空間的遺伝子発現解析（Trekker™）｜受託解析
2025年よりタカラバイオ株式会社が提供を開始したTrekker™は、空間情報を直接紐づけたシングルセル解析を実施できることで関心を集めています。Trekker™はシングルセル解析と同じく全遺伝子を検出可能であり、かつ真核生物であれば対象生物種を問わないなど、他の空間解析にない特徴を持っているため、生物学的メカニズムのより深い理解に貢献することが期待されています。
サービス内容
【WET】空間的遺伝子発現解析（Trekker™）| ○ 凍結組織からのTrekker™(10x10 mm) 切片貼付・RNA抽出・核抽出 |
| ○ Chromium Single Cell 3’ ライブラリー作製 |
| ○ NovaSeq™（イルミナ社）次世代シーケンサーを用いたシーケンス |
| ○ 解析レポート、報告会（2回実施、手法解説、結果解釈のディスカッション）、アフターフォロー（メールでのQ&A） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析） | ||
| ○ 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化） |
データ解析内容
サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ：新鮮凍結組織、OCT包埋組織
- 解析領域：10 mm x 10 mm
- 受注単位は2サンプルとなります
- 生物種：ヒト、マウス（その他の真核生物は事前にご相談ください）
- 組織種などはお問い合わせください。
安心してご利用を開始していただけるよう、各担当スタッフがサポートします。
