シングルセルRNA-seq解析｜WET&DRY解析【受託解析キャンペーン】
論文作成には欠かせない
サンプル間比較解析
パスウェイ・GO解析
まで込みのスペシャルプライス
89万円/サンプル（税抜）
※4サンプル以上＆基礎解析プランの場合、
詳細は価格表をご参照ください
サービス内容
【WET】シングルセルRNAシーケンス| ○ 10x Genomics社 Chromiumによるライブラリ調製 |
| ○ Illumina社 NovaSeq X Plusによる120Gbのシーケンシング |
| ○ Cell Rangerによる発現定量 |
| ○ 解析レポート、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析） |
データ解析内容
サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ：細胞
- 凍結状態であること。
- 細胞数は106細胞以上であること。
- 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
- 細胞は分散してください。
- EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
- 細胞サイズが直径30μm以下であること。
- 40μmのフィルターにかけてください。
- 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。
- ※ ヒトおよびマウス、ラット以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
- ※ シングルセル遺伝子発現解析では、機器を持ち込んでの出張ライブラリ調製サービスも承っております。また、提携ラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。
価格表（税抜）
| 製品名 | 単価 | |
|---|---|---|
| ①scRNA-seq WET&DRY | 1~3サンプル | 93万円/サンプル |
| 4サンプル以上 | 89万円/サンプル | |
| ②納品費 | クラウド納品 | 0.4万円/回 |
| HDD納品 | 4万円/台 | |
| ③出張費 | 都度見積 | 無料～7万円程度 |
- 上記の解析に必要な費用は下記の合計金額（税抜） になります。
- 合計金額 = ①解析費用 (サンプル数×単価) + ②納品費 + ③出張費
- （※③出張ライブラリ調製サービスをご希望の場合）
プラン
解析目的に合わせたプラン選択が可能です
基礎解析プラン
【解析内容】
・発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、 クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索）
・着目遺伝子の選定、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）
・サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、 Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析）
【こんな方にお勧め】
・着目遺伝子が既にある
・データ解析結果を自分で解釈できる
・早く結果が欲しい
・初期データを収集し、論文の足がかりにしたい
標準解析プラン
【解析内容】
・基礎解析プランで実施する解析
・特定のクラスタに着目した再次元削減、サブクラスタリング
・擬似系譜解析
【こんな方にお勧め】
・着目している細胞種と考えられるクラスタのみ解析して欲しい
・中間報告の結果を見たあと、興味深い遺伝子の発現量を可視化して欲しい
・論文に使える図が欲しい
・論文のストーリーを組み立てられる解析をしてほしい
コンサルティングプラン
【解析内容】
・議論を繰り返しながら、目的に応じた最適な解析方法を提案、実施
・解析途中で生じた課題に対して、解決方法を提案、実施
・High impact な論文にも耐えうる水準のレポートを提供
【こんな方にお勧め】
・バイオインフォマティシャンと議論しながら研究を推進したい
・あらゆるデータ解析をやり尽くし、多角的に検証したい
・ベイジアンネットワーク解析による遺伝子間の制御関係の推定など、高度な手法や最新の手法を用いた解析を行いたい
シングルセルRNAseq解析とは
シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の”平均的な”遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。
実験のポイント
シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。
解析のポイント
特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。
高次解析により得られる図表の例
研究事例
１）がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究
- 薬物耐性獲得のメカニズムの解明は、がんの薬物治療において不可欠な要素です。耐性獲得の背景は、様々あるとされていますが、がん組織の不均一性がその原因の一つであると考えられています。Kashimaらは、がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明にscRNAseq解析を利用しました(Kashima et al., Cancer Res, 2021)。
- 具体的には、オシメルチニブ耐性細胞の出現機構を解明するために、EGFR遺伝子に変異をもつヒト肺腺がん細胞株であるNCI-H1975細胞を用いて一細胞解析を行いました。H1975はオシメルチニブ感受性の細胞であることが知られていますが、この細胞を段階的にオシメルチニブに曝露し、各段階での細胞群をscRNAseq解析することで、①親株に少数のオシメルチニブ耐性細胞が存在すること、②オシメルチニブ曝露群にしか出現しない細胞群が存在すること、が明らかになりました。
２）発生/分化分野での毛包形成研究
- 全世界で男性の50％、女性の25％が薄毛に悩んでいると言われており、自己由来の幹細胞から毛包を誘導する研究が注目されています。しかし、生体内での毛包のde novo形態形成については、毛包の不均一性や非同期的な発達のため、アプローチが難しく理解が進まない状態でした。このような観点から、毛包のde novo形態形成の基礎となる分子経路を明らかにすることは、毛包の発生に関する深い洞察をもたらし、in vitro条件下での毛包の発生を誘導する上で重要な意味を持つと考えられます。
- GeらはscRNAseq技術を用いて、様々な分化期におけるマウス背部皮膚から得られた細胞群に対して一細胞のトランスクリプトームを統合的に解析しました(Ge et al., Theranostics, 2020)。その結果、9つの主要な細胞集団の同定と、上皮/真皮細胞系の分化の軌跡を構築することに成功し、細胞の運命決定に関わる主要なレギュロンが順次活性化されていることを明らかにしました。
- </li >