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次世代シーケンス解析ケーススタディ講座「シングルセルRNA-seq解析」

次世代シーケンス解析ケーススタディ講座「シングルセルRNA-seq解析」

概要

 アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的に勉強会を開催しています。
 次世代シーケンス解析ケーススタディ講座は、次世代シーケンスの解析結果を正確に理解し正しい知見を得たい方に向けたイベントです。専門用語や解析手法の概要に加え、理解に迷いがでやすい箇所を中心に、研究で次世代シーケンサーを利用される方に向けた内容となっておりますので、今後の研究にぜひお役立ていただければと思っております。
 今回は、「シングルセルRNA-seq解析」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
 次世代シーケンサ―によるシングルセルRNA-seq解析を研究に取り入れたい研究者を対象に、クオリティコントロール、次元削減、クラスタリング、サンプル間比較、パスウェイ解析、擬似系譜解析の解析結果と解釈の方法を解説いたします。
 スタンダードな解析に加え、研究テーマに応じてどのように深堀りできるのか、公開データの事例を交えて、実践的なノウハウをご紹介いたします。
 勉強会では、シングルセルRNA-seq解析の解析結果を受け取った方、専門用語を理解したい方、シングルセルRNA-seq解析の難易度を知りたい方に向けて、丁寧に解説いたします。
※今回は2024年3月28日に実施した勉強会の録画配信となります。

【こんな方におすすめ】
・次世代シーケンサーの外注を予定されている方
・シングルセルRNA-seqを研究で利用したい方
・オミクス解析に興味のあるアカデミアや企業の研究者

講座終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

 
テーマ 次世代シーケンス解析ケーススタディ講座「シングルセルRNA-seq解析」
講師アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
日程2026年1月22日(木)17:00-17:30
場所オンライン(Zoom)
定員300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費無料
申込締切2026年1月22日(木)12:00
主催アメリエフ株式会社

お申込みフォーム


皆様のご参加をお待ちしております!

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
次世代シーケンス解析ケーススタディ講座「RNA-seq解析」

次世代シーケンス解析ケーススタディ講座「RNA-seq解析」

概要

 アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的に勉強会を開催しています。
 次世代シーケンス解析ケーススタディ講座は、次世代シーケンスの解析結果を正確に理解し正しい知見を得たい方に向けたイベントです。専門用語や解析手法の概要に加え、理解に迷いがでやすい箇所を中心に、研究で次世代シーケンサーを利用される方に向けた内容となっておりますので、今後の研究にぜひお役立ていただければと思っております。
 今回は、「RNA-seq解析」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
 次世代シーケンサ―によるRNA-seq解析を研究に取り入れたい研究者を対象に、クオリティコントロール、発現定量、群間比較、パスウェイ解析、GO解析の解析結果と解釈の方法を解説いたします。
 スタンダードな解析に加え、研究テーマに応じてどのように深堀りできるのか、公開データの事例を交えて、実践的なノウハウをご紹介いたします。
 勉強会では、RNA-seq解析の解析結果を受け取った方、専門用語を理解したい方、RNA-seq解析の難易度を知りたい方に向けて、丁寧に解説いたします。
※今回は2024年2月7日に実施した勉強会の録画配信となります。

【こんな方におすすめ】
・次世代シーケンサ―の外注を予定されている方
・RNA-seqを研究で利用したい方
・オミクス解析に興味のあるアカデミアや企業の研究者

講座終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

 
テーマ 次世代シーケンス解析ケーススタディ講座「RNA-seq解析」
講師アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
日程2026年1月22日(木)16:00-16:30
場所オンライン(Zoom)
定員300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費無料
申込締切2026年1月22日(木)12:00
主催アメリエフ株式会社

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皆様のご参加をお待ちしております!

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
第103回バイオインフォマティクス勉強会「論文執筆のためのNGS解析環境入門」

 アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的に勉強会を開催しています。
 バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。 初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
 今回は、「論文執筆のためのNGS解析環境入門~インストールとエラー解決の基礎~」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
 「解析を始めたいけど環境を構築するのが難しそう」「解析環境の構築に毎回時間がかかる」「ライブラリのバージョンが合わずにエラーが出る」「共同研究者が実施した解析結果が再現できない」
このような課題に直面したことはありませんか?
本セミナーでは、バイオインフォマティクスの解析環境を構築・運用する際に直面するこれらの悩みを解決するための実践的な知識とテクニックを解説します。

【こんな方におすすめ】
・参考論文に記載されているオープンソースソフトウェアのインストールが出来なくて困っている
・環境構築の途中でエラーがでてきて困っている
・新しい解析ツールを導入したい

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

 
テーマ 論文執筆のためのNGS解析環境入門
講師アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
日程2026年1月8日(木)17:00-17:30
場所オンライン(Zoom)
定員300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費無料
申込締切2026年1月8日(木)12:00
主催アメリエフ株式会社

お申込みフォーム


皆様のご参加をお待ちしております!

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
年末年始休業のお知らせ

平素は格別のお引き立てをいただき厚くお礼申し上げます。
弊社では、誠に勝手ながら下記日程を年末年始休業とさせていただきます。

【年末年始休業期間】
2025年12月27日(土) ~ 2025年1月4日(日)

休業期間中にいただいたお問合せについては、営業開始日以降に順次回答させていただきます。
皆様には大変ご不便をおかけいたしますが、何卒ご理解の程お願い申し上げます。

システム障害のお詫びとお知らせ

平素は格別のご高配を賜り、厚く御礼申し上げます。

現在、システムの不具合により、お問い合わせフォームが正常に表示されない状況が発生しておりました。
ご利用のお客様には、多大なるご不便、ご迷惑をおかけしておりますことを深くお詫び申し上げます。

【発生日時】
2025年11月19日(水)9:00~14:00

【影響範囲】
ウェブサイト上のお問い合わせ・お申込みフォーム全般
(フォームからのお問い合わせができません)

【現在の状況と対応】
2025年11月19日(水)14:00頃、復旧いたしました。

第48回日本分子生物学会年会 出展のご案内

アメリエフは2025年12月3日(水)~5日(金)に横浜で開催される、
第48回日本分子生物学会年会にて出展いたします。
ご来場の折にはぜひお立ち寄りください。

名称 第48回日本分子生物学会年会
HP https://www.aeplan.jp/mbsj2025/
期間 2025年12月3日(水)~5日(金)
場所 〒220-0012 神奈川県横浜市西区みなとみらい1−1−1
パシフィコ横浜展示ホールA~C
展示場所 展示会場 54番ブース(キッチンカー周辺)
展示内容 ・受託解析キャンペーン
・バイオインフォマティクス・トレーニングキャンペーン
・NGS解析ソフトウエア
・コンサルティング、システム開発など

会場案内図

バイオインフォマティクス・トレーニングキャンペーン

バイオインフォマティクス・トレーニングキャンペーン

キャンペーン期間:2025年11月1日(土)~2026年2月28日(土)

体系的に学べる

体系的に学べる

実践的なコマンド実習

実践的なコマンド実習

プロに質問できる

プロに質問できる
対象期間 2025年11月1日(土)~2026年2月28日(土)
キャンペーン対象 スタンダードコース、オンデマンド実習プラン(単科目)
キャンペーン内容 希望小売価格から10%OFF
実施形式 オンライン
注意事項 訪問・同時双方向型トレーニングは対象外

スタンダードコース詳細

基礎2科目(Linux+R)+応用1科目(RNA-seq解析・シングルセルRNA-seq解析・空間的遺伝子発現解析から選択)の、お得な価格で体系的な学びをご提供するスタンダードコースです。

コース 内容 価格(税抜)
RNA-seq解析 Linux、R、RNA-seq解析(動画視聴+サーバ実習)
ハンズオン質問会(科目毎1回)
20万円
18万円/名
シングルセルRNA-seq解析 Linux、R、シングルセルRNA-seq解析(動画視聴+サーバ実習)
ハンズオン質問会(科目毎1回)
24万円
21.6万円/名
空間的遺伝子発現解析 Linux、R、空間的遺伝子発現解析(動画視聴+サーバ実習)
ハンズオン質問会(科目毎1回)
30万円
27万円/名

こんな課題を解決しました

科目詳細

科目 科目詳細 標準
学習時間
単科目価格
(税抜)
Linux

・Linuxの概要

・ディレクトリ構造、ファイルやディレクトリの作成・コピー・移動・削除、絶対パスと相対パス、アクセス権限、ファイル内容の加工

・ソフトウェアのダウンロード・インストール

300分
(動画48分)
6万円
5.4万円
R

・起動・終了、基本的演算(四則計算など)、変数の取り扱い、オブジェクトの取り扱い、ベクトル・リスト・マトリクス・データフレームの取り扱い

・基本統計量の計算、作図

・パッケージのインストール・読み込み

300分
(動画74分)
6万円
5.4万円
RNA-seq解析

・NGS基礎知識と主なファイル形式

・公開データの取得方法

・RNA-seq解析:クオリティチェックとクオリティコントロール、マッピング、発現定量、正規化、発現変動遺伝子の検出、結果の可視化、発現定量と発現比較、GOエンリッチメント解析、パスウェイエンリッチメント解析

360分
(動画74分)
8万円
7.2万円
シングルセル
RNA-seq解析

・シングルセルRNA-seq解析基礎知識と解析の流れ

・Seuratを用いた解析:データの読み込み、クオリティコントロール、正規化、フィルタリング、データのスケーリングとノイズの除去、次元削減、下流解析で使用する主成分軸数の決定、クラスタリングと結果の可視化、マーカー遺伝子探索、統合解析

420分
(動画60分)
12万円
10.8万円
シングルセル
RNA-seq解析【発展】

・擬似系譜解析:monocle3のインストール、発現マトリクス読み込み、正規化、次元削減、クラスタリング可視化、Trajectory Graphの構築、Pseudotime順に細胞を並べる、Trajectoryとともに発現変化する遺伝子の探索

・velocity解析:velocytoのインストール、RNA velocity解析実行手順、擬似系譜解析との比較

420分
(動画58分)
10万円
9万円
空間的
遺伝子発現解析

・空間的遺伝子発現解析基礎知識と解析の流れ

・Seuratを用いた解析:クオリティコントロール・正規化、次元削減・クラスタリング・細胞のプロット、マーカー遺伝子探索・発現量の視覚化、空間座標の抽出、データ統合、GOエンリッチメント解析

480分
(動画144分)
18万円
16.2万円
WES/WGS遺伝性変異解析|WET&DRY
WES/WGS遺伝性解析 WET&DRY【受託解析キャンペーン】

シーケンスから
解釈支援の報告会

まで込みのスペシャルプライス

7.3万円/サンプル
※WES遺伝性変異解析の場合の価格、詳細は価格表をご参照ください

サービス内容

【WET】DNAシーケンス
○ ライブラリ調製
○ Illumina社 NovaSeq™ X Plusによるシーケンシング
【DRY】データ解析
○ クオリティコントロール, マッピング、変異(SNV/InDel)検出, アノテーション・スクリーニング
○ 使用するDB:snpEff, dbSNP, gnomAD, ClinVar, PROVEAN, SIFT
○ エクセルで閲覧可能なTSVへの変換
○ サンプル間の遺伝形式(genotype)比較
○ 遺伝形式による変異の抽出(トリオ解析など)
○ 解析レポート, 報告会 (手法解説, 結果解釈のディスカッション) , アフターフォロー(メールでのQ&A)

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ 総量(ng) 液量(µL) 濃度(ng/µL) 純度
genomic DNA 300以上 15以上 20以上 OD260/280 = 1.8-2.2
no degradation,
no contamination
FFPE DNA 500以上 - - Fragments should be longer than 1000 bp
cfDNA 30以上 - - Fragments should be in multiples of 170 bp no genomic contamination
  • ※ 生物種:ヒト
  • ※ FFPE DNA/cfDNAの場合は都度ご相談ください。

データ解析内容

解析結果

価格表(税抜)

製品名 単価(税抜)
WES遺伝性変異解析(Agilent SureSelect V6, 6Gb) 7.3万円/サンプル
WGS遺伝性変異解析(NovaSeq™ X, 90Gb) 19.5万円 / サンプル
WES/WGSがん変異解析|WET&DRY
がん変異解析 WET&DRY【受託解析キャンペーン】

シーケンスから
解釈支援の報告会

まで込みのスペシャルプライス

11.5万円/症例(1ペア)
※WESがん変異解析の場合の価格、詳細は価格表をご参照ください

サービス内容

【WET】DNAシーケンス
○ ライブラリ調製
○ [WES]正常組織サンプル:6Gb, 腫瘍組織サンプル:12Gb
○ [WGS]正常組織サンプル:90Gb, 腫瘍組織サンプル:90Gb
○ Illumina社 NovaSeq™ X Plusによるシーケンシング
【DRY】データ解析
○ クオリティコントロール, マッピング、変異(SNV/InDel)検出, アノテーション(snpEff, dbSNP, gnomAD, ClinVar, PROVEAN, SIFT)、Tumor Mutation Burden 算出, De novo mutation signature 解析
○ 3症例6サンプル以上の場合は上記に加え、Oncoplot作成, Oncogenic pathways上の遺伝子の変異割合計算, 新規Driver gene候補推定
○ 解析レポート, 報告会 (手法解説, 結果解釈のディスカッション) , アフターフォロー(メールでのQ&A)

サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ 総量(ng) 液量(µL) 濃度(ng/µL) 純度
genomic DNA 300以上 15以上 20以上 OD260/280 = 1.8-2.2
no degradation,
no contamination
FFPE DNA 500以上 - - Fragments should be longer than 1000 bp
cfDNA/ctDNA 30以上 - - Fragments should be in multiples of 170 bp no genomic contamination
  • ※ 生物種:ヒト
  • ※ FFPE DNA/cfDNA/ctDNAの場合は都度ご相談ください。

データ解析内容

解析結果

価格表(税抜)

製品名 単価(税抜)
WESがん変異解析(Agilent SureSelect V6, 正常組織 6Gb, 腫瘍組織 12Gb) 11.5万円/症例(1ペア)
WGSがん変異解析(NovaSeq™ X, 正常組織 90Gb, 腫瘍組織 90Gb) 39.0万円/症例(1ペア)
空間的遺伝子発現解析|WET&DRY
空間的遺伝子発現解析|WET&DRY【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
パスウェイ・GO解析
擬似系譜解析
解釈支援の報告会2回

まで込みのスペシャルプライス



280万円/2サンプル
※Visium HDの場合

サービス内容(Visium HDの場合)

【WET】空間的遺伝子発現解析
○ FFPEブロックからのスライド作製(凍結切片は提携会社へ依頼)、HE染色、切片からのRNA抽出・品質検定(DV200%測定)
○ Visium CytAssist(10x Genomics社)を用いたライブラリー作製
○ Illumina社 NovaSeq™ X PlusもしくはMGI社DNBSEQ-G400RSによるシーケンス
【DRY】データ解析
○ 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot))
○ サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)
○ 擬似系譜解析(Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化)
○ 解析レポート、報告会(2回実施、手法解説、結果解釈のディスカッション)、アフターフォロー(メールでのQ&A)

データ解析内容

解析結果

対応プラットフォーム一覧

製品名 サンプルタイプ 対応生物種 受付単位
Trekker™ 新鮮凍結組織、OCT包埋組織/td> ヒト、マウス、ラット
その他の真核生物は要事前相談
2サンプル
Xenium 5K FFPE組織スライド ヒト、マウス 2サンプル
Visium HD FFPEブロック、FFPEスライド ヒト、マウス 2サンプル
※Stereo-seq™、CosMx™等も対応可能です。
※プラットフォーム毎にサンプル要件、注意事項が異なりますので、お問い合わせください。

価格表(税抜)

製品名 単価(税抜)
Trekker™ 320万円/2サンプル
Xenium 5K 500万円/2サンプル
Visium HD 280万円/2サンプル
データ解析のみ 43万円/サンプル
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