amelieff home > 応用編｜臨床におけるがんのゲノム解析研修会（令和３年度）
応用編
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- 講師紹介OPEN
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氏名 所属 担当日程 担当講座 仲里 猛留 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 11/20,28 1・2章 横山 和明 東京大学 医科学研究所附属病院 血液腫瘍内科 助教 3～5章 清水 英悟 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 健康医療インテリジェンス分野 玉田 嘉紀 弘前大学 医学研究科 教授 12/5,18 1・2章 山下 理宇 国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野 ユニット長 3～5章
- カリキュラムOPEN
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実際に実務で解析等を行う方、解析手順を把握しておきたい方を対象として、解析手順を習得する内容となります。 入門編ウェビナーの範囲の基礎的な知識を有する方の参加を推奨いたします。
各自PCを用いた実習も含んだ実践的なプログラムです。章 タイトル 内容 １ Linux 入門（基本操作、コマンド、ファイル操作 等） - ファイル操作、パーミッション、パスの概念
- awkなど、テキストファイル加工・編集ツール操作
- OSS導入
２ 公開データベース活用 - 公開データベースとは
- 公開データベース中のNGSデータの検索とその後の解析
- がん実験データベースの活用（TCGA）
- がん知識データベースの活用（COSMIC）
３ データ解析基礎(fastqファイルからはじめる点変異、構造変異、コピー数異常の探索とVCF作成) - NGS解析で取り扱う基本ファイルの説明
- fastqファイルから変異検出(vcfファイル作成)まで
- 変異の検出精度管理
４ データ解析応用(vcfファイルへのアノテーション、公開データベースとの連携やフィルタリング) - vcfファイルへのアノテーション
- アノテーション済みvcfファイルのフィルタリング
- 日本人固有Germline(ToMMo)フィルタ
- 検出された個々の変異の意味づけ
５ データ解析発展(解釈や論文参照 等) - 公開データベースを参照し遺伝子の機能や、Pathwayを考慮した解釈
- 論文、診断、治療、生存曲線に関する情報収集
- Tumor Mutation Burden解析とRを使ったSignature解析
※章タイトル・構成などが変更になる場合がございます。
- 日程OPEN
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4回開催予定（各回同じ内容）
2021年11月20日（土） 13：00～19：00 （6時間）
2021年11月28日（日） 13：00～19：00 （6時間）
2021年12月05日（日） 13：00～19：00 （6時間）
2021年12月18日（土） 13：00～19：00 （6時間）尚、研修受講後にはアンケートを実施予定です。ご回答ご協力の程宜しくお願い致します。
- 時間割OPEN
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章 タイトル 時間 1 Linux入門（コマンド、ソフトインストール、awkなど） 120分 2 公開DB活用 60分 3 データ解析基礎（Wet含めた品質管理とVCF作成） 60分 4 データ解析応用（VCFファイルへのアノテーション、公開DBとの連携やフィルタリング） 60分 5 データ解析発展（解釈や論文参照など） 60分
- テキストダウンロードOPEN
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テキストは研修会１週間前頃より配布予定です。
※閲覧には当選者のみにお知らせするパスワードが必要となります。