2023.12.25
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Yearly Archives｜ 2023年
2023.12.21
年末年始休業のお知らせ
2023.11.20
勤労感謝の日の休業のお知らせ
2023.11.13
WET&DRYベストプラクティスセミナー「シングルセル遺伝子発現Flex」の活用のすすめ
概要
WET&DRYベストプラクティスセミナーは、技術テーマに関する実験からデータ解析までの一連の技術をお伝えするイベントです。注目されている技術について、新規導入や製品を比較検討するために、効率よく情報収集されたいみなさまに概況やエッセンスをお伝えしていきます。
近年、「シングルセル遺伝子発現Flex」を用いて固定化したサンプルから解析を行う技術が非常に注目されています。サンプルを固定して実施するため、例えば安定に保管しておいて時系列実験を行うなど、柔軟に研究計画を立てることができます。またマルチプレックスによりサンプルあたりの費用を抑えつつ、サンプル調製時の細胞生存率によるバイアスが低減し、より高感度なシングルセル遺伝子発現解析が可能となります。
本セミナーでは、10x Genomicsの認定プロバイダーであるアゼンタより、「シングルセル遺伝子発現Flex」のサンプル調製など実験上の要点や注意点を中心に解説します。続いて、アメリエフより、多サンプルによるシングルセルRNA発現データ解析の事例やバイオインフォマティクス環境構築についてご紹介します。質問時間を設けますので、実験からデータ解析まで幅広い情報を収集いただく機会としてご活用ください。
プログラム
| 17:00～17:05 | 開会のご挨拶 |
|---|---|
| 17:05～17:25 | シングルセル遺伝子発現Flexの特長とワークフロー アゼンタ株式会社 カスタマーサポート 鈴木貴大 シングルセル遺伝子発現Flexの特長とワークフローについてご解説します。従来法の3’/5’遺伝子発現解析との違い、マルチプレックスのメリット、ご用意していただくサンプルの調製方法を中心にご説明します。 |
| 17:25～17:40 | 多サンプルのシングルセル解析データを用いた解析事例のご紹介 アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口 昌雄 シングルセルRNAデータ解析の手法や実際の手順を紹介し、公開データとSeuratを用いた基本的なデータ解析について、クラスタリングや細胞種の同定を中心に解説します。加えて、データ解析環境の構築についてご説明いたします。 |
| 17:40～18:00 | 質疑応答、閉会のご挨拶 |
開催要項
| 日程 | 2023年12月1日(金) 17:00～18:00 |
|---|---|
| 配信方法 | Zoomウェビナー ※前日および開催１時間前に参加用URLをお知らせいたします。 |
| 定員 | 500名 |
| 参加費 | 無料 |
| 申込締切 | 2023年11月30日（木）12:00 |
| 主催 | アメリエフ株式会社 |
セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。
お申込みフォーム
※お申込みを締め切りました。またの機会にご参加をお待ちしております。
※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
2023.11.13
WET&DRYベストプラクティスセミナー「今からはじめる空間的トランスクリプトーム解析」
概要
WET&DRYベストプラクティスセミナーは、技術テーマに関する実験からデータ解析までの一連の技術をお伝えするイベントです。注目されている技術について、新規導入や製品を比較検討するために、効率よく情報収集されたいみなさまに概況やエッセンスをお伝えしていきます。
近年、組織における遺伝子発現の不均質性を捉える「空間的トランスクリプトーム解析」が非常に注目されており、がんをはじめとする疾患の理解を深めることに貢献しています。
本セミナーではこれからVisiumによる空間的トランスクリプトーム解析を始めることを検討されている方を対象に、病理切片の作成から情報解析までの一連のワークフローにおける要点をCyberomiX社のエキスパートより解説します。
続いて、アメリエフよりデータ解析の事例やバイオインフォマティクス環境構築についてご紹介いたします。最後に皆様にあらゆる角度からご質問いただける時間を設けますので、実験からデータ解析まで幅広い情報を収集いただく機会としてご活用ください。
プログラム
| 17:00～17:05 | 開会のご挨拶 |
|---|---|
| 17:05～17:25 | Visium空間トランスクリプトーム解析の実際 ー切片作成からデータ解釈までー 株式会社CyberomiX 代表取締役社長 渡辺 亮、主任研究員 寺中 香 今回、Visium解析の有用性とともに、私たちが経験したトラブルやその解決方法について話題を提供させていただきます。これからはじめる方から実際に実験をしてお困りのある方々に、私たちのノウハウを提供します。 |
| 17:25～17:40 | 空間トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口 昌雄 空間トランスクリプトーム解析は新しい技術のため、定番となるバイオインフォマティクス解析ソフトが未だ存在しない現状です。本講演では、シングルセルRNA発現解析の手法を応用した空間トランスクリプトームデータ解析手法を紹介し、バイオインフォマティクス環境についてもご紹介します。 |
| 17:40～18:00 | 質疑応答、閉会のご挨拶 |
※ ご質問が多くセミナー時間内にご回答できない場合、当日お知らせするアンケートにてご質問ください。後日あらためて回答いたします。
開催要項
| 日程 | 2023年11月30日(木) 17:00～18:00 |
|---|---|
| 配信方法 | Zoomウェビナー ※前日および開催１時間前に参加用URLをお知らせいたします。 |
| 定員 | 500名 |
| 参加費 | 無料 |
| 申込締切 | 2023年11月29日（水）12:00 |
| 主催 | アメリエフ株式会社 |
セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。
お申込みフォーム
※お申込みを締め切りました。またの機会にご参加をお待ちしております。
2023.10.18
NGS EXPO 2023出展のご案内
アメリエフは2023年11月15日(水)～16日(木)に大阪で開催される、
NGS EXPO 2023にて出展いたします。
ご来場の折にはぜひお立ち寄りください。
| 名称 | NGS EXPO 2023 |
| HP | https://www.ngsexpo.jp/expo2023/index.html |
| 期間 | 2023年11月15日(水)～16日(木) |
| 場所 | 〒530-0005 大阪府大阪市北区中之島5-3-51 大阪国際会議場(グランキューブ大阪）10階会議場 |
| 展示場所 | 40番（企業展示ルーム奥） |
| 展示内容 |
・NGS解析ソフトウエア ・バイオインフォマティクス人材育成サービス ・バイオインフォマティクス受託解析、など |
2023.10.05
第91回バイオインフォマティクス勉強会「マルチオミクスデータを活用した創薬マーカー探索」
アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「マルチオミクスデータを活用した創薬マーカー探索～トランスクリプト―ムとプロテオミクスデータの統合解析～ 」をテーマに開催いたします。
【講義内容】
近年、次世代シーケンス技術の急速な発展により、比較的安価に大量の検体のオミクスデータを取得できるようになりました。また、バイオインフォマティクスと計算生物学が進化し、巨大な生物学的データセットを利用して新たな洞察を得る「データからの仮説生成」へのイノベーションが起きようとしています。本勉強会では、公開トランスクリプトームデータを活用した創薬研究向けバイオマーカー探索ワークフローをご紹介します。
RNA-seq解析とプロテオミクスデータの組み合わせによって、遺伝子の発現から蛋白質の機能までの総合的な理解を得ることができます。トランスクリプトーム解析によって遺伝子発現の変動を検出し、プロテオーム解析で蛋白質の量的・質的変化を捉えることで、生物学的な現象の背後にある機能的なメカニズムを解明します。
具体的には、GO解析やパスウェイ解析、トランスクリプトームとプロテオームの研究間で共通する発現変動遺伝子を可視化します。さらに、比較条件間の共通性検討を実施し、研究目的に合うバイオマーカー候補遺伝子を絞り込みます。疾患の進行に伴うシグナル伝達経路の変動や、薬剤応答における代謝経路の変化などを深く理解することが可能になります。
また、プロテオームのほかにもシングルセルRNAなどさまざまなオミクス研究のデータを用いる手法についてご紹介いたします。
公開データを活用して効率的に探索研究を進めたい、２種以上のオミクスデータを扱う研究をすすめたい、といった創薬研究者のお悩みを解消します。
【こんな方におすすめ】
・公開トランスクリプトームデータで研究をすすめたい方
・マルチオミクスデータを扱って研究をすすめたい方
・効率的に創薬研究をすすめたい方
近年、次世代シーケンス技術の急速な発展により、比較的安価に大量の検体のオミクスデータを取得できるようになりました。また、バイオインフォマティクスと計算生物学が進化し、巨大な生物学的データセットを利用して新たな洞察を得る「データからの仮説生成」へのイノベーションが起きようとしています。本勉強会では、公開トランスクリプトームデータを活用した創薬研究向けバイオマーカー探索ワークフローをご紹介します。
RNA-seq解析とプロテオミクスデータの組み合わせによって、遺伝子の発現から蛋白質の機能までの総合的な理解を得ることができます。トランスクリプトーム解析によって遺伝子発現の変動を検出し、プロテオーム解析で蛋白質の量的・質的変化を捉えることで、生物学的な現象の背後にある機能的なメカニズムを解明します。
具体的には、GO解析やパスウェイ解析、トランスクリプトームとプロテオームの研究間で共通する発現変動遺伝子を可視化します。さらに、比較条件間の共通性検討を実施し、研究目的に合うバイオマーカー候補遺伝子を絞り込みます。疾患の進行に伴うシグナル伝達経路の変動や、薬剤応答における代謝経路の変化などを深く理解することが可能になります。
また、プロテオームのほかにもシングルセルRNAなどさまざまなオミクス研究のデータを用いる手法についてご紹介いたします。
公開データを活用して効率的に探索研究を進めたい、２種以上のオミクスデータを扱う研究をすすめたい、といった創薬研究者のお悩みを解消します。
【こんな方におすすめ】
・公開トランスクリプトームデータで研究をすすめたい方
・マルチオミクスデータを扱って研究をすすめたい方
・効率的に創薬研究をすすめたい方
勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。
開催要項
| テーマ |
マルチオミクスデータを活用した創薬マーカー探索 ～トランスクリプト―ムとプロテオミクスデータの統合解析～ |
|---|---|
| 講師 | アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄 |
| 日程 | 2023年11月29日（水）17:00-17:30 |
| 場所 | オンライン（Zoom） |
| 定員 | 300名 定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。 |
| 参加費 | 無料 |
| 申込締切 | 2023年11月28日（火）12:00 |
| 主催 | アメリエフ株式会社 |
お申込みフォーム
※お申込みを締め切りました。またの機会にご参加をお待ちしております。
※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
2023.10.05
第92回バイオインフォマティクス勉強会「オミクス解析ためのバイオインフォマティクス人材育成」
アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は、「オミクス解析ためのバイオインフォマティクス人材育成」をテーマに開催いたします。
【講義内容】
昨今の生命科学研究、特にオミクス解析において、バイオインフォマティクスは欠かせない技術になっています。ゲノムやトランスクリプトームなどのオミクスデータを解析するバイオインフォマティクスは、目的やデータ規模によって、ソフトウェアや計算機資源を整備する必要があり、そのツールを使いこなす人材の育成が重要になっています。
本セミナーでは、研究に必要となるシステムの選定から解析環境構築、ソフトウェア導入やデータ解析手順確立と整備、そしてバイオインフォマティクス人材育成の3点について概要とエッセンスをお伝えします。特に、サーバの基本から、システム選定で過小・過剰投資を防ぐためのコツ、ソフトウェアの選び方、WEBシステム化について、実例を交えて説明します。
【こんな方におすすめ】
・データ解析用のサーバの調達を予定している方
・データ解析ができる人材の育成に課題を感じている方
・オミクス情報を用いたプロジェクトの計画立案・予算策定を行っている方
・共通機器室の次世代シーケンサーの活用を促進したい方
昨今の生命科学研究、特にオミクス解析において、バイオインフォマティクスは欠かせない技術になっています。ゲノムやトランスクリプトームなどのオミクスデータを解析するバイオインフォマティクスは、目的やデータ規模によって、ソフトウェアや計算機資源を整備する必要があり、そのツールを使いこなす人材の育成が重要になっています。
本セミナーでは、研究に必要となるシステムの選定から解析環境構築、ソフトウェア導入やデータ解析手順確立と整備、そしてバイオインフォマティクス人材育成の3点について概要とエッセンスをお伝えします。特に、サーバの基本から、システム選定で過小・過剰投資を防ぐためのコツ、ソフトウェアの選び方、WEBシステム化について、実例を交えて説明します。
【こんな方におすすめ】
・データ解析用のサーバの調達を予定している方
・データ解析ができる人材の育成に課題を感じている方
・オミクス情報を用いたプロジェクトの計画立案・予算策定を行っている方
・共通機器室の次世代シーケンサーの活用を促進したい方
勉強会終了後には、実際にお客様のバイオインフォマティクス人材育成をサポートしている担当者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。
開催要項
| テーマ |
オミクス解析ためのバイオインフォマティクス人材育成 |
|---|---|
| 講師 | アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄 |
| 日程 | 2023年11月22日（水）17:00-17:30 |
| 場所 | オンライン（Zoom） |
| 定員 | 300名 定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。 |
| 参加費 | 無料 |
| 申込締切 | 2023年11月21日（火）12:00 |
| 主催 | アメリエフ株式会社 |
お申込みフォーム
※お申込みを締め切りました。またの機会にご参加をお待ちしております。
※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
2023.10.05
第90回バイオインフォマティクス勉強会「公開トランスクリプトームデータを活用した創薬マーカー探索」
アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「公開トランスクリプトームデータを活用した創薬マーカー探索 ～メタアナリシスによる異なる研究データの統合活用～」をテーマに開催いたします。
【講義内容】
近年、次世代シーケンス技術の急速な発展により、比較的安価に大量の検体のオミクスデータを取得できるようになりました。また、バイオインフォマティクスと計算生物学が進化し、巨大な生物学的データセットを利用して新たな洞察を得る「データからの仮説生成」へのイノベーションが起きようとしています。本勉強会では、公開トランスクリプトームデータを活用した創薬研究向けバイオマーカー探索ワークフローをご紹介します。
公開トランスクリプトームデータの活用には、異なる実験背景をもつデータを比較する手法として「メタアナリシス」を用います。メタアナリシスによるバイオマーカー候補の絞り込み手法と、絞り込まれたターゲットを検証するためのin-houseデータとの統合解析を行います。これにより、少ないサンプルでのvalidation解析と、探索研究期間の短縮による効率化が期待できます。
具体的には、複数の独立した研究結果である公開トランスクリプトームデータと、臨床検体等のin-houseデータを、メタアナリシスにより統合します。統合された発現変動遺伝子に対して、GO解析やパスウェイ解析、複数の研究間で共通する発現変動遺伝子を可視化します。さらに、比較条件間の共通性検討を実施し、研究目的に合うバイオマーカー候補遺伝子を絞り込みます。
公開データを活用して効率的に探索研究を進めたい、メタアナリシスによるデータ解析をすすめたい、といった創薬研究者のお悩みを解消します。
【こんな方におすすめ】
・公開トランスクリプトームデータで研究をすすめたい方
・効率的に創薬研究をすすめたい方
近年、次世代シーケンス技術の急速な発展により、比較的安価に大量の検体のオミクスデータを取得できるようになりました。また、バイオインフォマティクスと計算生物学が進化し、巨大な生物学的データセットを利用して新たな洞察を得る「データからの仮説生成」へのイノベーションが起きようとしています。本勉強会では、公開トランスクリプトームデータを活用した創薬研究向けバイオマーカー探索ワークフローをご紹介します。
公開トランスクリプトームデータの活用には、異なる実験背景をもつデータを比較する手法として「メタアナリシス」を用います。メタアナリシスによるバイオマーカー候補の絞り込み手法と、絞り込まれたターゲットを検証するためのin-houseデータとの統合解析を行います。これにより、少ないサンプルでのvalidation解析と、探索研究期間の短縮による効率化が期待できます。
具体的には、複数の独立した研究結果である公開トランスクリプトームデータと、臨床検体等のin-houseデータを、メタアナリシスにより統合します。統合された発現変動遺伝子に対して、GO解析やパスウェイ解析、複数の研究間で共通する発現変動遺伝子を可視化します。さらに、比較条件間の共通性検討を実施し、研究目的に合うバイオマーカー候補遺伝子を絞り込みます。
公開データを活用して効率的に探索研究を進めたい、メタアナリシスによるデータ解析をすすめたい、といった創薬研究者のお悩みを解消します。
【こんな方におすすめ】
・公開トランスクリプトームデータで研究をすすめたい方
・効率的に創薬研究をすすめたい方
勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。
開催要項
| テーマ |
公開トランスクリプト―ムデータを活用した創薬マーカー探索 ～メタアナリシスによる異なる研究データの統合活用～ |
|---|---|
| 講師 | アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄 |
| 日程 | 2023年10月27日（金）17:00-17:30 |
| 場所 | オンライン（Zoom） |
| 定員 | 300名 定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。 |
| 参加費 | 無料 |
| 申込締切 | 2023年10月26日（木）12:00 |
| 主催 | アメリエフ株式会社 |
お申込みフォーム
※お申込みを締め切りました。またの機会にご参加をお待ちしております。
※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
2023.09.25
年末早割キャンペーン｜事前学習併用型トレーニング
このたび、2023年9月に新科目「シングルセルRNA-seq解析・発展」をリリースし、monocle3を用いた擬似系譜解析、velocytoを用いたRNA velocity解析を学習いただけるようになりました。
新科目リリースを記念し、さらに私達のサービスをご愛顧いただいている皆様への感謝も込めて「年末早割トレーニングキャンペーン」を実施いたします。
キャンペーン対象は、事前学習併用型トレーニングとなります。
もちろん、「シングルセルRNA-seq解析・発展」も事前学習併用型トレーニング対応科目となります。
是非、この機会にご検討ください。
▼新科目の中身を試しに少しだけ視聴してみる▼
| 対象期間 | 2023年12月25日(月) までにご発注、2024年1月31日までに事前学習の受講終了 |
| キャンペーン割引対象 | 事前学習併用型トレーニング全科目15％オフ |
| 実施形式 | 事前学習併用型択 |
| 注意事項 | 同時双方向型、訪問トレーニング、概論セミナーは対象外 |
事前学習併用型トレーニングの特徴と科目
・バイオインフォマティクスの経験豊富な講師によるトレーニング動画をいつでも視聴（2週間）
・動画視聴期間はトレーニング用サーバを利用できるので自分のペースで実践的な学習が可能
・事前学習終了後に復習や疑問解消のための Web会議形式のハンズオン質問会（2時間）を開催
「OPEN ▼」すると、トレーニング科目の詳細が表示されます。
- 基礎科目OPEN
-
Linux入門 学習目的 多くの解析の基盤となるLinux操作技術を、バイオインフォマティクスに必要十分なレベルで習得 講義内容 Windows, Macとは異なるOSのディレクトリ構造の理解、テキストファイル加工、ソフトウェアインストールなど R入門 学習目的 バイオインフォマティクス業界で頻繁に使われる統計ソフト Rの操作技術習得 講義内容 Rの基本的な操作方法、作図、解析目的に応じた公開パッケージのインストール・使用方法など
- 応用科目OPEN
-
RNA-seq解析 学習目的 RNA-seq解析による発現変動遺伝子の検出、二群間比較の習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからGO・パスウェイエンリッチメント解析までの実践的な実習 シングルセル
RNA-seq解析
【Seurat】学習目的 Seuratを用いたシングルセルRNA-seq解析技術を習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、クラスタリングやマーカー遺伝子探索とセルタイプ同定などの実践的な実習 シングルセル
RNA-seq解析
発展学習目的 シングルセルRNA-seq解析の擬似系譜解析とvelocity解析を習得 講義内容 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、擬似系譜解析・RNA velocity解析の実践的な実習
おすすめの科目構成
シングルセルRNA-seqを始めたい【基礎科目】R入門
【応用科目】シングルセルRNA-seq解析【Seurat】
【応用科目】シングルセルRNA-seq解析・発展
お客様の声
事前学習期間中に自分のペースで、理解度の浅いところなど重点的に学習できた。また、整備されたサーバ上でデータ解析を繰り返し実習でき、トライ＆エラーで理解度が上がってよかった。事前学習でつまづいた部分もあったが、ハンズオン質問会で解決できた。
大学臨床研究医
平日の昼間は皆忙しく、突発的なオペがあったりと都合も合わせづらいので、バラバラの日程でも受講ができる事前学習併用型を選んだ。おかげで日曜、祝日、夜間など自分の都合の良い時間に学習できた。
大学臨床研究医
ハンズオン質問会ではデータ解析の単純な解説にとどまらず、妥当なパラメータ設定やどういう場合に役立つツールかなど実践を想定した疑問について、専門の方から有益なことを教えてもらえたので大変良かった。
国立研究所研究員
