ロングリードによるtandem repeat解析｜受託解析
データ解析目的
ロングタンデムリピートを探索、疾患原因やマーカー探索
解析の流れ
| FASTQ | シーケンスデータ | |
| FastQC | 1. クオリティチェック | |
| LAST | 2. マッピング | |
| MAF | アライメントデータ | |
| tandem-genotypes | 3. LTR検出 | |
| TSV | LTRデータ | |
| 可視化 | 遺伝子アノテーション／サンプル間比較解析 |
凡例
| ファイルフォーマット |
| 解析 |
供与物・納品物
【供与物】
| ✔ FASTQデータ（ターゲット） | |
| ✔ サンプル情報 | |
| ✔ 生物種 |
【納品物】
| ✔ データ解析結果報告書(PDF) | |
| ✔ マッピング結果(MAF、BAM) | |
| ✔ 検出されたLTR図表(TSV、PDF) |
納品物例（一部）
（横：リピート数、縦：リード数）
TRIO遺伝子のイントロン chr5:14347117にGATGAT...というリピートが検出された。
参照ゲノムに比べ0回、14または15回多いリードがそれぞれ2x、4x および1xのdepthで検出された。
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安心してご利用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。
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