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タカラバイオ・アメリエフ共催 WET&DRYベストプラクティスセミナー「空間的遺伝子発現解析による創薬マーカー探索~Trekker™とベイジアンネットワーク解析を組み合わせた解析の提案~」

タカラバイオ・アメリエフ共催 WET&DRYベストプラクティスセミナー「空間的遺伝子発現解析による創薬マーカー探索~Trekker™とベイジアンネットワーク解析を組み合わせた解析の提案~」

概要

 WET&DRYベストプラクティスセミナーは、技術テーマに関する実験からデータ解析までの一連の技術をお伝えするイベントです。注目されている技術について、新規導入や製品を比較検討するために、効率よく情報収集されたいみなさまに概況やエッセンスをお伝えしていきます。
 タカラバイオ社より2025年から提供が開始された、空間的遺伝子発現解析プラットフォーム「Trekker™」は、既存のシングルセルRNA-seqのデータに細胞の空間情報を付与したデータを取得できる技術です。そのため、シングルセルRNA-seqと同じクオリティで全遺伝子を対象とした解析を、生物種を問わず適用することが可能となります。
 そのためTrekker™の空間情報と遺伝子間の未知の関係を推定可能なベイジアンネットワーク解析の組み合わせは、遺伝子間の関係性を高精度に推定できる点で非常に有効です。このアプローチは、疾患の機序解明や創薬マーカー探索を大きく前進させるものと期待されます。
 本セミナーではTrekker™を用いた解析の具体的なノウハウやポイントを中心に解説いたします。
 質問時間を設けますので、実験からデータ解析まで幅広い情報を収集いただく機会としてご活用ください。

プログラム

17:00~17:01 開会のご挨拶
17:01~17:20 Trekker™入門:シングルセルデータを空間データに変換する新技術
タカラバイオ株式会社 浅井 雄一郎

昨今、注目されている空間トランスクリプトーム解析ですが、従来のシングルセルRNA-Seqデータと比べると、細胞当たりの検出遺伝子数が少ない、セルセグメンテーションに頼らざるを得ない、ATAC-Seqやレパトアと組み合わせて解析できない、など、シングルセルRNA-Seqとのギャップを感じることはないでしょうか?シングルセルデータをそのまま空間情報にコンバートする革新的技術Trekker™についてご紹介します。
17:20~17:50 空間シングルセルデータを活かした創薬マーカー探索の戦略
アメリエフ株式会社 露崎 隼

空間シングルセルデータを用いた、細胞種アノテーションや空間構造の可視化など基本的な解析手法に加え、創薬マーカーを探索するアプローチをご紹介します。特に、遺伝子間の因果関係を推定するベイジアンネットワーク解析を効果的に活用するためのストラテジーについても取り上げ、空間情報を活かす具体的な解析手法をご提案します。
17:50~18:00 質疑応答、閉会のご挨拶

開催要項

日程 2025年10月1日(水) 17:00~18:00
配信方法 Zoomウェビナー ※前日および開催1時間前に参加用URLをお知らせいたします。
定員 500名
参加費 無料
申込締切 2025年10月1日(水) 12:00
主催 タカラバイオ株式会社・アメリエフ株式会社

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
空間的遺伝子発現解析ソフトウエアをリリースいたしました。

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ) は、これまでシンプルなパラメータ設定とクリック操作で実行可能なNGS解析ソフトウエア「Amelieff Quick Start Package」を提供しており、ご好評をいただいています。
 この度、空間的遺伝子発現解析ソフトウエアをリリースいたしましたのでお知らせいたします。

【背景】
 組織内の細胞の位置情報と遺伝子発現を同時に捉える空間的遺伝子発現解析は、病理学的特徴と分子レベルの変化を結びつける強力なツールとしてがん研究をはじめとした様々な研究領域で期待されています。その一方で、解析には高度な専門知識と時間的なコストがかかるという課題があります。
 そこでアメリエフは、PCにインストールするだけでデータ解析が可能な空間的遺伝子発現解析ソフトウエアをリリースいたしました。 是非この機会にぜひご検討ください。

【サービス名】
空間的遺伝子発現解析ソフトウエア

【サービスの特徴】

  1. 10x Genomics社のXeniumを使用した一連の空間的遺伝子発現解析をシンプルなパラメータ設定とクリック操作で実行することが可能です。
  2. 「空間座標の選択」「着目領域の抽出」「抽出した領域に対する解析」を一貫して実行できるため、着目した領域に対する解析を効率的に進めることができます。
  3. コードを柔軟に書き換えることができるため、配色やレイアウトをカスタマイズすることが可能です。

tSNE

空間プロット

組織図上でのクラスタの可視化

マーカー遺伝子の発現量の可視化

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

ユーロフィンジェネティックラボ・アメリエフ共催 セミナー「網羅的遺伝子発現解析によるバイオマーカーおよび標的遺伝子探索」

ユーロフィンジェネティックラボ・アメリエフ共催 WET&DRYベストプラクティスセミナー「網羅的遺伝子発現解析によるバイオマーカーおよび標的遺伝子探索」~基礎研究から非臨床研究への橋渡し~

概要

 次世代シーケンサ―を用いたRNA-seq解析により、病態や患者層を対象とした遺伝子発現スクリーニングを網羅的に行い、各群の遺伝子発現プロファイルを明らかにすることができます。アメリエフが持つバイオインフォマティクス技術を用いて遺伝子発現を詳細に解析することで、病態に特異的な遺伝子候補やバイオマーカーの絞り込みを行います。さらに、絞り込まれた候補遺伝子群に対して、豊富な経験と幅広い技術を保有する受託解析会社であるユーロフィンジェネティックラボが、関連するバイオマーカーの測定を通した探索・評価を行います。
 本セミナーでは、公開データを例に多検体・多グループの遺伝子発現解析を行い、病態に関連する遺伝子候補を選定するバイオインフォマティクス解析手順を紹介します。また、その後の遺伝子発現およびバイオマーカー検査についてご紹介します。
※今回は2025年3月13日に実施したセミナーの録画配信となります。

プログラム

16:00~16:00 開会のご挨拶
16:00~16:20 NGSを用いた網羅的遺伝子発現解析による標的遺伝子探索手法の紹介
アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口 昌雄

RNA-seq などの網羅的遺伝子発現解析では、膨大なデータの中から少数の重要遺伝子を見つけ出すことが重要です。本講演では、ワクチンの有効性に関する RNA-seq 公開データを基に、群間比較解析やパスウェイエンリッチメント解析などによる信頼度の高い重要遺伝子の選定方法をご紹介します。
16:20~16:45 NGS解析後の目的に応じたTotal analytical solution
ユーロフィンジェネティックラボ株式会社 学術営業部 小野 彩

病態に特異的な遺伝子やバイオマーカーの候補遺伝子群について、変異や発現解析、翻訳されるタンパク質の血中における定量から、組織上での各種タンパク質の局在および定量といった病理学的解析まで、ジェネティックラボがご提供する解析サービスについてご紹介させていただきます。
16:45~17:00 質疑応答(※)、閉会のご挨拶
※質疑応答は前回実施時の内容を録画配信いたします。なお、ご質問をアンケートにお書きいただければ、セミナー後にメールにてご回答いたします。

開催要項

日程 2025年8月28日(木) 16:00~17:00
配信方法 Zoomウェビナー ※前日および開催1時間前に参加用URLをお知らせいたします。
定員 500名
参加費 無料
申込締切 2025年8月28日(木)12:00
共催 ユーロフィンジェネティックラボ株式会社、アメリエフ株式会社

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
第102回バイオインフォマティクス勉強会「空間的遺伝子発現解析」

 アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的に勉強会を開催しています。
 専門用語や解析手法の概要に加え、理解に迷いがでやすい箇所を中心に、研究で空間的遺伝子発現解析を利用される方に向けた内容となっておりますので、今後の研究にぜひお役立ていただければと思っております。
 今回は、「空間的遺伝子発現解析」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
 Xeniumを用いた空間的遺伝子発現解析を研究に取り入れたい研究者を対象に、バイオインフォマティクスの流れをご紹介します。具体的には、クオリティコントロール、正規化とクラスタリング、遺伝子発現の可視化、マーカー遺伝子の探索、そしてパスウェイ解析やGO解析といった高次解析の結果と解釈の方法を解説いたします。
 勉強会では、空間的遺伝子発現解析結果を受領後にデータ解析をすすめるためのポイントと、その難易度をつかんでいただけるよう専門用語から丁寧に解説いたします。
※今回は2025年1月30日に実施した勉強会の録画配信となります。

【こんな方におすすめ】
・空間的遺伝子発現解析の外注を予定されている方
・空間的遺伝子発現解析を研究で利用したい方
・オミクス解析に興味のあるアカデミアや企業の研究者

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

 
テーマ 空間的遺伝子発現解析
講師アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
日程2025年8月21日(木)17:00-17:30
場所オンライン(Zoom)
定員300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費無料
申込締切2025年8月21(木)12:00
主催アメリエフ株式会社

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
空間的遺伝子発現解析(Trekker™)受託解析サービスを開始いたしました

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ) は、研究テーマにそったデータ解析と、WEB報告会により結果の解釈を支援する次世代シーケンス受託解析サービスを提供しており、高い評価をいただいています。
 この度、当社は空間的遺伝子発現解析の一つとして、タカラバイオ株式会社が提供しているシングルセル単位の空間解析が可能な最新技術「Trekker™」に対応した受託解析サービスを開始いたしましたのでお知らせいたします。

【背景】
 組織内の遺伝子発現の不均一性を可視化できる「空間的遺伝子発現解析」は、細胞の位置情報を保持したまま遺伝子発現を測定できる技術で、従来のシングルセル解析を補完する新たなアプローチとして、近年非常に注目されています。特に、2025年よりタカラバイオ株式会社が提供を開始した Trekker™は、空間情報を直接紐づけたシングルセル解析を実施できることで関心を集めています。Trekker™はシングルセル解析と同じく全遺伝子を検出可能であり、かつ真核生物であれば対象生物種を問わないなど、他の空間解析にない特徴を持っているため、生物学的メカニズムのより深い理解に貢献することが期待されています。
そこでアメリエフでは、Trekker™に対応した、スライド作製からパスウェイ・GO解析、擬似系譜解析まで含めた受託解析サービスを提供することとなりました。

【サービス名】
WET&DRY空間的遺伝子発現解析(Trekker™)

【サービスの特徴】

  1. 新鮮凍結組織またはOCT包埋組織から、スライド作製、シーケンス、論文作成には欠かせないパスウェイ・GO解析、擬似系譜解析まで込みの受託解析サービスです。
  2. 結果報告会を実施し、経験豊富なデータ解析の専門家が、解析結果の意味や解釈をご説明します。
  3. メールでの質問対応や図の微修正など、無償のアフターフォローが標準で付属いたします。

解析結果

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

システムメンテナンス完了のお知らせ

2025年8月4日(月)17:00にシステムメンテナンス作業は完了いたしました。

平素は格別のお引き立てをいただき厚くお礼申し上げます。
弊社サイト内サービス「バイオインフォマティクス実践ラボ」において、下記のとおりシステムメンテナンスを実施させていただきます。

【メンテナンス概要】
期間: 2025年8月1日(金)から2025年8月4日(月)まで
停止する機能:バイオインフォマティクス実践ラボの全機能(新規登録、ログイン、動画視聴、資料ダウンロード等、全てのご利用が一時的に停止いたします)
その他:メンテナンスの状況により、期間が延長される可能性がございます。お客様にはご不便をおかけいたしますが、何卒ご理解とご協力をお願い申し上げます。

今後ともバイオインフォマティクス実践ラボをよろしくお願い申し上げます。

第7回再生医療EXPO 出展のご案内

アメリエフは2025年7月9日(水)~11日(金)に東京で開催される第7回再生医療EXPOにて、
グループ企業のPHC株式会社ブース内にて出展いたします。
ご来場の折にはぜひお立ち寄りください。

名称 第7回再生医療EXPO
HP https://www.interphex.jp/tokyo/ja-jp/about/rmt.html
期間 2025年7月9日(水)~11日(金)
場所 〒135-0063 東京都江東区有明3−11−1
東京ビッグサイト
展示場所 西2ホール 再生医療EXPO W5-30
展示内容 ・受託解析(RNA-seq/シングルセルRNA-seq/空間的遺伝子発現解析)
・コンサルティング、システム開発など

会場案内図

夏季休業のお知らせ

平素は格別のお引き立てをいただき厚くお礼申し上げます。
弊社では、誠に勝手ながら下記日程を夏季休業とさせていただきます。

【夏季休業期間】
2025年8月9日(土) ~ 2025年8月17日(日)

休業期間中にいただいたお問合せについては、営業開始日以降に順次回答させていただきます。
皆様には大変ご不便をおかけいたしますが、何卒ご理解の程お願い申し上げます。

バイオインフォマティクス実務担当者Q&Aセミナー

バイオインフォマティクス実務担当者Q&Aセミナー

「シングルセルRNA-seqの解析、本当にこれで合ってる?」

日々進化するバイオインフォマティクスの世界で、シングルセルRNA-seqは多くの研究者にとって強力なツールであると同時に、複雑な課題も抱えています。データ解析のベストプラクティス、新たなツールの導入、予期せぬエラーへの対応など、実務担当者ならではの「困り事」は尽きないのではないでしょうか。

しかし、このような「現場の声」を他者と共有する機会は、あまり多くありません。「もしかして、わたしだけがこの課題に直面しているのだろうか?」そう思われたことはありませんか?

本セミナーは、まさにその疑問を解消し、バイオインフォマティクス実務担当者の皆様が抱える共通の課題に光を当てることを目的としています。シングルセルRNA-seqの解析フローから、具体的な疑問点、そしてその対策まで、「生の声」を共有し、明日からの業務に役立つヒントを見つけていただくためのQ&Aセッションです。

【プログラム】
・シングルセルRNA-seq解析の一般的なワークフロー
・Q&Aセッション(事前受付分)
※お寄せいただいた全ての質問をご紹介できない場合がありますこと、あらかじめご了承ください。

【こんな方におすすめ】
・データ解析を担当されている方
・企業でバイオインフォマティクスを担当されている方
・バイオインフォマティシャンの育成を担当されている方

開催要項

 
テーマ バイオインフォマティクス実務担当者Q&Aセミナー
~シングルセルRNA-seqの現場の声とその対策~
パネリストアメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
アメリエフ株式会社 受託コンサルティングチーム 露崎隼
日程2025年7月28日(月)16:30-17:00
場所オンライン(Zoom)
定員300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費無料
申込締切2025年7月25日(金)12:00
主催アメリエフ株式会社

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
最新研究事例セミナー「シングルセル遺伝子発現解析を用いたirAE発症メカニズムの解析」

最新研究事例セミナー「シングルセル遺伝子発現解析を用いたirAE発症メカニズムの解析」

概要

 最新研究事例セミナーは、第一線で活躍する研究者をお招きし、生命科学・医療分野の研究事例についてご講演いただくイベントです。研究や技術に携わる参加者のみなさまの日々の研究のヒントになるような内容を講演を通してお伝えしていきます。
 本セミナーでは、京都大学がん免疫総合研究センターの塚本博丈特定准教授より、シングルセル解析技術を用いて免疫療法に伴う免疫関連有害事象(irAE)の発症機序の解析をいかに進めることができたか、という観点で最新の研究成果を紹介します。続いて10x Genomicsのグローバル認証プロバイダーであるGENEWIZ(アゼンタ株式会社)より、シングルセル遺伝子発現Flexのサンプル調製など実験上の要点や注意点を中心に解説します。最後にアメリエフより、シングルセル解析のデータ解析について紹介します。質問時間を設けますので、実験からデータ解析まで幅広い情報を収集いただく機会としてご活用ください。

プログラム

17:00~17:05 開会のご挨拶
17:05~17:30 シングルセル遺伝子発現解析を用いたirAE発症メカニズムの解析
京都大学 がん免疫総合研究センター 塚本博丈特定准教授

がん免疫療法に伴う有害事象の発症機序解明は喫緊の課題であり、これに対して我々は動物実験モデルおよび臨床検体を用いた解明を試みている。その過程において、シングルセル遺伝子発現解析を活用した検討の結果を紹介する。
17:30~17:40 シングルセル遺伝子発現Flex でできることと、そのサンプル調製方法
GENEWIZ(アゼンタ株式会社) 秋山康一

固定化細胞からの解析を実現するシングルセル遺伝子発現Flexがバージョンアップし、従来よりも感度が向上、しかも細胞当たりの解析コストも大きくダウンしました。より多数の細胞でより詳細な遺伝子発現プロファイルを取得できるようになりました。このセッションでは、研究デザインや研究対象のサンプルタイプにあわせて、どのようなサンプル準備が必要になるか、をご説明します。
17:40~17:50 重要遺伝子の特定を目的としたシングルセルデータ解析方法の紹介
アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口 昌雄

シングルセル解析の実例をもとに、基本的な前処理から応用的な因子探索までの解析フローをご紹介します。特に、複数データの統合や細胞種アノテーションの際に注意すべき点を、実践的なノウハウを交えて解説します。さらに、データドリブンなマーカー探索のアプローチとして、ベイジアンネットワークを用いた因果関係推定の手法についても触れ、高次解析の実施例をご説明します。
17:50~18:00 質疑応答、閉会のご挨拶

開催要項

日程 2025年7月22日(火) 17:00~18:00
配信方法 Zoomウェビナー ※前日および開催1時間前に参加用URLをお知らせいたします。
定員 500名
参加費 無料
申込締切 2025年7月18日(金)12:00
主催 アメリエフ株式会社

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
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