は、「応用編」も同時にお申込みいただくことを推奨いたします。SHIROKANEのアカウント・利用時期については、お申込み後、オンデマンド研修サイト上でお知らせいたします。SHIROKANEのアカウントについては、応募者多数の場合は抽選となりますのであらかじめご了承ください。
- 応用編コマンド実習SHIROKANE利用期間は下記を予定しております。
期 利用期間 申込締切 当選通知 1期 2026年11月9日（月）～ 11月22日（日） 10/26（月） 11/2（月） 2期 2026年11月23日（月）～ 12月6日（日） 11/9（月） 11/16（月） 3期 2026年12月7日（月）～ 12月20日（日） 11/23（月） 11/30（月） ※SHIROKANEのメンテナンス等の理由で利用期間が変更になる場合がございます。予めご了承ください。