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CUT&RUN-seq
受託解析・バイオインフォマティクストレーニング

CUT&RUN-seqのデータ解析での困りごと

CUT&RUN-seq解析とは
CUT&RUN-seqは「Cleavage Under Target & Release Using Nuclease」の略称で、ChIC (Chromatin immunocleavage) の原理に基づいて、クロマチンの特定領域を切り出してシーケンスする、ChIP-seqと同様にDNA-タンパク質間相互作用を解析する手法です。
  • 特徴( ChIP-seqとの比較)
  • ・IPが不要なため、必要な細胞数が少ない
  • ・細胞回収からDNA精製までの時間が短い
  • ・目的のDNA断片のみを回収するため、バックグラウンドレベルが低い
  •  
CUT&RUN-seqのデータ解析により期待できること
  • ・ピーク検出: タンパク質のDNA結合部位の特定
  • ・遺伝子情報アノテーション: ピーク近傍にある遺伝子情報の紐づけ
  • ・モチーフ探索: 検出されたピークに共通するモチーフの探索
 
外注業者や共同研究先にシーケンスと基本解析をお願いしたけれど…
  • ・仮説を裏付ける結果が出なかったため、切り口を変えた解析が必要になった。
  • ・解析手法と結果について具体的に質問したい。
自分でデータ解析をやろうとしたけれど…
  • ・高次解析が難しく、論文用の図表が作成できなかった。

CUT&RUN-seqデータ解析の、受託解析およびバイオインフォマティクストレーニングサービスを通して、 お客様が抱えるお困りごとを解決します。

サービスの特徴

・受託解析
・解析条件の擦り合わせを行い、お客様のニーズにあわせた解析を実施します。
・中間・最終報告を実施し、解析結果を解釈も含め丁寧にご説明します。

・バイオインフォマティクストレーニング
・CUT&RUN-seq解析について、豊富なデータ解析経験を持つエンジニアが講義します。
・公開シーケンスデータを用いた実践的な実習で効率的にスキル習得できます

解析例

  • ・シーケンスデータクオリティコントロール
  • ・参照ゲノム(hg38)へのマッピング
  • ・Duplicate readの除外
  • ・ピーク検出
  • ・遺伝子情報アノテーション