バイオインフォマティクス人材育成サービス
バイオインフォマティクス技術を活用した研究や事業を行うためには、データ解析に関する複合的な課題を分解し掘り下げ、それぞれの課題解決に適したバイオインフォマティクススキルを備えた人材が必要になります。アメリエフの人材育成サービスでは、３つのステップを軸にバイオインフォマティクス人材育成や研究開発支援を行います。
大学や研究機関、企業の研究支援を行うデータ解析の専門家が、
バイオインフォマティクス人材育成をサポートいたします。
人材育成サービスの対象領域
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- バイオインフォマティクス概論OPEN
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医療、ヘルスケア、オミックスデータを活用する事業や研究を推進するためのプロジェクトに関わる幅広い方に向けて、バイオインフォマティクスの概要、有用性、解析に必要なリソースについて把握していただくためのセミナーです。
名称 遺伝子データ活用のためのバイオインフォマティクス概論 目次 第Ⅰ章「バイオインフォマティクス概論」
第Ⅱ章「網羅的な測定技術（SNPアレイ、次世代シーケンサー）」
第Ⅲ章「データベースの活用」
第Ⅳ章「解析基盤構築とデータ共有」
第Ⅴ章「遺伝統計学のエッセンス」または「論文を基にしたデータ解析事例」をご選択いただけます目標 バイオインフォマティクスの基礎を理解し、有用性、解析に必要なリソースなどを把握 形式 ・オンラインで実施（90分）
・オンデマンド動画を開催後1カ月間視聴可能人数 〜100名程度
- 基礎科目OPEN
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Linux入門 学習目的 多くの解析の基盤となるLinux操作技術を、バイオインフォマティクスに必要十分なレベルで習得 講義内容 Windows, Macとは異なるOSのディレクトリ構造の理解、テキストファイル加工、ソフトウェアインストールなど R入門 学習目的 バイオインフォマティクス業界で頻繁に使われる統計ソフト Rの操作技術習得 講義内容 Rの基本的な操作方法、作図、解析目的に応じた公開パッケージのインストール・使用方法など Python入門 学習目的 バイオインフォマティクスに最適化したPythonプログラミングの基本を習得 講義内容 Python3系によるプログラミングの基礎知識から、モジュールのインポート、簡単な自作プログラムのコーディングまで シェルスクリプト入門 学習目的 Linux環境を用いた解析の代表的自動化手法であるシェルスクリプトの基本を習得 講義内容 シェルスクリプトの基礎知識から、FastQCなどの解析コマンド自動化スクリプト作成まで
- 応用科目OPEN
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RNA-seq解析 学習目的 RNA-seq解析による発現変動遺伝子の検出、二群間比較の習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからGO・パスウェイエンリッチメント解析までの実践的な実習 シングルセル
RNA-seq解析
【Seurat】学習目的 Seuratを用いたシングルセルRNA-seq解析技術を習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、クラスタリングやマーカー遺伝子探索とセルタイプ同定などの実践的な実習 シングルセル
RNA-seq解析
発展学習目的 シングルセルRNA-seq解析の擬似系譜解析とvelocity解析を習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、疑似系譜解析・RNA velocity解析の実践的な実習 空間的
遺伝子発現
解析学習目的 空間的遺伝子発現解析の基礎知識と解析手法を習得 講義内容 公開データを用いたオープンソースソフトウエアによる、空間座標上のマーカー遺伝子探索・発現量可視化や局所領域を拡大した解析の実践的な実習 がん変異解析 学習目的 ゲノム医療におけるスタンダードな解析手法の習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、体細胞変異検出からoncoplot等を用いた変異情報の可視化までの実践的な実習 遺伝性変異解析 学習目的 WGS・WESの遺伝性変異解析による遺伝子変異・多型解析技術の習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、germline変異の検出・フィルタリング・アノテーションなどの実践的な実習 マイクロアレイを用いた発現解析 学習目的 Rによるマイクロアレイを用いた発現解析技術の習得 講義内容 公開データを用いたオープンソースソフトウエアによる、アレイデータの正規化、発現変動解析、クラスタリング、ヒートマップ作図などの実践的な実習 ゲノムワイド関連解析
（GWAS）学習目的 case, controlのSNPアレイデータを用いたゲノムワイド関連解析（GWAS）技術の習得 講義内容 公開データを用いたPLINK、Rによる、case-control関連解析やアノテーション、層別解析などの実践的な実習 メタゲノム解析 学習目的 QIIME2を用いたメタゲノム解析技術を習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、系統樹作成やTaxon分類、多様性解析などの実践的な実習 ATAC-seq解析 学習目的 ATAC-seq解析技術の習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 ChIP-seq解析 学習目的 ChIP-seq解析技術の習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 CUT&RUN-seq解析 学習目的 CUT&RUN-seq解析技術の習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習
求められているバイオインフォマティクス人材とは
アメリエフのトレーニングプログラムをご受講いただくことで、データに対する感覚を養い、問題解決の能力を高めることができます。これは、世界中で日々生み出される膨大なデータを研究で活用するうえで非常に重要です。アメリエフは、下記の３つの人材を目指すみなさまに向けたトレーニングプログラムを提供しています。
- １）最先端のバイオインフォマティクスを活用できる人材
バイオインフォマティクスは、分子生物学的な問題と情報科学的な手法が交わる複合的な分野です。膨大な分子生物学的な問題と、多様な情報科学的な手法とがあり、そのすべての「交点」を深く掘りさげていくのは不可能です。
しかし、複数のオミックスデータを統合し包括的な理解を得ることが必要になっている近年の研究では、新しい「交差」に挑むためのスキルや計画立案の精度が非常に重要です。
バイオインフォマティクスは継続的に進化している分野であり、データ解析の最新のアルゴリズムは論文とともにオープンソースソフトウェアとして公開されます。アメリエフは、オープンソースソフトウェアの活用に重点を置いたトレーニングプログラムを提供しています。
- ２）データ解析経験を通して培える知識と感覚を持った人材
バイオインフォマティクスにおいて、理論的な理解と実践的な経験は、両方とも重要です。論文の理論を理解し、商用ソフトウェアやツールを活用することは価値がありますが、実際に手を動かしてデータ解析を行うことで、より深い理解と実践的なスキルを磨くことができます。
一連のデータ解析の流れを体験することで、実際のデータ解析において遭遇する具体的な問題や課題への対処について、実践的な洞察を得ることができます。また、異なる専門家や研究グループとのコミュニケーションを円滑にし、共通の言語を持つことができます。
アメリエフは、このような体験を提供するためのアプローチとして、オンラインプラットフォームを活用して、手順を簡略化し、受講者が容易にデータ解析を行えるようにしています。このような短時間でデータ解析を体験できるトレーニングプログラムは、初学者や非専門家がバイオインフォマティクスの基本を理解し興味を持っていただくきっかけとなっています。また、研究者や専門家にも、迅速なデータ検証や概念実証（Proof of Concept）に役立てていただいています。
- ３）研究のデータ解析を効率化できる人材
データ解析の効率化は、正確性と速度を向上させ、研究やビジネス上の意思決定をサポートする重要な要素です。エクセルやRでの作業も、繰り返し実行するデータ処理や解析の一部を自動化することで、作業の速度と正確性を向上させることができます。そのほかにも、データベース活用、公開データによる仮説検証、効率的なワークフローの設計、ライブラリやフレームワークの活用、分散処理を活用した処理速度の向上などを行うことで、驚くほどの効果が得られます。 そのためには、生物学的な知識に加え、統計学、プログラミングとコンピュータサイエンス、コンピューティングプラットフォームなど多くのスキルセットを組み合わせて取り組む必要があります。
アメリエフは、「ITインフラ」「プログラミング」「実験手法別の解析」の３つの領域から、お客様のスキルと研究目的に応じて科目を組み合わせることで最短ルートで学べるトレーニングプログラムを提供しています。すべての分野を丁寧に一から本を読んで学ぶには膨大な時間がかかりますが、効率よく必要な領域と深さを把握することができます。データ解析のスキルは一朝一夕には身につきませんが、実践に向けて納得いくまで調べたい内容や、繰り返し訓練すべきスキルを明確に認識できるようになる点もこのプログラムのメリットです。
導入実績・お客様の声
累計実績1100名以上
- 【主な実績】
- ・2010年：大学、企業、研究機関でのトレーニング事業を開始
- ・2015年：NBDC（バイオサイエンスデータベースセンター）主催の「バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コース」にて講演
- ・2021年～：厚生労働省がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業に５年連続で採択
大学臨床研究医（事前学習併用型トレーニング受講）
国立研究所研究員（同時双方向型トレーニング受講）
製薬企業研究員（同時双方向型トレーニング受講）
