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DNAメチル化/smallRNA-seqデータ解析ソフトウェア開発
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
辻 寛之 先生
ご相談
次世代シーケンサから得られたDNAメチル化、small RNA、RNAのデータについて、ウィンドウやアノテーションごとに、集計および分類を行う方法を提供してほしい、とのご相談をいただきました。
ソリューション
類似の解析が可能なオープンソースのソフトウェアが公開されていなかったため、Perlプログラム及び統計解析パッケージ「R」を用いたデータ解析スクリプトの開発を行いました。
ご指定いただいた論文の図を基本に、細かい条件を調整できるようパラメータや出力フォーマットについて、ご相談のお時間をいただきながらスクリプトの詳細な仕様を固めていきました。
開発したスクリプトを用いて、先生からお預かりしたデータでテストした結果を添えて、データ解析スクリプトを納品しました。
開発期間
4ヶ月
担当者の声
打合わせの際に、入力ファイルのフォーマットや集計方法だけでなく、求めている出力結果も細部まで丁寧にご説明いただきました。合わせて、可変にしたいパラメータにつきましてもご指定いただけましたので、どのようなスクリプトに落とし込むかのご提案を、スムーズに作成することが出来ました。貴重な解析結果を見られることが楽しく、明確な完成形のイメージを持って取り組むことができました。理解が至らない点などもありましたが、都度ご指摘いただきまして、大変勉強になりました。