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第49回バイオインフォマティクス勉強会「NGS解析基礎知識~頻出データフォーマットとExcelを用いたサマライズ@東京~」開催のお知らせ

 2000年代後半に登場した次世代シーケンサー(以下、NGS)は、年々性能が向上し、日々大量データが産出されている一方、解析を担うデータサイエンティストの不足が課題となっています。従来は、データ解析において、手軽に導入でき、知名度、操作性および視認性が高いことから、表計算ソフトが使われることも多くありましたが、膨大なゲノムデータに対する処理能力の観点から考えると、表計算ソフトは力不足と言えます。
 そこで、本セミナーでは、高速な処理と結果の見やすさの両面を叶えるための実践的方法についてご紹介します。第1部では、NGSでよく用いられるデータ形式(FASTQ、BAM、VCF 等)についてご紹介します。ゴールとして、どのファイルのどの場所を見れば、欲しい情報を得られるかわかるようになることを目指します。第2部では、表計算ソフトの視認性を活かし、計算処理能力の不足を補う手段として、pythonを用いて大容量のテキストファイルからExcel形式のサマリーデータを生成する方法についてご紹介します。

開催要項

                               
テーマご挨拶(18:30-18:35)
第一部(18:35-19:05):NGS関連データのフォーマットについて
第二部(19:05-19:35):パイソニスタ自動化の流儀-vcfからExcel作成までをPythonで操る-
質疑応答(19:35-20:00)
講師第一部:アメリエフ株式会社 ライフサイエンス事業部・メディカルシステム事業部 宮武 ゆう子
第二部:アメリエフ株式会社 メディカルシステム事業部 堀口 晃一郎
日程2019年7月19日(金)18:30-20:00 開場:18:00
場所港区立三田いきいきプラザ 集会室B(2階)
都営地下鉄三田線A9番出口より徒歩1分、JR田町駅より徒歩7分
定員30 名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 300円
お釣りがないようにご用意いただけますようお願いいたします。
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。
主催アメリエフ株式会社

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

皆様のご参加をお待ちしております!
第7回アメリエフオープンセミナー開催のお知らせ

開催趣旨

 厚生労働省は2019年5月29日、がん遺伝子パネル検査の保険適用を決めました。これに伴い、がんゲノム医療への期待が高まっていますがが、現状では最適な薬剤の選択にたどり着くのは1~2割程度にとどまり実効性の低さが課題となっています。そこで、疾患データベースの強化や、パネルの最適化等、分析側の技術の向上によるパフォーマンスの改善が図られていますが、がんゲノム医療の質の向上には時間がかかることが予想されます。
 また、がんゲノム医療はここ数年で急激に進化してきた分野であるため、現場の医師はゲノム医療への即時対応に加え、日々変わりゆく技術や知見に追従することが求められています。

 そこで本セミナーでは、遺伝子解析の結果について解釈を行いゲノム医療を実践されている、浜松医科大学 臨床検査医学の岩泉 守哉先生をお招きし、医師がスムーズにゲノム医療を導入できるよう、がんゲノム医療の体系的なお話や、体細胞変異と生殖細胞変異の解釈の連携、遺伝子検査システムの構築等について、ご講演いただきます。

要旨

 最近話題のいわゆる「がんゲノム医療」における遺伝子パネル検査は、薬で治る可能性の高いDruggableながん(体細胞変異)に焦点を当てて調べ、個別の治療に利活用することを主目的としています。しかし、検査において生まれながらに持っている遺伝子(生殖細胞)で病気に関わる疑いのある変異が見つかった場合、遺伝カウンセリングをはじめとした、遺伝性腫瘍診療のサポートが必要となります。

 本セミナーでは、消化器がんの薬物療法を中心とした消化器内科診療、遺伝カウンセリングを中心とした遺伝子診療を行っている臨床検査医が「がんの遺伝子診療」にどのように関わっているのか紹介します。また、ゲノム解析結果をサマリーとして出力するクリニカルレポートシステムを提供する企業と、どのように連携していきたいか議論します。

開催要項

講師 国立大学法人浜松医科大学
臨床検査医学
岩泉 守哉 先生
テーマ 臨床遺伝医、臨床検査医、消化器内科医としての経験から考えるがんの遺伝子診療
日程 2019年8月15日(木)17:45-18:55 開場:17:35〜
場所 港区立 三田いきいきプラザ 集会室 C
地下鉄三田線・浅草線 三田駅 A9番出口 徒歩1分
JR山手線・京浜東北線 田町駅 西口 徒歩8分
定員 50 名
※定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 500円
お申し込み方法 こちらのフォームよりお申し込みください。
主催 アメリエフ株式会社

 

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。

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第6回アメリエフオープンセミナー開催のお知らせ

開催趣旨

 ゲノム医療の実用化に伴い、解析対象となる患者や疾患に依存した様々な課題が浮かび上がってきました。その中でも、小児領域や遺伝性希少疾患については症例の絶対数が不足しているため、データベースの精度が低く、実際の解析結果と既存報告との乖離が大きくなる傾向があります。

 本セミナーでは、医師として遺伝性希少疾患を対象とした医学研究に取り組まれている、大阪大学大学院 宮下 洋平 先生をお招きし、遺伝性希少疾患の遺伝子解析における課題と、その解決に向けたアプローチについてご紹介いただきます。

要旨

 遺伝性希少疾患の全ゲノム・全エクソーム解析の結果を利用して遺伝子診断を行う場合、既知変異が約3割の患者でしか同定できないという、所謂「30%問題」が、非常に大きな問題となります。加えて、循環器領域の遺伝性疾患においては、以下のような特有の問題も抱えています。

・他の領域に比べ患者の年齢層が高いため、Trio解析の実施が困難な場合が多い
・心不全という括りの中でも症状の表現型(Phenotype)は多種多様で、得られたGenotypeがどこに影響を与えているかの考察が難しい

 これらの問題を克服する手段として、「解析手法」と「解析対象」の見直しが挙げられます。
 本セミナーではCNV解析及びRNAseqからの病態考察や、病院以外で起こった突然死の法医解剖事例など、解析の対象を広げることで見えてきたポイントを整理して紹介します。また、各施設が抱える解析の上での困難な点についても深く議論していきます。

開催要項

講師 国立大学法人大阪大学大学院
医学系研究科 循環器内科学 法医学講座死因究明学 助教
宮下 洋平 先生
テーマ 疾患ゲノム解析:解析手法と解析対象を再考する
日程 2019年6月27日(木)18:30-20:00 開場:18:00〜
場所 港区立 三田いきいきプラザ 集会室 C
地下鉄三田線・浅草線 三田駅 A9番出口 徒歩1分
JR山手線・京浜東北線 田町駅 西口 徒歩8分
定員 50 名
※定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 500円
お申し込み方法 こちらのフォームよりお申し込みください。
主催 アメリエフ株式会社

 

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。

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第48回バイオインフォマティクス勉強会「データ解析とは切り離せないプログラミング技術について@東京」開催のお知らせ

 基本的なバイオインフォマティクス解析は、公開されている様々なオープンソースソフトウェアを利用することで、実行することができる。しかし、より高度な解析の実施や、研究テーマにそった結果を得るためには、オープンソースソフトウェアの機能では十分でないことが多い。この場合、解析者自身がプログラミングする必要があるが、プログラミングを習熟している生物学研究者及び医学研究者はまだ少なく、プログラミングを習得したいと思っても敷居が高く感じる人も多い。
 本勉強会では、コマンドラインがギリギリ扱えるレベルの初心者からプログラミングをすでに行っている中級者を対象に、実際のバイオインフォマティクス解析においてプログラミング技術がどのように役立つのかを中心に紹介する。

開催要項

                               
テーマご挨拶(18:30-18:35)
第一部(18:35-19:05):NGSデータ解析ステップアップ勉強会
Pythonの基礎的な文法について、初学者向けに紹介する。後半では、応用的な利用法としてNGS現場のケーススタディ形式を用いて紹介する。
第二部(19:05-19:35):クラスタコンピューティングのバイオインフォへの応用
バイオインフォの分野において、並列計算やクラスタコンピューティングを解析の効率化のために有効利用する方法を紹介する。
質疑応答(19:35-20:00)
講師第一部:アメリエフ株式会社 ライフサイエンス部門・ゲノム医療部門 木本 直樹
第二部:アメリエフ株式会社 ライフサイエンス部門・ゲノム医療部門 堀口 晃一郎
日程2019年5月28日(火)18:30-20:00 開場:18:00
場所港区立三田いきいきプラザ 集会室C(2階)
都営地下鉄三田線A9番出口より徒歩1分、JR田町駅より徒歩7分
定員30 名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 300円
お釣りがないようにご用意いただけますようお願いいたします。
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。
主催アメリエフ株式会社

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

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第5回アメリエフオープンセミナー開催のお知らせ

 次世代シーケンサー(NGS)によるシングルセルRNA解析は、これまで得られなかった細胞単位のmRNA発現情報を明らかにすることで、再生医療や免疫、がんなど様々な研究分野で活用範囲が広がっています。また、測定技術は日々進化し、測定機器・試薬の発展もめざましいものがあります。これにより、当初は一度に得られる細胞数が100細胞以下だったのに対し、昨今では1万細胞以上ものデータが一度に得られるようになりました。一方で、研究目的に沿った試料調製やプロトコル選択、膨大なデータ処理や統計手法がわかりづらく、研究現場では混乱も見られます。

 本セミナーでは、シングルセルRNA解析を始めるにあたり、留意する点や研究の始め方について、製品やサービスを提供する企業の担当者に登壇いただき、事例とともにご紹介させていただきます。また、同じ悩みを抱える最前線の研究者同士が情報を共有する場を提供させて頂きたいとおもいます。

内容

 10x Genomics社のChromiumシステムは、独自のバーコード技術により、シングルセルRNA解析において注目されている製品です。10x Genomics 大崎 研 様にご登壇いただき、技術や製品のご紹介をいただきます。また、10x Genomicsの国内販売代理店である株式会社スクラム 松山 治代 様にもご登壇いただき、実際のシングルセルRNA解析における留意点などをご説明させていただきます。また、アメリエフの山口より、シングルセルRNAのデータ解析における留意点や技術をご紹介いたします。最後に、NGS受託会社であるNovogene 鍵本 暢 様にご登壇いただき、世界のNGS市場の紹介から最新の技術までご紹介いたします。

開催要項

                               
講師10x Genomics 大崎 研
株式会社スクラム 松山 治代
Novogene Shilin Tian
アメリエフ株式会社 山口 昌雄
テーマシングルセルRNA解析の始め方:サンプル調製からデータ解析まで
日程2019年4月18日(木)18:00-19:30 開場:17:45
場所港区立 三田いきいきプラザ 集会室 C
地下鉄三田線・浅草線 三田駅 A9番出口 徒歩1分
JR山手線・京浜東北線 田町駅 西口 徒歩8分
定員50 名
※定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費無料
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。
主催アメリエフ株式会社

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

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第4回アメリエフオープンセミナー開催のお知らせ

 次世代シーケンサー(NGS)によるシングルセルRNA解析は、これまで得られなかった細胞単位のmRNA発現情報を明らかにすることで、再生医療や免疫、がんなど様々な研究分野で活用範囲が広がっています。昨今では1万細胞以上ものデータが、一度に得られるようになりました。その結果、膨大なデータ処理や統計手法、アルゴリズム開発が日進月歩で発展し、「データ解析が追いつかない」、「新たなソフトが発表され、どれを使ったら良いかわからない」など、研究現場では混乱も見られます。

 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 メディカル情報データサイエンス分野では、マルチオミックス研究に取り組み、ATAC-seqなどのエピゲノム解析手法、10x Genomics社のChromiumuシステムによるシングルセルRNA解析、オックスフォードナノポア社のシーケンサーによるロングリード解析などを早期に導入し、膨大な研究データを扱っています。

 本セミナーでは、同研究室 特任准教授の鈴木 絢子 先生をお招きし、発生、免疫、がんなどのさまざまな研究分野において広く用いられるようになってきたシングルセルRNA-seqにおける一連の解析について、一般的なプラットフォームや最新の研究動向に触れつつ、特に情報解析部分を中心にご紹介頂きます。また、シングルセル解析技術と同様に、近年、数多くの研究で活用されているナノポアシークエンサーの解析についてもご紹介頂きます。

開催要項

                               
講師東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
メディカル情報データサイエンス分野 特任准教授 鈴木 絢子 先生
テーマシングルセルRNA-seqの現場:データ取得から情報解析まで
日程2019年2月21日(木)18:00-19:30 開場:17:30
場所港区立 神明いきいきプラザ 集会室 B
JR浜松町駅 北口 徒歩4分、地下鉄大江戸線・浅草線 大門駅 A2出口 徒歩3分
定員50 名
※定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費1,000円
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。
主催株式会社アメリエフ

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

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第47回バイオインフォマティクス勉強会「データベース使用法&データ解析自動化 事始め@東京」開催のお知らせ

 近年、急速なシーケンスコストの低下による遺伝子データの量産や、遺伝子情報の臨床応用を目指すゲノム医療の進展により、バイオインフォマティクス技術者の慢性的な不足が問題になっています。
 一方で、Macと互換性のある解析ツールの活用が広まり、WindowsにWSL(Windows Subsystem for Linux)が登場したことで、Linux環境を用意しなくても手持ちのパソコンで解析することが出来るようになりました。バイオインフォマティクスの敷居が大幅に下がった今、「データ解析を研究室や企業で内製化したい」ニーズが高まっています。
 そこでアメリエフは、解析初心者から中級者を対象に、比較的簡単なコマンドやマウス操作でできるバイオインフォマティクスを始めるきっかけを提供することを目的として、勉強会を開催いたします。

開催要項

                               
テーマ第一部(18:30-19:15):参照ファイル・データベース使用法
リファレンスゲノムの取得方法からアノテーションDBの活用まで、バイオインフォマティクス領域において重要な「公開されている知識DBの活用方法」について具体例をあげながらお話しします。
第二部(19:15-20:00):NGSデータ解析自動化 事始め
膨大なデータ量が出力されるNGSが普及したことで、「研究における定型作業の自動化を実現する」ニーズが高まっています。本セッションでは、2018年1月にメジャーバージョンがリリースされた変異検出ソフトウェア GATK4 HaplotypeCallerの更新された使用方法と、シェルスクリプトを用いた簡単な自動化の方法について、ご説明します。
講師第一部:アメリエフ株式会社 ライフサイエンス部門 福長一鈴
第二部:アメリエフ株式会社 ライフサイエンス部門・ゲノム医療部門 宮武ゆう子
日程2018年11月5日(月)18:30~20:00 開場:18:00
場所港区立三田いきいきプラザ 集会室B(2階)
都営地下鉄三田線A9番出口より徒歩1分、JR田町駅より徒歩7分
定員30 名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 300円 (資料代として)
お釣りがないようにご用意いただけますようお願いいたします。
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。
主催株式会社アメリエフ

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。

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第3回アメリエフオープンセミナー開催のお知らせ

 2012年に東北メディカル・メガバンク計画が開始され、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構(IMM)および東北大学東北メディカル・メガバンク機構の連携により、2017年3月に宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートが構築されました。現在までにコホート参加者3,500人の全ゲノム解析(WGS)と23,000人以上の全ゲノムアレイ解析を実施し、公開や分譲、共同研究により国内の研究を推進しています。
 IMM 生体情報解析部門では、バイオインフォマティクス解析の支援やゲノム・オミックス情報を利用した個別化医療・個別化予防の実現に取り組んでいます。最先端のマルチオミックス解析や全ゲノム情報を利用した脳梗塞の新規発症リスク予測法の開発に加え、疾患とゲノムの関連解析の主流である全ゲノム関連解析(GWAS)についても多数の実績があります。
 本セミナーは、IMM 生体情報解析部門にて解析の最前線でご活躍されている須藤 洋一 先生をお招きし、全ゲノム関連解析(GWAS)とDBを活用したデータの解釈についてお話しいただきます。

開催要項

                               
講師岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構
生体情報解析部門 特命助教 須藤 洋一 先生
テーマ見つかったSNPの”意味”を知る方法
日程2018年8月29日(水)18:30~20:00 開場:18:00
場所港区立三田いきいきプラザ 集会所C
都営地下鉄三田線A9番出口より徒歩1分、JR田町駅より徒歩7分
定員50 名
※定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費1,000円
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。
主催株式会社アメリエフ

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。

勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。

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第2回アメリエフオープンセミナー開催のお知らせ

ご好評を頂き、満席となりましたので、募集を締め切らせて頂きたく存じます。多数のお申し込みを頂き、誠にありがとうございました。
本セミナーに関するお問い合わせは、HPお問い合わせフォームよりお願いいたします。

 2012年より、日本の3大バイオバンクの1つである東北メディカル・メガバンク、および、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構は、宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートを進めています。
 今年1月に、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門の清水厚志 特命教授、八谷剛史 特命准教授を中心とした研究チームは、東北地方に多い脳卒中に着目し、ゲノム情報に基づく脳梗塞の発症リスク予測法を確立したことを発表しました。また、脳梗塞の発症リスクを高めるとされている生活習慣病である高血圧、糖尿病、脂質異常症、心房細動の罹患と独立していることも明らかになりました。
 本セミナーは、清水厚志 先生をお招きし、ゲノムオミクス解析と個別化予防の未来についてご講演いただきます。

開催要項

                       
日程2017年9月14日(木) 開場:18:00  開演:18:30
テーマゲノムオミックス解析と個別化予防の未来
場所株式会社リバネス 飯田橋本社 4Fセミナー室
[JR中央・ 総武線] 飯田橋駅 東口 徒歩2分
[東京メトロ南北線,東西線,有楽町線] 飯田橋駅 B1出口 徒歩1分
定員25 名
※定員を超えてしまった場合、参加お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。。
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。
共催株式会社アメリエフ
株式会社リバネス

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第1回アメリエフオープンセミナー開催のお知らせ

ご好評を頂き、満席となりましたので、募集を締め切らせて頂きたく存じます。多数のお申し込みを頂き、誠にありがとうございました。
本セミナーに関するお問い合わせは、HPお問い合わせフォームよりお願いいたします。

 近年、これまで保険収載された遺伝学的検査を補完し、個々人の特性に合った治療法の選択や診断率の向上を目指して、次世代シーケンサを用いた網羅的検査の開発が広く行われています。 熊本大学は、2017年3月より遺伝性脳血管疾患関連遺伝子検査の検査体制づくりを開始しました。
 本セミナーは、熊本大学大学院生命科学研究部 臨床病態解析学分野 松井 啓隆 教授 をお招きし、「網羅的遺伝子検査の臨床実装」と題しまして、これまでの遺伝子検査と網羅的遺伝子検査の未来についてご講演いただきます。

開催要項

                   
共催株式会社アメリエフ
株式会社リバネス
日程2017年8月30日(水) 開場:18:00  開演:18:30
場所株式会社リバネス 飯田橋本社 4Fセミナー室
[JR中央・ 総武線] 飯田橋駅 東口 徒歩2分
[東京メトロ南北線,東西線,有楽町線] 飯田橋駅 B1出口 徒歩1分
定員25 名
※定員を超えてしまった場合、参加お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。。
お申し込み方法こちらのフォームよりお申し込みください。

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